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血府逐瘀胶囊与血管内皮生长因子促血管新生差异研究
目的 观察血府逐瘀胶囊与血管内皮生长因子(VEGF)体外成血管作用的差异及各自对基因表达谱的影响,为中西两种药物促血管新生行为差异提供分子调控模式.方法 通过血府逐瘀含药血清和VEGF影响内皮细胞HMEC-1(HMEC-1)体外成血管的结果分析,明确二者的行为差异,并确定各自佳促血管新生的药物条件,进一步通过数字基因表达谱(DGE)技术,分析两种药物在佳药效条件下影响基因表达的情况.结果 与空白血清组比较,2.5％含药血清组作用48 h血管管腔数明显增加,5％含药血清组作用48、72 h血管管腔数明显减少(均P＜0.01).与空白组比较,1.25、2.5、5、10 ng/mL VEGF干预组血管管腔数明显增加(P＜0.01).将2.5％血府逐瘀含药血清和10 ng/m LVEGF作用48 h选定为佳促血管新生的药物条件,进一步DGE分析的结果显示,受VEGF影响表达差异显著的基因共7个(SCGB3A1、FTPA2、IGLL5、SFTPC、SFTPA1、CD74、SFTPB),均为下调基因,共涉及百日咳、吞噬体、原发性免疫缺陷、抗原加工提呈、溶酶体、单纯疱疹感染、肺结核7条有显著差异的通路.受血府逐瘀胶囊影响的表达差异基因为5个(OTX1、BCYRN1、MRPL50、CCDC104、TCEAL1),其中OTX1表达上调,其余4个均表达下调,无差异显著的通路.结论 血府逐瘀胶囊促血管生长呈现短暂及双向调控的特点,而VEGF只表现出单纯的促血管生长作用.两种药物促血管生长的行为差异与其所影响的基因密切相关.
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不同物候期栽培远志的数字基因表达谱分析
不同物候期栽培远志中化学成分的含量变化是影响远志生产实践中佳采收期确定的主要因素.本文采用数字基因表达谱(DGE)技术对不同物候期(花果期、枯萎期、休眠期)的栽培远志进行分析,从中找到被注释到与远志中化学成分生物合成相关的差异表达基因,并利用RT-qPCR(荧光定量PCR)技术对代表性差异表达基因进行验证,之后采用基因表达相关分析预测参与远志皂苷生物合成下游途径的关键酶(CYP450s与UGTs).结果表明:①在花果期→枯萎期→休眠期的发育过程中,远志中共同表达下调的基因数量要高于上调的数量;②与三萜皂昔生物合成相关的基因有6条(HMGS、PMK、FPPS、SQS、SE和β-AS),而与苯丙素类(黄酮类、木质素类)生物合成相关的基因有5条(PAL、C4H、4CL、CAD和peroxidase);③与枯萎期、休眠期相比,花果期远志中的皂苷类、(山)酮类和木质素类成分的生物合成量多;④UGT83A1和CYP716B1、CYP98A3、CYP86B1、CYP94A1可能是参与远志皂苷生物合成下游途径的部分关键酶.本研究从转录水平上佐证了栽培远志传统采收期的正确性,并为今后远志皂苷生物合成关键酶(CYP450s与UGTs)的基因克隆及功能验证奠定了科学基础.
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脂多糖活化巨噬细胞的数字基因表达谱分析
目的 研究巨噬细胞经脂多糖(LPS)处理后基因表达谱的变化.方法 LPS 0.01 mg·L-1作用RAW264.7细胞24h,应用数字基因表达谱(DGE)技术筛选差异表达基因,分析差异基因富集的Gene ontology(GO)功能和Kyoto encyclopoedia of genes and genomes(KEGG)信号通路,并通过定量PCR对部分差异表达基因进行验证.结果 LPS处理后,共有1959个基因差异表达,其中上调974个,下调985个.GO分析显示,差异表达基因主要发挥蛋白结合和催化活性等分子功能,以及调节细胞过程、对环境刺激的反应和免疫系统等生物学功能.信号通路分析显示,显著富集的途径与炎症、免疫系统和癌症等疾病密切相关.结论 DGE技术验证了LPS介导炎症反应的NF-KB、丝裂原激活蛋白激酶和Jak-STAT3条主要的信号转导途径,发现了细胞周期、细胞凋亡和细胞外识别等新的途径.
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糖化低密度脂蛋白对人脐静脉内皮细胞影响的数字基因表达谱分析
目的：从基因水平探讨糖化低密度脂蛋白( LDL )对血管内皮细胞的作用。方法用20 mmol/L葡萄糖将2 mg/ml LDL在37℃无菌抗氧化条件下孵育4周完成糖化,然后用完全培养基及0.1 mmol/L糖化LDL(gly-LDL)处理人脐静脉内皮细胞(HUVECs)24 h,设普通LDL(n-LDL)组和空白对照组,提取总RNA,进行数字表达谱分析( DGE),并选取部分基因进行实时定量PCR( q-PCR)验证。结果对照组( C)与普通LDL组( N)相比有2287个差异基因；C与糖化LDL组( G)相比有4721个差异基因；N与G相比有442个差异基因；在C与G之间及N与G之间均存在显著性差异,有327个基因在C与G、N和G组间存在显著差异。包括221个下调差异基因和106个上调差异基因。 KEGG富集分析显示C与G的差异基因可映射到199条信号通路中,其中显著性富集(P<0.05)的有71条,C与N的差异基因可映射到193条信号通路中,显著性富集的有70条,N与G的差异基因可映射到148条信号通路中,显著性富集的有41条。 q-PCR结果与DGE结果相符。结论 Gly-LDL可能影响血管内皮细胞的迁移,同时也影响炎症相关因子的表达,另外gly-LDL可能与糖尿病并发肿瘤相关。
