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P33ING1与消化道肿瘤的关系
抑制肿瘤过度增殖及促进其凋亡是人类控制肿瘤发生、发展的重要途径,而抑癌基因的失活有着极其重要的作用.INGl(Inhibitor of grouth-1)是Garkavtsev等[1]发现的一个肿瘤抑制基因, INGl基因定位于染色体13q33～34[2,3],由3个外显子(1a,1b和2)和2个内含子组成,有4种mRNA变异体:P47ING1、P32ING1、P24ING1、P33ING1,其中以P33ING1为重要,其表达定位于细胞核,偶见细胞浆,ING1基因的低表达与肿瘤的淋巴结转移、远处转移和分化程度相关,其异常表现有基因突变、重排、缺失和表达水平降低等多种形式[4,5].现就P33ING1与消化道肿瘤关系的研究进展作一概述.
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IL-10基因内含子区基因多态性研究
目的 比较研究白细胞介素10(IL-10)基因内含子区单核苷酸多态性(SNP)基因型及等位基因在不同地区、种族人群之间的分布情况.方法 采用单碱基延伸PCR技术和DNA测序方法来检测广西人群IL-10基因内含子区rs3021094T/G多态性,并与人类基因组计划研究的4个人群(欧洲、非洲、中国北京、日本)以及台湾地区人群SNP分型数据进行比较.结果 rs3021094T/G多态性分布的频率在广西人群男性、女性之间差异无统计学意义(P＞0.05).与日本、中国北京、台湾地区人群比较分布差异无统计学意义(P＞0.05);而与欧洲、非洲地区人群比较,分布差异有统计学意义(P＜0.05).结论 IL-10基因内含子区基因多态性在不同地区、种族人群之间的分布有差异.
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广西人群 TLR4基因内含子区基因多态性的研究
目的：探讨人类Toll样受体4（TLR4）基因内含子区单核苷酸多态性在广西人群中分布情况及其与不同人群的差异。方法采用单碱基延伸PCR技术和DNA测序方法检测196例健康广西人群（男115例，女81例）TLR4基因内含子区rs11536879A/G位点多态性，并与人类基因组计划研究的4个人群（欧洲、北京、日本、非洲）单核苷酸多态性分型数据进行对比。结果广西人群TLR4基因内含子区rs11536879A/G位点存在AA、GA、GG 3种基因型，其基因型及等位基因频率在男性、女性组间分布差异无统计学意义（ P＞0．05）；广西人群TLR4基因内含子区rs11536879A/G位点基因型及等位基因频率与欧洲、非洲、日本人群比较，差异有统计学意义（P＜0．05），而与北京人群比较，差异无统计学意义（ P＞0．05）。结论广西人群TLR4基因内含子区基因多态性的基因型及等位基因频率分布在男女性之间无明显差异，在不同地区人群之间存在明显差异。
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重型血友病A凝血因子Ⅷ第1号内含子倒位的研究进展
近年来发现凝血因子Ⅷ基因第1号内含子倒位是仅次于第22号内含子倒位、导致重型血友病A的常见原因.现就引起重型血友病A的凝血因子Ⅷ第1号内含子倒位的分子机制、检测方法及与抗体形成关系的研究进展作一综述.
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酶性核酸:由实验室走向临床的新型分子
自发现某些内含子具有自我切割及连接的活性以来,具催化作用的核酸片段正引起人们巨大的关注.对此类分子的研究有可能为我们提供操纵生物大分子(如DNA,RNA等)水平的非蛋白催化物质.
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CYP2C9基因多态性与合理用药研究
细胞色素P4502C9(Cytochrome P4502C9,CYP2C9)基因编码蛋白在人类肝细胞微粒体中含量丰富,约占CYP总量的20%,仅次于CYP3A.CYP2C9能代谢许多不同性质的药物,并在前致癌物、前毒物和致突变剂的活化中也起到一定作用.1993年,国外从一个S-美芬妥英强代谢个体中分离出CYP2C9基因并发现CYP2C9基因含有9个外显子和8个内含子,全长约为55kb[1].其中,CYP2C9有多于50种单核苷酸多态性,主要的有3种,即野生型CYP2C9*1、突变体CYP2C9*2和突变体CYP2C9*3.
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血管内皮生长因子与糖尿病视网膜病变
1血管内皮生长因子的生物学特点血管内皮生长因子(VEGF)是Ferrara等[1]于1989年从牛垂休滤泡星状细胞体外培养液中首先纯化出来的,根据其促血管内皮细胞有丝分裂而命名为VEGF,也称为血管通透因子(VPF).VEGF的结构具有高度的保守性,它是一种由亚基内及亚基间二硫键交联形成的同型二聚体糖蛋白,分子量在34～45KD之间.VEGF的基因定位于第六对染色体的长臂上[2],基因结构为交替剪接的8个外显子和7个内含子组面.VEGF有四种形式,分别由121、165、189、206个氨基酸组成,大多数情况下,VEGF121分泌出细胞后呈可溶的游离状态,而VEGF189和VEGF206分泌出细胞后主要呈基质结合状态,VEGF165的性质则介于而者之间,是体内产生多的一种亚型.
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Leptin与糖尿病
Leptin为ob基因的表达产物,参与能量代谢、调节体重,其与肥胖症关系的研究已相当深入.近年来的研究发现leptin与糖尿病患者的肥胖,糖、脂、胰岛素代谢以及糖尿病合并妊娠等关系密切.本文就这方面的研究进展作一综述.1 0b基因和leptin ob基因广泛存在于脊椎动物体内,其突变可致动物和人的肥胖表型[1,2],因而有人称之为肥胖基因.人0b基因位于7q313,全长18kb,其编码区核苷酸序列与小鼠有84%的同源性,人和小鼠ob基因均包含3个外显子和2个内含子[3].
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中国汉族人群CYP2D6、CYP3A4 SNP位点基因多态性分析
目的:通过对药物代谢酶CYP2D6和CYP3A4的相关单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)筛选检测,获得其在中国汉族人群中遗传多态性分布的相关数据.方法:筛选11个关于CYP2D6、CYP3A4基因的SNP位点,取192份中国汉族无关个体健康自愿者的血液样本获得基因组DNA,根据单碱基延伸技术通过GenomeLabTM SNPstream(R)基因分型系统进行SNP分型.结果:本次检测的11个SNP位点在研究人群中全部具有多态性(小等位基因频率＞0.01),其中7个SNP(RS28624811、RS28670611、RS9623531、RS5758589、RS3735451、RS2246709、RS2404955、RS4646440)位点的等位基因频率在此人群与白种人相比差异具有统计学意义(P＜0.01).结论:汉族人群可能有继承特定的遗传信息,导致与其他人群具有不同药物代谢率.
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SLC22A3基因intron7对基因转录的负性调控作用研究
目的:探讨人SLC22A3基因intron7序列及其SNPrs2048327 (A/G)位点对基因转录的调控作用.方法:以包含人SLC22A3基因全长序列的细菌人工染色体(bacterial artificial chromosome,BAC)为模板,PCR扩增hSLC22A3 intron7,克隆入荧光素酶报告基因载体pGL3-Basic和pGL3-Promoter,得到重组质粒pGL3-Basic-SLCi7wt、pGL3-Promoter-SLCi7wt和pGL3-Promoter-SLCi7mut;重组质粒与内参质粒pRL-SV40共转染入人胚肾细胞HEK293T,24 h后检测荧光素酶活性.结果:野生型重组质粒pGL3-Basic-SLCi7wt荧光素酶活性与pGL3-Basic无统计学差异(P=0.986);野生型重组质粒pGL3-Promoter-SLCi7wt 荧光素酶活性(3.514±0.096)相较于pGL3-Promoter(6.286±0.370)降低(P=0.000);突变型重组质粒pGL3-Promoter-SLCi7mut 荧光素酶活性(2.089±0.332)相对于pGL3-Promoter亦有所下降(P=0.000),且较野生型重组质粒pGL3-Promoter-SLCi7wt下调(P=0.000).结论:人SLC22A3基因intron7序列具有负性调节活性,能下调荧光素酶报告基因的表达水平;定位于该序列上的SNP rs2048327(A/G)位点A→G的改变,可能增强该内含子所具有的负性调节作用.
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G蛋白β3基因多态性与人类疾病
人类G蛋白β3亚单位基因(GNB3)位于染色体12p13,长约7.5kb,由11个外显子和10个内含子组成(编码蛋白区涉及其中9个外显子).在GNB3基因整个序列中,存在多个多态性位点,包括A(-350)G、A(657)T、G(814)A、C(825)T、C(1429)T等.其中围绕C(825)T的研究报道多.825C位于GNB3基因外显子10,其C-->T转换导致外显子9中498～620位的核苷酸被删除,成为一个功能性剪接变异体GNB3-s.细胞水平上,C(825)T多态性与Gi介导的信号传导的改变有关,C-->T转换导致跨膜信号传导和离子转运活性(如H+-Na+交换)增强,从而在多种人类疾病中均可能起着重要作用.
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人类白细胞抗原A座位内含子全长序列分析
目的 对中国部分汉族人群人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)A座位常见等位基因的内含子进行全长序列研究.方法 从“中国造血干细胞捐献者资料库广东分库”中抽取165份样本,用美国Gentra公司的试剂盒快速提取全血DNA.自行设计引物,特异性扩增HLA-A座位的目的3 kb片段,共涵盖8个外显子和7个内含子.凝胶电泳回收目标条带,连接于T载体,E.coli DH5α转化,挑选阳性克隆正反向测序.采用MEGA 4.0软件进行分析,并用ClustalW比对序列,相邻连接法构建进化树.其中距离矩阵通过p-distance计算,采用自举法评价这些树的准确性,重复取样部分数据1000次.结果 共获得33个HLA-A等位基因全长序列,长度为2902～2918 bp.7个内含子共发现138个点突变以及9个插入或缺失,具有明显的组特异性.第1内含子的多态性、GC含量和平均遗传距离D值高.根据全长及第1～7内含子序列分别构建进化树.其中,以全长序列构建的进化树将HLA-A基因分为5组:Ⅰ组包括A* 01/03/11/30；Ⅱ组包括A*23/24(A9)；Ⅲ组包括A*02/68/69(A2/28)；Ⅳ组包括A*26/34(A10)；Ⅴ组包括A*29/31/32/33/74(A19).其中Ⅰ～Ⅱ组属于同一世系,Ⅲ～Ⅴ组属于另一世系.用7个内含子序列构建的进化树在结构上有小的差异,较为特殊的是Ⅱ组和A*30.Ⅱ组的第2～5内含子与Ⅰ组处于同一世系,而第1和7内含子却处于相对立的另一世系.A*30与A* 03家族的关系近,而与A19家族较远.结论 18个等位基因全长序列填补了GenBank数据库的空白,并得到了免疫基因标记数据库的确认.HLA-A等位基因的内含子多态性具有显著的组特异性,并对基因的重组具有重要意义.A*30可能是一个具有高突变率和高重组率的特殊组系.
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HLA-DRB1*1218新等位基因克隆测序鉴定及内含子序列分析
目的 鉴定中国人群人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)DRB1基因,分析新等位基因第1和2内含子序列信息.方法 采用聚合酶链反应-序列特异寡核苷酸探针反向杂交法(polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide probes,PCR-SSOP)对广东地区随机正常人群进行HLA常规基因分型,发现1个与HLA-DRB1*120201相近的未知基因,对先证者DNA应用组特异性引物扩增HLA-DRB1位点第2外显子,PCR产物经克隆到质粒载体中以获得单链,对克隆所得产物进行HLA-DRB1基因的第2外显子及第1和第2内含子双向测序分析.并与DRB1*120201基因序列的第2外显子和DRB1*03010101等位基因内含子相比较.结果 发现该个体的一个HLA-DRB1*080302基因被确认,而另一个HLA-DRB1基因为新等位基因,其序列被GenBank接受(编号为FJ481086).新等位基因与相近的DRB1*120201相比,在第2外显子上有1个核苷酸的不同,即第262位G→C(密码子59 GAG→CAG,氨基酸59 Glu→Gln).DRB1*1218与DRB1*03010101等位基因第2内含子序列完全相同,而与DRB1*03010101等位基因第1内含子序列相比较有12个碱基不同.结论 发现并鉴定一个新的HLA等位基因,经世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-DRB1*1218.
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缺失型杜氏肌营养不良症缺失热区内含子断裂点分子结构特点的对比分析
目的对比分析缺失型杜氏肌营养不良症(Duchenne muscular dystrophy,DMD)缺失热区第46号和51号外显子缺失后形成的连接片段的断裂点的分子结构特点,以研究DMD基因外显子的缺失机理.方法多重引物PCR法鉴定缺失型DMD患者,分别克隆第46、51号外显子缺失后形成的连接片段,测定断裂点侧翼的核苷酸序列.结果第46号外显子缺失后,5′端断裂点位于45号内含子的AT富含区内.3′端断裂点位于46号内含子的中等重复序列(medium reiteration repeats,MER1)内.连接片段有两个bp的连接同源序列ta,局部无小的缺失、插入和碱基的置换.第51号外显子缺失后,5′端断裂点位于50号内含子的人类类转座因子(transposon-like human elements,THE1)序列内.3′端短裂点位于51号内含子L2序列内.连接片段有3个bp的连接同源序列cta,局部无小的缺失、插入和碱基的置换.第46、51号外显子缺失后连接片段的断裂点的二级结构分析示断裂点均位于单链发夹环的非匹配区.结论对比第46、51号外显子缺失后形成的连接片段,其断裂点的共同特征是均位于重复序列,这些重复序列形成的单链发夹结构,使DNA结构具有不稳定性,易于断裂并导致外显子缺失.
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Dystrophin基因第51内含子全序列的测序及序列特点分析
目的了解dystrophin基因第51内含子的序列特点.方法用步移法测定第51内含子全序列.测序结果用软件进行重复序列、基质附着区(matrix attachment region, MAR)等分析,将全序列剔除重复序列后进行CpG岛、启动子、开放性可读框架(open reading frame, ORF)及未鉴定的低拷贝重复序列分析.结果第51内含子由38 725 bp组成,GC含量为36.34%,重复序列占37.53%.重复序列中以L1序列含量高,占整个内含子的15.38%.在第51内含子发现有4个MAR和1个TopoⅡ位点.在正反链上均发现有预测的ORF,但根据预测的氨基酸序列未在蛋白质库中发现有同源蛋白.结论在人类进化过程中部分内含子的扩增可能与L1序列的插入有关;并非所有的重复序列均与染色体重排有关;在第51内含子未发现重叠有其他基因结构;该内含子内密集有4个MAR结构,可能与形成缺失有关的染色质结构有关.
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44号内含子并非是dystrophin基因中央缺失热区不稳定的内含子
目的了解Duchenne/Becher型肌营养不良症(Duchenne/Becker muscular dystrophy, DMD/BMD)患者中央缺失热区44～51内含子断裂点分布情况，并结合内含子长度，在排除了内含子长度的影响因素后对中央缺失热区各内含子的不稳定性进行分析。方法 PCR检测59例DMD/BMD患者dystrophin蛋白基因44～52号9个外显子，分析44～51号内含子断裂点的分布，并计算各内含子的长度预测值及实际断裂点数与长度预测值的比值。结果 44号内含子断裂点多，占整个中央缺失热区断裂点总数的30.8%。50号内含子次之，占23.1%。51号、45号、48号内含子内的断裂点分别占17.9%、10.3%、10.3%。44号内含子内的实际断裂点数小于长度预测值，实际断裂点数/长度预测值之比值为0.7倍。48号、50号、51号、45号内含子内的实际断裂点数大于长度预测值，分别是长度预测值的2.7、2.0、1.9、1.1倍。结论 44号内含子的稳定性要高于整个中央缺失热区分子结构的稳定性。48号、50号、51号内含子是中央缺失热区较不稳定的几个内含子，50号内含子的不稳定性存在种族差异。
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p53基因第7内含子序列的多态性位点分析
目的 测定中国人p53基因内含子7序列的多态性位点.方法 收集105名正常人外周血标本,用聚合酶链反应扩增p53基因第7内含子,用双链四色荧光标记测序方法进行序列分析.结果 在p53基因第7内含子上,距外显子7后一个碱基73 bp处有1个C和T多态位点、距93 bp处有1个T和G多态位点,其中基因型呈TG型的22例,呈CT型的37例,CT/TG杂合型的46例,未发现基因型为TT和CG单体型的个体.前一个多态位点有1个ApaⅠ酶切位点的变化.基因频率为:CT=0.57,TG=0.43.结论 p53基因内含子7上有2个多态性位点,且这两个多态性位点属于连锁不平衡,这在亲缘关系和法医鉴定等方面有重要价值.
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p53基因第7内含子多态性与非小细胞肺癌及其组织p53基因突变的关系
目的 研究p53基因第7内含子多态性与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)及其组织p53基因突变的关系.方法 采用病例对照方法选择105例NSCLC患者和100名对照,以聚合酶链反应和ApaⅠ酶切鉴定p53基因第7内含子基因型.然后收集64例NSCLC活检标本及40例NSCLC石蜡包埋组织,鉴定基因型后测序检测第5～8外显子突变.结果 在NSCLC中p53基因第7内含子ApaⅠ+/+占23.8%,ApaⅠ-/-占12.4%,ApaⅠ+/-占63.8%;在对照组中ApaⅠ+/+、ApaⅠ-/-和ApaⅠ+/-分别为44.0%、11.0%和45.0%.两组间基因型构成比差异有统计学意义(P＜0.01).序列分析显示基因型ApaⅠ+/+、ApaⅠ-/-和ApaⅠ+/-的NSCLC组织p53基因第5～8外显子突变率分别为20.0%、50.0%和52.9%,不同基因型之间的突变率差异有统计学意义(P＜0.05).结论 p53基因第7内含子多态性与NSCLC有关.
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有关内含子功能研究的新进展
人类基因组精确完整序列的测定将在2003年之前完成.在此之后,人类基因组计划(human genome project, HGP)的重点将会转移到对序列功能的研究.尽管人们对序列功能研究的主要力量仍会集中在编码序列,但对内含子及基因间序列功能的研究会越来越受到重视,因为这些序列占人类基因组的绝大部分,但人们对其功能的了解却远少于对编码序列的了解.我们拟对目前有关内含子研究做一简要综述.
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中国汉族个体HLA全长序列新等位基因A*74:02:01:02的鉴定
目的 对中国汉族个体人类白细胞抗原(HLA)-A基因全长序列进行测定,发现和鉴定突变位于常规检测区域以外的全长序列新等位基因.方法 应用已对常规检测区域第2～4外显子进行测序分型、结果已知的中国汉族个体的样本进行HLA-A基因全长4.3 kb序列的高保真扩增、克隆及测序；利用序列比对、进化树等方法分析突变所在位置及其产生的原因.结果 发现1个HLA-A全长序列新等位基因,序列与国际IMGT/HLA数据库中接近的等位基因A*74:02:01:01的全长序列相比共有5个位于内含子的变异,其中第3内含子1个:NT1427C＞T,第7内含子5个,分别为NT2842G＞A,NT2850C＞T,NT2862T＞C,NT2863G＞A以及NT2868T＞C.该HLA-A新等位基因于2010-07-31被世界卫生组织人类白细胞抗原因子命名委员会正式命名为HLA-A* 74:02:01:02.结论 新等位基因A* 74:02:01:02的变异产生的机制可能是随机突变和等位基因之间的交换重组.
