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两种HIV-1核酸定量检测试剂盒v2.0的对比研究
目的 比较罗氏COMBAS AmpliPrep/COMBAS TaqMan HIV-1 Test version 2.0(简称TagMan v2.0试剂)和生物梅里埃NucliSENS EasyQ HIV-1 v2.0(简称EasyQv2.0试剂)两种试剂,检测艾滋病病毒Ⅰ型(HIV-1)病毒载量间的相关性和一致性.方法 对40份血浆样本采用TaqMan EasyQ v2.0试剂和EasyQ v2.0试剂分别检测HIV-1病毒载量.统计学处理采用配对t检验、回归分析和Bland-Altman分析.结果 TaqMan v2.0和EasyQ v2.0试剂测得的病毒载量均值分别为(4.41±0.72)l0g10拷贝/mL和(3.75±0.75) log10拷贝/mL,差异有统计学意义(t=10.441,P＜0.001).对两种试剂的检测结果进行回归分析表明,两种试剂有较强的相关性(R2=0.817).用Bland-Altman分析比较两种试剂检测结果的差异均值,结果具有较好的一致性.结论TaqMan v2.0和EasyQ v2.0两种试剂盒在检测HIV-1病毒载量时具有较好的相关性和一致性.
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HIV-1早期感染婴儿病毒亚型及env区V3环氨基酸特征分析
目的 分析中国Ⅰ型艾滋病病毒(HIV-1)感染婴儿基因亚型的分布情况,以及env区V3环氨基酸序列特征.方法 利用巢式聚合酶链反应(nPCR)扩增HIV-1前病毒脱氧核糖核酸(DNA) env区和pol区的基因序列,使用ChromasPro(R)、MEGA 4.0(R)、BioEdit(R)软件进行HIV-1基因分型以及env区V3环氨基酸序列的特征分析.结果 对65名HIV-1感染婴儿的100份干血斑样本(DBS)分别进行HIV-1 env区和pol区扩增,终扩增成功的样本为63份和84份；其中45名感染婴儿的59份DBS两基因区均扩增成功.依据两基因区域均扩增成功的45名感染婴儿样本进行基因分型,结果为:CRF BC亚型占73.3％(33/45,包括CRF_ 07-BC 21份,CRF_BC-08 11份),CRF01-AE亚型占20.0％(9/45),B’亚型占4.4％(2/45),G亚型占2.2％(1/45).对env区扩增成功的63份样本的V3环顶端四肽特征序列进行分析,结果显示存在5种类型,分别为GPGQ、GPGR、GPGS、GLGR和GQGR,以GPGQ为主.53份样本可能使用CCR5作为辅助受体,3份样本可能使用CXCR4作为辅助受体,7份样本不能做出预测.结论 婴儿感染的HIV-1亚型呈现多样性分布；HIV-1 V3环顶端氨基酸序列以GPGQ为主；大部分婴儿样本可能使用CCR5作为辅助受体.
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福建省HIV-1毒株耐药基因变异分析
目的 了解福建省Ⅰ型艾滋病病毒(HIV-1)的耐药基因变异情况.方法 选取2005-2012年福建省抗病毒治疗1年以上、病毒载量高于1 000拷贝/mL的HIV感染者/艾滋病病人标本,进行基因型耐药性检测.同时收集前期研究中的耐药性检测数据进行对比分析.结果 共检测73例病毒学治疗失败病人标本,其中60例(82.19％)成功扩增序列,结合125份未接受抗病毒治疗者的样本,共获得185份样本进行耐药分析.未治疗组和治疗组对蛋白酶抑制剂(PI)的耐药发生率均较低,分别为1.60％(2/125)和8.33％(5/60)；未治疗组对反转录酶抑制剂(RTI)的耐药发生率为4.80％(6/125)；治疗组对RTI耐药发生率较高,为61.67％(37/60),尤其是对NVP、EFV、3TC和FTC.常见的耐药突变有M184V、D67N、K70R、K219Q、T215F、G190A、Y181C和K103N.结论 福建省HIV-1感染者的总体原发性耐药突变率较低,病毒学治疗失败病人对PI耐药发生率仍处于低水平,但对RTI耐药发生率较高.
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2008-2010年深圳市HIV-1耐药警戒线调查及耐药趋势分析
目的 根据世界卫生组织(WHO)推荐的I型艾滋病病毒(HIV-1)耐药警戒线调查方案,调查分析深圳HIV感染者的病毒株耐药突变情况,并分析耐药株传播水平的3年发展趋势.方法 通过连续3年系列横断面调查,于2008年至2010年,每年采集＜25岁未接受抗病毒治疗的HIV-1感染者血浆样本,提取病毒RNA,采用反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增HIV-1 pol区片断,进行序列测定和耐药基因变异分析.结果 2008年检测耐药传播率为0(0/45),2009年检测耐药传播率上升至6.1%(3/49),其中1份对核苷类反转录酶抑制剂耐药(T215S),2份对蛋白酶抑制剂出现耐药(M46L);2010年检测耐药传播率为4.0%(2/50),其中1份对核苷类反转录酶抑制剂耐药(T215S),1份对蛋白酶抑制剂出现耐药(M46I).所有耐药株均来自经性传播人群,其中,蛋白酶抑制剂耐药株全部来自男男性行为人群.核苷类反转录酶抑制剂耐药株全部属于重组亚型CRF07_BC,而蛋白酶抑制剂耐药毒株全部属于CRF01_AE.结论 深圳地区HIV-1耐药已经进人或即将进入中度传播水平,应该为深圳地区发现的HIV感染者提供耐药检测,尤其是针对性传播人群.
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miRNA影响HIV-1的复制和潜伏及相关治疗进展
微小核糖核酸(miRNA)在细胞内具有重要的转录后调控功能,经由一系列复杂的加工过程形成,并通过RNA沉默复合物调控信使核糖核酸(mRNA)的翻译.miRNA也能够通过调控关键的转录蛋白或直接与Ⅰ型艾滋病病毒(HIV-1)整合的基因结合,从而调控HIV-1的感染.而利用miRNA进行HIV-1治疗也是当下研究的热门课题.文章主要从miRNA的产生及对HIV-1的复制和潜伏的影响和miRNA对HIV-1治疗进展进行了综述.
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我国中部HIV-1 B'亚型分离株基因组结构特征及系统发育分析
为了分析河南省Human immunodeficiency virus-1(HIV-1)流行株的基因特征和传染来源,我们从一位HIV-1感染的有偿献血员体内分离HIV-1毒株.提取感染细胞的全基因组DNA,扩增病毒全基因组,Walking法测得全长序列.与HIV-1 RL42和HIV-1 HXB2株比较,分析基因特征.用Anthewin软件比较分析CNHN24株和RL42株env蛋白的二级结构.用Clustal软件对国内HIV-1分离株和国际参考株的全基因组、env基因和V3环基因分别进行了系统发育分析.结果发现,CNHN24株为HIV-1 B'亚型,富含嘌呤,含量达到60.26%.与RL42株及HXB2株比较,pol基因和gag基因变异度较小,env基因及非结构基因变异度较大.与RL42株相比,env蛋白二级结构变异不大,但env保守区C4的氨基酸呈高度变异.系统发育分析显示,CNHN24株与RL42株遗传距离近,HIV-1Lai株和HXB2株次之,与国内的HIV-1 B/C及AE/BC重组毒株的遗传距离较远;从V3序列的比较可以发现,CNHN24株与来自云南省的毒株HIV-1 CR206及RL42遗传距离近.认为HIV-1 CNHN24株可能由云南传入.
