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中国HIV-1主要流行重组株B/C Tat基因第一外显子序列特征分析
目的 研究我国人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)流行重组株B/C Tat基因第一外显子变异特点,探讨这些变化对其功能的影响.方法 从确诊的HIV-1感染者全血样本中提取基因组DNA,经套式聚合酶链反应(PCR)扩增和测序.使用GCG和Bioedit软件中的程序进行系统进化树和氨基酸变异分析,同时进行网上三级结构预测.结果 总计154份样品中CRF07-BC为120份,CRF08-BC为34份,两种亚型有较广泛的分布,CRF07-BC与标准株的平均基因离散率为(5.748±1.352),CRF08-BC与标准株的平均基因离散率为(1.259±1.931).结论 我国流行重组株CRF07-BC比CRF08-BC有较长的流行时间,CRF07-BC与CRF08-BC基因第一外显子氨基酸相比,主要为半胱氨酸富含区和核心区的变化.在这两个区位点变化可能影响Tat与细胞因子如cyclin T1的结合能力,而成为CRF07-BC在我国流行中获得传播优势的原因.
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中国HIV-1 B/C重组病毒的gag-pol区基因序列特征分析
目的对6株中国人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)B/C重组病毒的完整gag基因和部分pol基因进行序列分析,从基因水平上分析是否存在新模式的B/C重组病毒并与其母本毒株进行比较研究,尝试对其不同的生物学表型进行解释.方法从确诊的HIV感染者的全血样本中,提取样本基因组DNA,经套式聚合酶链反应(PCR)扩增后,将扩增产物进行纯化和测序.然后将所得序列进行系统进化树和氨基酸变异分析.用Simplot软件进行序列重组分析并确定重组断点区域;用MEGA软件按断点分段做基因进化树分析以验证该断点的正确性;用GCG软件包的Distance程序计算基因距离.并分析所研究的HIV-1 B/C重组毒株长2550 bp基因区段的分区段的基因离散率及基因重组对其功能可能造成的影响.结果新疆5份样本均未发现重组断点的变化,而重庆1份样本的逆转录酶区内的B/C断点发生了160个核苷酸的移动.氨基酸序列分析显示,我国流行的B/C重组株与其母本B、C毒株之间发生第286位(R→ K/N)和第799位(A→ T)的变化.结论我国现在流行的HIV-1 B/C重组病毒仍以CRF07-BC和CRF08-BC两种模式为主,在本研究涉及的基因区内尚未发现新模式重组毒株的流行.初步分析表明我国B/C重组毒株286位和799位氨基酸的变异可能为B/C重组株在我国流行中获得传播优势的原因.
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6份人类免疫缺陷病毒的基因亚型分析
艾滋病是由于人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)引起的一类高感染率、高发病率、高死亡率的传染病.由于HIV的高度变异性使得机体的免疫机制难以适应病毒的变异速度,造成感染者的免疫功能部分或全部丧失,而使感染者病死率极高.同时,HIV的这种高度变异性也使其自身发展成为一组复杂的病毒种群[1].其中包括HIV-1和HIV-2两个型别.目前引起全世界范围内大面积流行的HIV-1病毒主要为HIV-1型M组中的A-J(除E以外)9个亚型[2]和14种流行重组模式(CRF01～CRF14)毒株.而不同亚型病毒的生物学特性、分子流行病学特征、疾病进程和相关治疗手段均有所不同[3].笔者根据通过复合套式PCR鉴定HIV-1基因亚型的方法[4],对沈阳医学院附属中心医院门诊和住院患者中筛查出的HIV-1阳性感染者进行基因亚型的鉴定与分析.报告如下.
