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陕西地区10165例造血干细胞捐献者HLA-A/B/DRB1座位罕见等位基因确认与分析
本研究分析陕西地区2009-2012年度10165例造血干细胞捐献者HLA-A/B/DRB1分型中罕见等位基因的检出状况.应用PCR-SBT方法对10165陕西地区造血干细胞捐献者的HLA-A/B/DRB1进行分型.结果发现,在48例捐献者中确认罕见等住基因40种,其中在15个捐献者中确认的10种等位基因虽不包含在中华骨髓库的常见及确认等位基因表(common alleles and well documented alleles,CWD)中,但已包含在美国免疫遗传协会的常见及确认的等位基因表中,分别是:A*02:04、B*07:10、B*27:09、B*35:11、B*44:29、DRB1*03:04、DRB1*08:18、DRB1* 13:05、DRB1*13:14、DRB1* 14:11,检出2例以上的罕见等位基因包括A*68:24、B*35:11、B*44:29、DRB1* 03:04、DRB1 *08:18、DRB1* 13:05.本实验室从2005-2012年发现并被世界卫生组织人类白细胞抗原因子命名委员会命名的共21例新的HLA等位基因中,有些在多个实验室的多个个体被确认,现已有HLA-A* 02:90、HLA-B *48:14、HLA-DRB1* 01:14被列入中华骨髓库的确认及常见等位基因表.结论:在实际工作中,对于发现的新等位基因要及时上报,对确认的罕见等位基因要记录统计,保证中华骨髓库HLA基因人群分布不断累积和多态性完整,给修正中国CWD表提供依据.在参照常见及确认等位基因表进行实验分析时,对于模棱两可样本含有已确认过的罕见等位基因时要慎重取舍,以避免错检或漏检发生,保证患者尤其是携带罕见等位基因的患者大可能的找到匹配的供者.
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人类白细胞抗原A、B和DRB1测序分型模棱两可结果的分布及解决
目的 调查广西人群HLA-A、B、DRB1基因测序分型中模棱两可结果的分布状况,提出解决方案.方法 采用聚合酶链反应-直接测序分型方法对1 000名中华骨髓库广西分库供者的HLA-A、B、DRB1基因进行测序分型,分析3个基因座模棱两可分型结果的分布情况,并分别采用高分辨聚合酶链反应-序列特异性引物法和组特异性测序引物法进行解决.结果 1 000份标本中,96.7％的标本HLA-A、B、DRB1基因至少有1个位点出现模棱两可结果,其中HLA-A、B、DRB1各位点出现模棱两可结果的比例分别为65.7％、58.8％、77.2％％.对于检出的模棱两可结果标本,单独采用组特异性测序引物法可以解决87.37％HLA-A、93.54％ HLA-B和60.49％的HLA-DRB1基因模棱两可分型结果,使用高分辨聚合酶链反应-序列特异性引物法解决12.63％ HLA-A、4.76％ HLA-B和15.29％ HLA-DRB1基因模棱两可分型结果,剩余1.70％ HLA-B和24.22％的HLA-DRB1基因模棱两可分型结果联合使用组特异性测序引物法和高分辨聚合酶链反应-序列特异性引物法解决.结论 组特异性测序引物法和高分辨聚合酶链反应-序列特异性引物法分别对位于HLA-A、B和HLA-DRB1基因检测区内、外的模棱两可分型结果具有较高的解决能力,二者互为补充,可有效解决HLA高分辨基因分型结果模棱两可问题.
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HLA测序分型中模棱两可结果的分析及其解决策略
目的 探讨无关供-受者器官移植人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)高分辨分型确认实验中,HLA测序分型模棱两可结果的种类、比例及高效解决方法.方法 采用美国Atria公司的HLA测序分型试剂盒,对650人份无关供-受者样本的HLA-A、B、C基因第2、3和4外显子,HLA-DRB1第2外显子及HLA-DQB1第2、3外显子进行常规检测,统计常见模棱两可等位基因种类及比例,再应用PCR序列特异性引物(squence specific primer,PCR-SSP)高分辨试剂盒或增加常规检测区外的外显子进行再测序分型(sequencing-based typing,SBT),以获得精确的HLA高分辨分型结果.结果 650人份供-受者的HLA-A、B、C、DRB1及DQB1基因的直接测序分型出现模棱两可比例分别为76.31％ (496/650),91.08％ (592/650),97.69％ (635/650),88.62％ (576/650)和43.38％ (141/650).共发现常规检测区内模棱两可等位基因型组合36种,常规检测区外模棱两可等位基因组合22种.依据中国常见及确认的(common and well-documented,CWD) HLA等位基因表(1.01版),排除罕见等位基因后,共有9种模棱两可CWD组合,除了HLA-B、C位点包括等3种外,其余的3个位点各出现1种;检测区外模棱两可等位基因组合减少为10种,其中HLA-A、B位点各1种,HLA-C、-DRB1位点各4种.所有模棱两可结果采用高分辨PCR-SSP或PCR-SBT方法进行必要的复核确认.结论 分析了HLA 5个位点测序分型中模棱两可结果的常见种类,采用相应的解决策略,可以达到高效、低耗、精确分型的目的.
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南方汉族人群功能性KIR框架基因测序分型中模棱两可的结果及解决策略
目的：探讨南方汉族人群中功能性 K IR 框架基因全部编码区测序分型中模棱两可结果的种类及其解决方法。方法对306份南方汉族人群的14个功能性 K IR 框架基因的全部编码区进行测序分型,统计模棱两可结果的种类及比例,针对每种模棱两可结果中等位基因编码区序列碱基的差异,设计组特异性 PCR 及测序引物,进行组特异性 K IR 等位基因 PCR 扩增和再测序,以鉴定等位基因型别。结果发现KIR2DL5、3DL2和3DL3存在6种模棱两可的结果,种类及其比例依次为：3DL2?(002,007/010,015)占12.09%(37/306),(2DL5A?001,2DL5B?006/2DL5A?012、2DL5B?008)占5.88%(18/306),3DL3?(001,010/009,048)占3.59%(11/306),3DL2?(007,008/016,027)占2.29%(7/306),3DL3?(00801,048/01001,026)及3DL3?(00802,048/01002,026)均占1.31%(4/306)。除了(2DL5A?001,2DL5B?006/2DL5A?012,2DL5B?008)、3DL2?(007,008/016,027)两组模棱两可结果均分别只检出其中的一种基因型外,其余的4组模棱两可结果每组中均检出了不同的基因型。结论我们建立了有效的组特异性引物扩增和测序方法鉴定模棱两可的结果,在 KIR 测序分型中具有广泛的应用价值。
关键词： 杀伤细胞免疫球蛋白样受体 测序分型 模棱两可 组特异性引物 -
KIR3DL3基因测序分型中模棱两可结果的鉴定方法
目的 探讨KIR3DL3基因测序分型中出现的模棱两可结果的鉴定方法.方法 对南方汉族614例白血病患者的KIR3DL3基因的全部编码区进行测序分型,统计KIR3DL3模棱两可等位基因结果的种类及比例,针对每种模棱两可结果中等位基因编码区序列碱基的差异,设计组特异性PCR引物,进行组特异性KIR3DL3基因PCR扩增和再测序,鉴定KIR3DL3的基因型.结果 共检出了7种新的KIR3DL3模棱两可的结果,其中3DL3*(00301,01002/00902,028)检出了7例,占1.14％(7/614);3DL3*(00102,01501/00601,00901/02102,023)、3DL3*(00402,01002/00802,028)、3DL3*(00402,01001/00801,028)分别检出了6例,均占0.98％ (6/614);3DL3*(00301,01001/00901,028)、3DL3*(00301,00801/00402,00901)、3DL3*(00301,00802/00402,00902)分别检出了3例,均占0.49％(3/614).这7种模棱两可组合分别采用组特异性PCR引物均能准确的鉴定出KIR3DL3基因型,其中3DL3*(00102,01501/00601,00901/02102,023)、3DL3*(00402,01001/00801,028)和3DL3*(00301,00802/00402,00902)的模棱两可组合样本均鉴定出1种基因型,其余的模棱两可组合均检出了2种不同的基因型.结论 本文为鉴定KIR3DL3模棱两可的结果建立了可靠的鉴定方法,具有良好的实用价值.
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等位基因HLA-A*02∶09与4种HLA单倍体的关系及应用
目的 观察等位基因HLA-A*02∶09与4种单倍体的关系,以通过筛检相关单倍体缩小模棱两可确认实验的检测范围.方法 采用PCR-SSO-Luminex方法检测的HLA-A*02∶01和A*02∶09的模棱两可样本通过EXON4-7补充实验确认HLA-A*02∶09阳性样本,并观察是否携带特定单倍体.结果对205例A*02∶01/02∶09的模棱两可样本进行了确认实验,包含携带4种单倍体的样本58例,3例检出A*02∶09;未携带4种单倍体的147例未检出A*02∶09.结论 HLA-A*02∶01/02∶09模棱两可的比例较高,筛检高危单倍体可有效缩小骨髓库入库样本发生A*02∶01/02∶09这一组模棱两可时的确认实验的检测范围.
关键词： HLA-A*02∶09 模棱两可 单倍体
