低压低氧暴露条件下肺动脉高压大鼠循环microRNA 表达及其意义

目的：研究低压低氧暴露条件下肺动脉高压（HPH）模型大鼠循环microRNA（miRNA）表达的变化。方法利用基因芯片技术定量检测、分析 HPH组及对照组大鼠血清中潜在的循环miRNA的表达及其差异。基于病例‐对照设计，采用荧光定量PCR技术对差异化表达miRNA进行验证。受试者工作特征曲线（ROC）分析测试4种差异化表达miRNA对HPH组及对照组的鉴别效能。结果与对照组比较，HPH组大鼠13种miRNA表达上调，10种miRNA表达下调，其中，荧光定量PCR初步证实miR‐451、miR‐505及let‐7d表达上调，而miR‐214表达下调。ROC分析结果显示， miR‐451、miR‐505及let‐7 d用于鉴别 HPH组大鼠和对照组大鼠的曲线下面积（AUC）分别为0．979、0．938和0．993。结论低压低氧暴露条件下 HPH组大鼠与对照组大鼠循环miRNA的表达存在显著差异，提示血清miRNA差异化表达可能与HPH病理变化相关。

内皮抑素对小鼠脉络膜新生血管抑制作用的表达基因的GO分析

目的：探讨内皮抑素对 C57BL/6J 小鼠脉络膜新生血管的抑制作用的基因表达及其作用机制。方法应用532 nm固体激光机，制造C57BL/6J 小鼠脉络膜新生血管模型，分为空白组、对照组和实验组。其中空白组不做任何处理，对照组玻璃体腔内注射生理盐水2μL；实验组玻璃体腔内注射内皮抑素(恩度)2μL(0.01 mg)。将造模成功的对照组和有明显抑制的实验组小鼠组织选取了4个样本进行杂交，进行基因芯片检测。对实验结果进行3万多个基因位点的基因芯片分析，比较实验组和对照组基因表达的差异，选取其中表达差异大于1.5倍且P≤0.05的基因。结果用CD105进行免疫组化染色可见实验组新生血管表达明显低于对照组。应用基因芯片结果显示：实验组与对照组相比上调的基因有116个，下调的基因有106个。通过 GO 分析，发现内皮抑素显示出了抑制细胞活性、抑制细胞生长的特性但并不启动免疫系统活性甚至可抑制免疫系统活性的特性。结论内皮抑素可能通过抑制内皮细胞的活性以及移行并协同抑制免疫系统，进而抑制新生血管的生成。

应用基因芯片技术筛选克山病差异表达基因

目的 应用基因芯片技术筛选克山病(Keshan disease,KD)患者和正常对照者外周血差异表达基因并对其进行分析,探讨KD发病的分子机制.方法收集16例KD患者和16例病区健康对照外周血样品,提取总RNA,纯化后合成cRNA探针;采用Agilent全基因组表达芯片检测基因表达的差异,以SAM4.0软件,结合IPA软件比较KD患者和正常对照个体外周血中的基因表达谱差异、功能及通路分析.结果 与对照组相比,KD患者血样中差异表达基因上调的有59个,下调的有19个,基因功能主要涉及代谢、转录、离子通道与运输蛋白、蛋白质的合成与修饰、信号转导等;生物功能主要涉及细胞凋亡、细胞功能修复、分子转运、细胞增殖和分化、细胞间信号转导等.网络蛋白介导的内吞作用是差异显著的通路.结论 KD患者外周血单核淋巴细胞多个差异表达基因显著不同于正常人,主要涉及细胞增殖、细胞凋亡、细胞功能修复等,这些基因可能在克山病发生发展中发挥重要的作用.

辛伐他汀对人慢性粒细胞白血病细胞K562基因表达的影响

目的 应用基因芯片技术研究辛伐他汀对K562细胞基因表达的影响,初步探讨其作用机理.方法 辛伐他汀作用K562细胞48h后,提取细胞总RNA.纯化mRNA后再逆转录为cDNA,将cDNA在体外转录合成cRNA,用随机引物反转录为cDNA,用Klenow酶标记Cy3、Cy5,与定制的包含人全基因组的基因芯片杂交,扫描芯片荧光信号,用GenePix Pro 4.0图像分析软件对芯片图像进行分析.定量RT-PCR验证芯片结果中两个差异表达基因.结果 基因芯片检测发现共有176条基因表达发生明显改变,包括16条未知基因表达改变.其中151条基因表达上调, 25条基因表达下调.根据基因功能的不同,我们初步将其分为凋亡相关、信号转导相关、细胞周期相关等几大类.定量RT-PCR验证的基因表达变化趋势与表达谱芯片的结果相吻合.结论 辛伐他汀作用K562细胞后能引起多种基因表达改变,这为探讨其作用机制提供了新的依据.

染氟成釉细胞差异表达基因的初步筛选

目的 利用基因芯片技术筛选染氟成釉细胞的差异表达基因,以观察氟对离体成釉细胞基因表达的影响,探讨氟牙症发病过程中的基因变化,为进一步从分子水平研究氟牙症的发病机制提供线索.方法 利用基因芯片分别检测离体培养的成釉细胞和经5mg/L的氟化钠处理48h后的成釉细胞的基因表达谱,并利用生物信息学方法对检测结果进行分析.结果 实验组相对于对照组上调2倍以上的基因数为379个,下调2倍以上的基因数为1014个,差异基因涉及细胞的生物过程调节、细胞的分化、代谢、细胞器、细胞内组分、金属离子的结合、DNA的结合、受体活性、磷酸酶活性、信号转导活性、蛋白质结合作用、转移酶活性、组织的矿化等方面.结论 氟化物影响了成釉细胞内基因的表达,氟牙症的发生可能不仅仅是个理化过程,可能与多个生物调节机制有关.

Real-time PCR、焦磷酸测序及基因芯片快速检测ALDH2?2基因多态性

目的：建立 ALDH2基因多态性的快速检测方法,研究 ALDH2基因多态性是否与中国人群饮酒相关。方法Real-time PCR、焦磷酸测序仪及基因芯片用于检测 ALDH2?2多态性,302个志愿者参与这项研究,评估饮酒行为与ALDH2?2多态性之间的关系。结果 Real-time PCR、焦磷酸测序及基因芯片能成功的鉴别 ALDH2?2多态性位点,ALDH2?2等位基因的频率在中国人群中为0.2036,其中在饮酒人群中占0.1633,而在非饮酒人群中为0.2783(P=0.001),ALDH2?1/?2与 ALDH2?2/?2基因型频率在非饮酒人群中为0.4528,而在饮酒人群中占0.3265(P=0.030),中国人群ALDH2?2等位基因的频率要远高于欧洲及美洲,并与其他亚洲人群存在显著性差异。结论建立的Real-time PCR、焦磷酸测序及基因芯片技术方法快速、精准、高通量、方便,适合用于检测ALDH2?2基因多态性位点,ALDH2?2等位基因能防止酗酒,中国人群 ALDH2?2等位基因的频率与其他种族人群显著不同。

应用基因芯片技术对Graves病免疫相关基因的研究

基因芯片及其医学应用研究进展

基因芯片(Gene chip),又称DNA芯片、DNA微阵列(DNA microarray),是将大量的DNA片段按预先设计的排列方式固化在载体表面如硅片、玻片,并以此为探针,在一定的条件下,与样品中待测的靶基因片段杂交,通过检测杂交后的信号,实现对靶基因信息的快速检测.基因芯片可以分为很多种类,常见并广泛应用的有cDNA微点阵和寡核苷酸原位合成.基因芯片能对微量样品中的核酸序列进行检测和分析,其高通量、快速、并行化采集生物信息的特点更是优于其他传统的技术方法.基因芯片技术以一种系统、整体的方法进行研究,打破了"一种疾病、一种基因"的陈旧模式,整体宏观的研究生物体基因的表达及功能.目前,基因芯片技术的应用领域主要有:基因表达谱分析、新基因的发现、基因突变及多态性分析、基因组文库作图、疾病诊断和分型、药物筛选、基因测序等.

TNF-α抑制剂治疗类风湿关节炎相关基因的生物信息学分析

目的 用生物信息学方法探讨TNF-α抑制剂治疗类风湿关节炎的相关基因,为探讨TNF-α抑制剂治疗类风湿关节炎的机制提供新思路.方法 从基因芯片公共数据库Gene Expression Omnibus (GEO)中下载TNF-α抑制剂治疗类风湿关节炎的相关基因芯片数据,利用String、KEGG、Panther等在线分析软件对差异表达基因进行生物信息学分析.结果 在60个差异表达基因所编码的蛋白中,有29个蛋白与其他蛋白存在相互作用关系,作用过程涉及多种生物学通路,与多个生物学过程和分子功能相关.结论 TNF-α抑制剂治疗类风湿关节炎涉及多基因相互作用,与NF-κB信号通路、MAPK信号通路关系密切.

病原微生物临床检验技术

病原微生物具有种类多,变异速度快的特点,因此病原微生物的临床检验技术水平需要不断提高. 目前,用于临床检验病原微生物的主要方法包括:分离培养、基因芯片、血清学反应、PCR技术等,本文通过对病原微生物临床检验技术进行分析,对病原微生物临床检验技术的进展做一阐述.

TNF-α抑制剂治疗类风湿关节炎相关基因的生物信息学分析

目的 用生物信息学方法探讨TNF-α抑制剂治疗类风湿关节炎的相关基因,为探讨TNF-α抑制剂治疗类风湿关节炎的机制提供新思路.方法 从基因芯片公共数据库Gene Expression Omnibus (GEO)中下载TNF-α抑制剂治疗类风湿关节炎的相关基因芯片数据,利用String、KEGG、Panther等在线分析软件对差异表达基因进行生物信息学分析.结果 在60个差异表达基因所编码的蛋白中,有29个蛋白与其他蛋白存在相互作用关系,作用过程涉及多种生物学通路,与多个生物学过程和分子功能相关.结论 TNF-α抑制剂治疗类风湿关节炎涉及多基因相互作用,与NF-κB信号通路、MAPK信号通路关系密切.

运用Affymetrix网上分析中心初步分析EGCG作用肝癌细胞SMMC-7721前后差异表达基因数据

目的 探索如何运用Affymetrix网上分析中心对Affymetrix基因芯片数据进行分析,挖掘其中相关的生物学信息.方法 登陆Affymetrix网站,运用Batch Query(批量查询)、Quick Query(快速查询)、Intersection(交集)等查询和分析功能,对用Affymetrix U133A 2.0人基因表达谱芯片检测的经没食子儿茶素没食子酸酯(EGCG)作用肝癌细胞系SMMC-7721前后的196个表达差异基因进行不同的逻辑运算.结果 得到按功能分类的EGCG作用肝癌细胞系SMMC-7721后表达差异基因信息列表6个.分别是细胞周期进展相关基因列表、细胞增殖相关基因列表、能量代谢相关基因列表、凋亡关基因和细胞生长抑制基因列表、免疫应答相关基因列表、信号转导相关基因列表.每个列表包含了每个基因对应的探针序列信息、基因符号、基因功能及参与的生物学过程等一系列生物学信息.结论 运用在线、整合的Affmetrix网上分析中心,可快速、并行地操作大量的基因芯片原始数据,实现对差异基因初步的功能归类和生物信息学分析.

液相芯片技术在国内的发展现状

从20世纪90年代开始生物芯片已在全球进行应用，其初用于基因序列分析、基因表达谱和基因突变体的检测等，主要用于基因分析，故又称为基因芯片或DNA芯片。而随着其被广泛应用于免疫反应、受体结合等领域，出现了蛋白芯片、细胞芯片和组织芯片等[1-2]各种生物芯片。
　　液相芯片是在20世纪90代中期发展起来的，又被称为xMAP技术，集流式细胞技术、激光、数字信号处理系统和传统化学技术为一体的，具有新型通量大、灵活性好，灵敏度高、动力学范围广等优点[3-4]。

前列腺肿瘤标志物研究新进展

随着人民生活水平的不断提高，平均寿命也不断延长，老年男性前列腺肿瘤的发病率也日益增高，同时诊疗技术的进步和部分新肿瘤标志物的发现，使得前列腺肿瘤在早期能被正确诊断并接受合理的治疗。本文研究了近几年新发现的有价值的前列腺肿瘤标志物，现做一综述。
　　1 AMACR(P504S)
　　AMACR/P504S全称a-甲酰基辅酶 A消旋酶。2000年，Xu [1]等利用cDNA文库减影与高通量基因芯片联合筛选的方法，在良性和恶性前列腺组织中发现了3种蛋白的基因：P503S、P504S和 P510S，其中 P504S是含1621个碱基对的cDNA，具有开放式阅读框架，编码了382个氨基酸的蛋白质。

应用基因芯片筛选抑郁症相关基因的初步研究

目的 筛选与抑郁症相关的差异表达基因.方法 采用人8000条cDNA表达谱基因芯片技术,研究抑郁症患者及健康对照组外周血淋巴细胞基因表达差异,从而筛选抑郁症相关基因.结果 与对照组相比,抑郁症组中存在显著性表达差异的基因有138个,其中上调有78个,下调有60个基因.结论 离子通道、免疫活性、蛋白代谢、能量代谢(糖脂代谢)、细胞增殖、细胞黏附以及信号传导等相关基因类型可能与抑郁症密切相关.

基因芯片在抗肿瘤中药研究中的应用

目的:探讨基因芯片在抗肿瘤中药研究中的应用.方法:通过对近年来相关文献的总结研究发现,基因芯片在抗肿瘤中药研究中的应用主要体现在新药筛选、中药抗肿瘤分子机制的研究、药物毒理研究几个方面.结果:基因芯片所具有的高通量、快速、平行检测的特点使它在中药新药的筛选、中药作用机制和中药毒理的研究等方面发挥着重要的作用.结论:用基因芯片研究抗肿瘤中药正在成为医学领域的一个热点.

基因芯片与中医药研究

基因组学研究表明基因之间存在着复杂的联系,特别是后基因组时代从结构研究向功能研究方式转变,对基因之间的相互联系、相互作用日趋重视,此外单个基因的变化远不如基因组的整体矢量变化更能反应机体的真实生命活动状态等等,都与中医特有的整体、全面观点是一致的.中医的同一种病可分成不同的证,不同的证采用不同的治疗方法才能取得理想的治疗效果;同一种证可表现为不同的病,同证异病可采用相同或相类似的方法治疗.那么,利用基因芯片检测不同证的基因表达谱的改变,根据基因表达谱的不同给予不同的治疗,从而实现中医证的临床诊断的现代化.可以设想,中药的扶正可表现为中药促进和调整某个或某些被关闭的正常基因的表达,以及对某个或某些受损基因的修复;中药的祛邪可表现为对某些过度表达基因的关闭或使其表达减弱等.中医药治疗原则强调扶正祛邪而达到机体阴平阳秘的平衡状态,在基因水平上可以说与抑制某些易感基因的过分表达或提高某些基因的过低表达有密切关系.

通窍开玄法对鼻窦炎大鼠鼻黏膜水通道蛋白相关基因影响研究

目的：应用基因芯片技术分析通窍开玄法对鼻窦炎模型大鼠鼻黏膜水通道蛋白（AQP）的影响，并探讨其治疗鼻窦炎的生物学机制。方法：实验大鼠随机分为实验组、模型组和正常组，每组10只，实验组和模型组据 Y.Gel 的改良方法造模，正常组不做任何处理。造模成功后实验组分别给予三和通窍开玄汤低剂量组、三和通窍开玄汤中剂量组、三和通窍开玄汤高剂量组、青霉素 V 钾片灌胃7天，处死动物取鼻黏膜组织，应用 Agi-lent 基因芯片检测各组大鼠鼻黏膜水通道蛋白基因表达，并进行显著性分析。结果：中药各组均上调 AQP1表达，中剂量组、高剂量组又上调 AQP2，青霉素 V 钾组上调 AQP12b 基因；4组均下调 AQP9基因，中药低剂量组还可下调 AQP2、AQP12b，青霉素 V 钾组还可下调 AQP1、AQP2。结论：三和通窍开玄汤与青霉素 V 钾片均对鼻窦炎具良好治疗效果，但调控的 AQP 相关基因表达机制不同，且中药组作用更为广泛，表明对 AQP 相关基因的调控可能是通窍开玄法治疗鼻窦炎生物学机制之一，AQP 是玄府重要实质之一。

基因芯片在衣原体研究中的应用

基因芯片又称为DNA微阵列，是指将大量核酸片段以预先设计的方式固定在载体上组成密集分子阵列，与荧光素或其他方式标记的样品进行杂交，通过检测杂交信号的强弱来判断样品中有无靶分子以及对靶分子进行定量，是一种研究生物大分子功能的新技术。在衣原体研究方面，基因芯片主要应用于衣原体的检测与分型、感染机制的研究、特定基因作用分析、毒力及耐药基因的筛选等。

病毒的基因芯片分型技术及其应用

生物芯片技术是上世纪90年代发展起来的新型生物技术,它具有高通量、高度集成化、微型化、高敏感、高度平行性等特点.近年来,基因芯片技术已逐渐被应用于病毒的基因分型中.病毒的基因分型芯片是直接把病毒分型探针固定在基片上从而制成的基因芯片,本文主要对病毒的基因分型芯片技术及其应用进展进行综述.