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基于基因表达数据库的鼠ZFP580基因功能分析
基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)是美国国立生物技术信息中心(NationalCenter for biotechnology information,NCBI)在2000年7月首次公布的基因表达相关数据的公共贮存平台.2005年,NCBI等四家科研机构联合统计表明:GEO拥有代表100多种生物体的近10亿个单独的基因表达数据信息,每周有1000多个不同的用户访问GEO,整体GEO网站的访问次数每周已超过15000次.
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基于基因芯片数据分析非小细胞肺癌H460细胞顺铂耐药相关的靶基因及信号传导通路
目的 基于基因芯片数据分析非小细胞肺癌H460细胞株顺铂耐药相关的靶基因及信号传导通路.方法 从基因表达数据库(GEO)下载基因芯片数据,数据预处理后,使用R软件分析H460顺铂耐药细胞株与亲本细胞株中差异表达的基因.运用生物医学信息学方法(基因本体论使用DAVID在线软件进行分析,信号传导通路使用DAVID及Pathway在线软件进行分析)对差异基因的功能和富集的信号通路进行注释,进一步分析H460细胞顺铂耐药调控的关键基因及信号通路.结果 芯片数据分析显示,H460顺铂耐药细胞株较亲本细胞株表达水平显著上调的有7个基因,表达水平显著下调的有27个基因(P均＜0.01).基因本体论分析发现,差异表达的转录本多与肌动蛋白细胞骨架、细胞转移、细胞功能调控以及膜的组成相关.DAVID在线软件分析显示,差异表达上调的基因主要在8条通路中富集,下调基因主要在15条通路中富集.Pathway分析筛选出16条与H460细胞顺铂耐药相关的通路.结论 通过生物信息学方法对GEO基因芯片数据分析,发现了顺铂耐药相关靶基因及信号传导通路.
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长链非编码RNA LINC00467促进非小细胞肺癌细胞的增殖
目的 研究长链非编码RNAs(Long non-coding RNAs,LncRNAs) LINC00467在非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)组织及细胞系中的表达及其对NSCLC细胞系功能的影响.方法 利用高通量基因表达[Gene Expression Omnibus (GEO)]数据库提取GSE19804和GSE18842数据集的生物信息学资料,分析LINC00467在NSCLC组织和正常肺组织中的表达差异;采用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测收集的25对NSCLC癌组织及其癌旁组织以及NSCLC细胞系(A549、NCI-H266、NCI-H1299)和人正常支气管上皮细胞系HBE中LINC00467的表达;然后将NSCLC细胞系A549分别转染LINC00467 siRNA(si-LINC00467组)和对照序列(si-NC组),分别采用流式细胞技术、CCK8和细胞克隆形成实验检测两组细胞的增殖情况,qRT-PCR和Western blot实验检测两组细胞细胞周期相关分子G1/S-特异性周期蛋白-D1 (CyclinD1)和细胞周期分子细胞周期素蛋白依赖性激酶6(CDK6)的表达.结果 GEO公共数据库分析显示,LINC00467在NSCLC组织中的表达高于正常肺组织(P＜0.05),与癌旁组织和上皮正常细胞相比较,NSCLC癌组织和细胞系中LINC00467的表达水平升高(P＜0.05);A549细胞中si-LINC00467组中LINC00467表达水平明显低于si-NC组(P＜0.01),且细胞活力和细胞克隆数均低于si-NC组,差异均有统计学意义(P＜0.05);相较于si-NC组,si-LINC00467组CyclinD1和CDK6的表达受到明显抑制(P＜0.05).结论 NSCLC组织及细胞系中LINC00467呈高表达,沉默LINC00467表达可明显抑制NSCLC恶性增殖的表型,可为NSCLC的靶向治疗提供潜在策略.
