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磁珠富集法分离半夏微卫星序列
目的:利用磁珠富集法分离半夏微卫星序列,以开发半夏微卫星引物.方法:根据链亲和素磁珠和生物素特异结合的特性,将微卫星探针5'端生物素化后与链亲和素磁珠特异结合.用磁珠和探针的结合物与两端连接已知序列人工接头的半夏基因组DNA酶切片段杂交,洗脱未杂交DNA片断后,建立微卫星文库.以此为模板用人工接头序列为引物进行PCR扩增,产物直接克隆,经菌液PCR筛选后测序分析.结果:得到15条半夏微卫星序列,开发效率为93.75%.结论:结果显示这是一种快速而有效的微卫星开发方法.
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黄花蒿EST资源的SSR信息分析及标记开发
目的:研究黄花蒿Artemisia annua EST-SSRs的分布频率及核苷酸重复特征,开发微卫星(microsatellites)标记,为黄花蒿种质资源利用提供理论依据与技术支持.方法:NCBI下载黄花蒿94 923条EST序列经组装后去除冗余,MISA获得EST-SSRs序列,分析EST-SSRs组成特点和分布规律.Pfam2go注释黄花蒿SSR-ESTs数据集,GOSlim程序对注释结果进行分类.Primer3程序设计18对SSR引物扩增黄花蒿基因组DNA,聚丙烯酰胺凝胶电泳检测多态性.结果:黄花蒿拼接组装后获得24 601条序列,含2 110个SSR,出现频率为8.6％,其中二、三核苷酸重复分别占28％,50.4％,三核苷酸重复中ACC/GGT为主要类型,占9.8％.312条黄花蒿SSR-ESTs序列被功能注释.15对引物建立了合适的PCR反应体系,在36个黄花蒿样品中扩增呈现良好多态性.结论:黄花蒿EST-SSR基元类型丰富,在检测的18对引物中有效扩增和多态性均较高,根据EST资源规模开发SSR标记是可行的,为进一步开展黄花蒿种质资源的研究奠定了基础.
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虎耳草属植物SSR分子标记的开发及应用
为了开发虎耳草属基因组SSR分子标记,该研究基于Illumina MiSeq高通量测序平台对虎耳草属植物混合样本进行基因组测序,利用MISA程序识别和定位SSR位点,利用Primer 3软件对搜索到的SSR位点两端设计引物.随机合成120对引物进行多态性引物筛选,再从多态性引物中选取易扩增、多态性高的引物,对25种虎耳草属植物基因组进行扩增,检测引物的通用性,并进行UPGMA聚类分析.结果显示,在测序拼接后获得的1881979条序列中,共搜索到587256个SSR.针对2～6个核苷酸为重复基元的SSR位点设计引物,经过逐级筛选,获得17对多态性高、容易扩增的引物,在25种虎耳草属样品中共扩增出2687个多态性条带,每对引物扩增的多态性条带平均为158个,通用率为88.0％ ～100％.利用开发的SSR标记对虎耳草属25种植物进行聚类分析,物种间关系与根据传统形态学特征分类的结果存在差异.本研究为虎耳草属植物分类学关系提供了分子证据,所开发的SSR引物具有较高的种间通用性和多态性,为研究该属植物的遗传多样性奠定了基础.
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甘蓝型油菜芥酸含量的SSR标记分析
目的:探讨高芥酸材料与低芥酸材料杂交效果,为促进高芥酸油菜育种的研究.方法:采用高芥酸材料与低芥酸材料杂交的F2群体作为材料,研究其遗传性状,并对亲本间的芥酸含量进行了SSR标记分析.结果:发现F2群体中的单株芥酸含量受两对基因控制,其遗传规律符合由一对基因控制的分离比例,得到CB10364、Ra2-E12两个共显性标记.结论:CB10364标记与芥酸含量紧密连锁,单株带型为CB10364-a的芥酸含量<6%.单株带型为CB10364-h的芥酸含量6%～36%,带型为CB10364-b的芥酸含量>36%,能较好的区分群体的芥酸含量,该结果可促进高芥酸油菜的育种研究.
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杜仲SSR标记的遗传多态性及其亲缘关系分析
目的 利用微卫星分子标记技术对杜仲居群遗传多样性及亲缘关系进行研究.方法 对设计的29对EST-SSR引物以及20对已发表的杜仲SSR引物进行筛选,获得的高多态性引物对不同产区杜仲的125个个体进行遗传多样性及亲缘关系分析.结果 筛选得到的18对引物共扩增出74条清晰带.Neig基因多样性指数H=0.3750,Shannon's多态性信息指数I =0.5512.基因分化系数Gst=0.1149.湖南石门与桑植之间有一定的亲缘关系,重庆秀山与陕西略阳之间遗传距离大.结论 杜仲居群内具有丰富的遗传多样性,而不同群体间的遗传多样性低,居群间存在较大基因流.
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黄芪SSR-PCR反应体系的优化及初步应用
目的 为了获得药用植物黄芪SSR-PCR反应的优体系.方法 以山西浑源黄芪为试验材料,采用单因素实验的方法,对影响SSR扩增结果的SSR-PCR反应体系中的5种反应组分(模板DNA、dNTP、TaqDNA聚合酶、引物及退火温度)进行了探索.结果 在20 μl反应体系中,模板DNA的用量为60 ng,引物的适浓度为0.6 μmol/L,dNTP浓度为0.1 mmol/L、TaqDNA聚合酶浓度为0.05 U/μl、退火温度为57℃为适反应体系.利用此反应体系对不同来源(山西、黑龙江、辽宁、河北、甘肃)的黄芪进行PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳检测,扩增结果清晰且谱带多态性丰富.结论 成功建立了药用植物黄芪的SSR-PCR优体系,并利用筛选出的引物检测出不同产地黄芪具有很高的多态性,为今后黄芪种质资源的分子评价奠定了技术基础.
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植物SSR标记的研究现状及其在法庭科学中的应用
随着SSR分子标记技术的深入研究,其在植物遗传多样性分析、种属鉴定、个体识别中得到越来越广泛的应用.本文就植物SSR分子标记技术的特性、发展、研究现状进行综述,并探讨其在法庭科学中的应用前景,旨在为法庭科学和相关学科中的应用和相关领域中的研究提供参考.
