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长链非编码RNA转录动作在表观遗传调控中的作用
人类基因组中编码蛋白质的基因(protein-coding gene,pcG)占比不足2％,其余大多转录生成非编码蛋白质RNA,在人类基因中已经确定的LncRNAs约有10 000种[1].LncRNAs由RNA聚合酶Ⅱ(RNAPII)转录生成,长度超过200 nt,超过microRNAs、piRNAs、snoRNAs、siRNA等,其制备及捕获方法也异于微小RNA.
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长链非编码RNA在口腔鳞状细胞癌的研究进展
长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)是指转录本长度超过200个核苷酸的不编码蛋白的RNA.lncRNA参与了各种各样的生物学过程且发挥重要调控功能,如:细胞增殖、凋亡、周期、侵袭、转移等多方面功能.近年来大量研究表明lncRNA的异常调节可以导致各种疾病,特别是肿瘤.本文就lncRNA在口腔鳞状细胞中的研究进展进行综述.
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长链非编码RNA在结肠癌中的研究进展
结肠癌是我国的常见病和多发病,目前对结肠癌的治疗主要是以手术为主的综合治疗,在分子水平上对结肠癌的发生、发展机制的研究尚处于起步阶段.长链非编码RNA(lncRNA,long noncoding RNA)是近年分子水平的研究热点,部分肿瘤中已经发现lncRNA的异常表达,如乳腺癌、前列腺癌等.本文对长链非编码RNA在结肠癌中的研究进展做一综述.
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长链非编码LncRNA与雄性生殖初探
基因组计划的顺利完成和蛋白质组学及转录组学的蓬勃发展促进了RNA组学研究的日趋成熟.长链非编码RNA (Long noncoding RNA,LncRNA)是一类长度超过200nt非编码RNA,没有完整的开放阅读框,不具备编码蛋白质的能力.近的研究表明,LncRNA参与基因印记、X染色体失活等机体内许多重要的生理过程.主要是通过DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质重构等方式影响基因的表达.同时LncRNA在疾病的发生与发展过程中影响重大.近年来,通过二代测序技术以及基因芯片技术鉴定到lncRNA,其在精子发生过程中的独特作用也逐渐被学者们认知,但可参考基础实验的文献相对比较少,本文综述了lnc RNA的起源概述、作用机制和其在精子发生过程中调控机制的研究分析,旨在加深对生物体精子发生过程中调控性非编码RNA功能进一步认识,同时也能给生殖疾病的诊断、防治提供新的思路.
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中医证候的转录组学研究进展与探析
中医证候是中医理论的精粹部分,其生物学基础研究是证明中医科学性和中医药现代化的关键环节.转录组学从分子水平研究证候相关基因转录及转录调控规律以探索证候生物学基础,目前在证候研究中得到一定应用.本文对中医证候转录组学研究进行综述,包括转录组学内涵及研究方向、转录组学相关技术、中医证候的转录组差异表达和调控网络分析,并阐述了证候转录组学面临的挑战以及发展前景,以期为证候生物学基础研究提供新的思路和方法.
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高通量测序筛选冠心病血瘀证相关lncRNA-miRNA-mRNA调控网络
目的:筛选冠心病血瘀证相关差异表达非编码RNA(lncRNA),微小RNA(microRNA,miRNA),信使RNA(mRNA),构建基因间调控网络,从转录组层面研究冠心病血瘀证物质基础和病理机制.方法:使用高通量测序技术,分别检测冠心病血瘀证、冠心病非血瘀证和正常(各5例)lncRNA,miRNA和mRNA表达情况,通过交联分析筛选冠心病血瘀证相关的差异基因表达谱.对获得的差异基因进行功能通路分析,根据基因间Pearson相关分析和starBase靶基因预测平台,构建基因间调控网络,通过网络拓扑分析,筛选其中的关键基因.在另一匹配队列中(每组各15例)对基因调控网络中的关键节点进行实时荧光定量PCR(Real-time PCR)验证.结果:39个lncRNA,229个miRNA和221个mRNA与冠心病血瘀证密切相关.功能与通路分析结果显示,冠心病血瘀证差异表达基因主要与免疫和炎症相关.共有9个lncRNA(均为下调),31个mRNA(11个上调,20个下调)和24个miRNA(14个上调,10个下调)构成共调控网络,包括76个基因间调控关系.CTA-384D8.35,CTB-114C7.4,RP11-567M16.6和hsa-miR-3158-3p是冠心病血瘀证基因调控网络中的关键节点.Real-time PCR结果验证了上述结果.结论:冠心病血瘀证存在lncRNA-miRNA-mRNA差异表达基因谱,其与免疫和炎症密切相关;差异表达基因间存在相互调控关系,并可依此构建冠心病血瘀证相关lncRNA-miRNA-mRNA调控网络.对冠心病血瘀证的物质基础进行深度挖掘,可为从转录组层面开展中医证型相关研究提供了一定的科学基础.
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关于用现代分子生物学技术研究体质形成机制的探讨
体质形成机制是体质科学研究的重要方面.体质是由先天禀赋和后天获得共同形成的,体现了基因和环境的交互作用.因此,在研究体质形成机制时,也要考虑先天和后天两个方面.利用现代分子生物学的方法和技术研究体质形成机制具有重要的意义.对于先天机制的研究,一般采用全基因组表达谱与SNP技术.对于后天机制的研究,目前尚未有人涉及,笔者认为表观遗传学和microRNA、lncRNA检测是可采取的方法.如何从先天后天两个方面揭示体质形成机制,尚需大量的研究工作去探索和证实.
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2型糖尿病肾阴虚证患者差异lncRNA的筛选及分析
目的 找出与2型糖尿病肾阴虚证发生、发展相关的lncRNA,并探讨其调控的作用机制.方法 采用lncRNA/mRNA芯片对6例2型糖尿病肾阴虚证患者和4例健康成人外周血进行基因表达谱检测,两组数据对比得到差异lncRNA,再对差异lncRNA进行靶基因的预测,并将靶基因与差异mRNA联合分析,从中找出可能与2型糖尿病肾阴虚证发病相关的lncRNA.结果 筛选出差异lncRNA 275条,其中上调lncRNA数为217条,下调IncRNA数为58条.采用顺式调控预测,相关的差异lncRNA有161条;采用反式调控预测,相关的差异lncRNA有107条.在与差异mRNA数据中对比发现,靶基因表达水平有改变的lncRNA 7条.结论 lncRNA AF116618、HMIincRNA880与2型糖尿病肾阴虚证的发生、发展可能有着密切的关系,有作为2型糖尿病肾阴虚证新的诊断标志物和药物靶点的可能.
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lncRNA与感染性疾病研究进展
lncRNAs是近年研究的热点,但其在感染性疾病的研究甚少.病原体在感染宿主后,一方面其自身lncRNAs发生改变,导致宿主致病;另一方面引起宿主lncRNAs发生适应性改变,起到免疫防御作用.
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长链非编码RNA在自身免疫性疾病中的研究进展
长链非编码RNA(lncRNA)是一类长度超过200 nt的非编码RNA.lncRNA可在生命活动的多个水平调控基因表达从而影响生物学过程.lncRNA与免疫细胞活动密切相关,能够通过调控免疫细胞分化发育以及免疫细胞效应功能参与自身免疫性疾病的发生发展.
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miRNA与lncRNA的相互调控作用在肿瘤中的研究进展
miRNA是一类具有介导基因转录后表达调控功能的非编码小分子RNA,IncRNA是碱基数大于200个核苷酸的非翻译转录本,通过基因印迹、染色质重塑、细胞周期调控等多种机制发挥其生物学功能.miRNA与lncRNA之间存在着相互调控关系,对肿瘤的发生发展以及治疗具有重要作用.
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内毒素耐受的表观遗传学调控研究进展
内毒素耐受是机体为对抗过度炎性反应而产生的一种保护性机制,TLR4信号通路在内毒素耐受中发挥重要作用.表观遗传是指不基于DNA序列改变而基因表达有所改变的可遗传现象,可通过microRNA、lncRNA和组蛋白修饰等调控方式参与内毒素耐受进程.
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非编码RNA在棕色/米色脂肪细胞发育中的调控网络
棕色脂肪组织(BAT)的主要作用是燃烧脂肪产热和消耗能量去防御寒冷和肥胖.大量的研究表明:通过各种措施提高BAT的活性可调节代谢稳态和导致一个健康的表型.近年来研究显示非编码RNA (ncRNA):microRNA (miRNA)和长链非编码RNA(lncRNA)在棕色和米色脂肪细胞的分化和代谢中扮演重要的调节作用.本文主要就一些对棕色和米色脂肪细胞发育、分化和功能起调节作用ncRNA进行综述,以期通过对提高BAT活性的靶向ncRNA的研究进行肥胖及其相关疾病的治疗提供新的思路.
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长非编码RNA（lncRNA）与心血管疾病
心血管疾病严重威胁人类健康。有关心血管疾病的研究一直是基础医学的一个重点研究方向。随着遗传学和医学信息学研究的发展，曾被认为无用的非编码基因序列受到到广大研究者越来越多关注。占非编码RNA（ncRNA）大多数的长非编码RNA（lncRNA）的相关研究正在兴起。虽然对lncRNA功能和作用机制的研究尚处于起步阶段，但已有不少证据表明lncRNA与心血管疾病有着密切联系。本文介绍lncRNA的功能和特点，并在已有研究的基础上综述lncRNA与心血管疾病的关系，这些研究进展将为进一步理解心血管疾病发生发展的分子医学基础提供依据。
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LncRNA 在糖尿病及其并发症中的作用
长链非编码 RNA（long non-coding RNA，LncRNA）是一类转录本长度超过200个核苷酸、无蛋白质编码功能的 RNA 分子，起初认为它是转录过程中的副产物，无生物学功能。随着研究的不断推进，人们发现 LncRNA 不但在细胞增殖、分化和代谢中发挥重要的调节作用，而且还参与癌症、糖尿病、神经退行性疾病的病理进程。本文主要就LncRNA在糖尿病及其并发症中的作用作一综述。
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非编码 RNA 与肝脏糖脂代谢调控
随着经济的迅速发展、人们饮食习惯的改变和身体活动的减少，糖尿病成为了现代社会的非传染性的流行病，给家庭和社会造成了极大的危害和经济负担。其中以全身性胰岛素抵抗及胰岛功能衰竭为主要发病特征的2型糖尿病（type 2 diabetes，T2D）已在世界范围引起广泛关注。T2D的发生发展涉及许多组织及糖代谢的各个环节，遗传因素和环境因素共同引起的糖脂代谢通路任一环节的失调均可导致 T2D 的发生。近年来，包括 microRNA （miRNA）及长非编码 RNA （Ln-cRNA）在内的非编码 RNA（ncRNA）的发现及其在人体生理和病理生理过程中的重要调控作用不断被揭示，为进一步了解 T2D 的发病机制注入了新理念和信息。miRNAs 及 LncRNAs 的表达具有组织特异性，其表达水平的异常通常与疾病相关。本文主要对 miRNAs 和 LncRNAs 在肝脏糖脂代谢调控及 T2D 的发生发展中的作用及机制的新研究进展作简要综述。
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长链非编码RNA作为竞争性内源RNA调控银屑病发展的机制研究
目的 探讨长链非编码RNA(lncRNA)在银屑病中作为竞争性内源RNA(ceRNA)调控微小RNA(miRNA)和基因表达的临床与病理意义.方法 下载银屑病患者正常组织、非皮损组织、皮损组织3类60个样本的高通量测序数据(GSE63980),通过生物信息的研究方法构建了银屑病不同类型样本之间差异lncRNA-mRNA共表达网络.通过StarBase数据库下载miRNA、lncRNA和mRNA的靶向关系对,通过计算二者的皮尔森相关系数(r≥0.7,P<0.05)和共享miRNA靶点,构建了银屑病竞争性内源RNA(ceRNA)网络.利用文献证实的银屑病相关的miRNA、lncRNA、mRNA作为种子节点计算随机游走得分,筛选出银屑病相关的lncRNA,并对部分结果开展了GO(gene ontology)功能分析和KEGG通路分析,通过文献检索验证了部分lncRNA具有潜在的ceRNA关系.结果 识别了正常和皮损组织中显著差异的677个mRNA,356个lncRNA;正常和非皮损组织中显著差异的240个mRNA,77个lncRNA;皮损和非皮损组织中显著差异的612个mRNA,209个lncRNA.在共表达网络中的mRNA主要参与的GO通路有G蛋白偶联受体活性、DNA绑定、氮化合物代谢等,KEGG信号通路主要有嗅觉传导、味觉传导等.在ceRNA网络中的mRNA主要参与的GO通路有跨膜受体活性、信号受体活性等,KEGG信号通路主要有系统性红斑狼疮,自身免疫疾等.结论 GAS5与HOTAIR等多个lncRNA在银屑病不同样本中通过与基因竞争miRNA形成潜在的ceRNA关系,有望成为银屑病诊断,治疗的靶标.
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狂犬病病毒感染小鼠脑组织中lncRNA表达谱分析
目的 通过RNA测序的方法研究狂犬病病毒(RABV)小鼠脑组织中lncRNA的表达谱和功能. 方法 用 RABV CVS11株感染小鼠脑组织并提取总RNA,构建文库,上机测序分析获得CVS11毒株感染小鼠脑组织mRNA和 lncRNA表达谱,并进行实时荧光定量PCR验证,通过GO和KEGG分析差异表达lncRNA和mRNA的功能. 结果与未感染组相比,CVS11感染组有88个lncRNA差异表达,2648个mRNA差异表达(FC≥2,P<0.05).采用实时定量 PCR验证差异表达,结果与RNA-seq结果相一致.GO分析差异表达的lncRNA共定位基因高度富集在如氮化合物的解毒,氮化合物的细胞解毒和硝基苯的代谢过程等生物过程中;KEGG分析差异表达的lncRNA靶点参与Toll样受体, NF-κB,MAPK,趋化因子,单纯疱疹和流感A感染等重要信号通路. 结论 lncRNA在RABV感染期间参与调节免疫反应,因此可作为狂犬病预防和治疗的潜在靶点.通过高通量RNA测序研究感染小鼠脑组织中lncRNA和mRNA概况.
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lncRNA MEG3对肝癌细胞增殖凋亡的影响及机制研究
目的 探讨lncRNA MEG3对肝癌细胞增殖凋亡的影响及机制.方法 RT-PCR检测人肝癌HepG2细胞转染48 h后MEG3的mRNA表达;CCK8实验检测细胞增殖;流式细胞仪检测细胞凋亡;Western blot检测ki67、PCNA、Cleaved caspase3、β-catenin、Cyclin D1蛋白表达.结果 与pcDNA3.1组比较,pcDNA3.1-MEG3组MEG3的mRNA表达显著上升,pcDNA3.1-MEG3组细胞存活率显著降低,细胞凋亡率显著升高,Cleaved caspase3蛋白表达显著上调,ki67、PCNA、β-catenin、Cyclin D1蛋白表达显著下调(P<0.01).结论 lncRNA MEG3高表达可抑制肝癌细胞增殖,促进细胞凋亡,其机制与Wnt/β-catenin信号通路的调控有关.
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消化系统恶性肿瘤miRNA与IncRNA研究进展
哺乳动物基因组转录后存在大量微小RNA(microRNA,miRNA)和长链非编码RNA(long noncoding RNA,IncRNA).研究显示,部分常见的功能性miRNA和IncRNA与消化系统肿瘤关系密切,他们在肿瘤的发生、发展过程中发挥着重要调控作用,与患者临床预防、诊疗及预后密切相关.本文综述了近年来消化系统恶性肿瘤miRNA与lncRNA的研究进展,探讨miRNA与IncRNA发挥的促癌或者抑癌作用及其表观遗传学机制,展望他们作为消化系统恶性肿瘤潜在的诊断标志物或治疗靶点的广阔临床前景,将为当前消化系统肿瘤的预防、诊疗和预后提供新思路.
