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汉坦病毒Q32株L和M片段全基因序列分析
目的测定汉坦病毒Q32株L、M片段的全长序列,了解其分子基础.方法设计特异的PGR引物,用RT-PCR技术分段扩增Q32株全长L、M片段,PCR产物纯化后直接测序,或用T-A克隆方法进行PCR产物克隆,然后进行遗传进化分析.结果Q32株L片段的全基因序列共6533个核苷酸,GC含量为37.38%,AT含量为62.62%,包含一个单一的开放读码框架(ORF),该读码框架从38到6493,由6456个核苷酸组成,编码2151个氨基酸,可以合成相对分子质量为2.46×105的蛋白.M片段全基因序列共3616个核苷酸,GC含量为39.44%,AT含量为60.56%,包含一个单一的开放读码框架(ORF),其读码框架从41到3448,由3408个核苷酸组成,编码1135个氨基酸,可以合成相对分子质量为1.26×105的蛋白.Q32编码的RNA聚合酶也有6个比较保守的区域.结论汉坦病毒Q32株M和L片段具有和其他汉坦病毒糖蛋白和RNA聚合酶相似的核苷酸一级结构,核苷酸序列虽有差异,但在氨基酸水平上的同源性仍很高.
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某部驻区肾综合征出血热自然疫源地调查
目的 了解某部驻区肾综合征出血热自然疫源地情况.方法 应用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增该地鼠类脏器模板的M片段基因序列,用BLAST软件进行序列分析,并用Clustal X(1.8)软件进行聚类分析.结果 RT-PCR检测结果显示,2份大林姬鼠的肺组织标本汉城型汉坦病毒检测结果阳性,对1份阳性标本进行序列测定并分析其核苷酸序列,所测序列与中国黑龙江的AF28829株、朝鲜的HVU38177株和HVU37729株、日本的HANG12GP等汉城型汉坦病毒同源性为99%.结论 该部驻区可能存在汉城型汉坦病毒的肾综合征出血热自然疫源地.
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天津地区汉坦病毒分离株TJJ16 M基因片段克隆和序列分析
目的 分析天津地区汉坦病毒分离株TJJ16 M基因的分子特征.方法 采用细胞培养法从鼠肺标本中分离汉坦病毒TJJ16,提取TJJ16感染Vero-E6细胞的总RN A,经逆转录扩增病毒cDNA,继而进行PCR分别扩增M1和M2基因片段,克隆于T载体并测序拼接,对其进行序列分析和生物信息学分析.结果 汉坦病毒TJJ16株的M基因片段全序列长为3616nt,仅有1个开放读码框架(ORF),编码1 136个氨基酸,序列分析表明其为汉滩型(HTN型)汉坦病毒,与HTN型Q32株同属1个亚型.结论 TJJ16病毒株M基因片段的克隆和序列分析证实其为HTN型,系天津地区的首次报道.
