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陕西地区10165例造血干细胞捐献者HLA-A/B/DRB1座位罕见等位基因确认与分析
本研究分析陕西地区2009-2012年度10165例造血干细胞捐献者HLA-A/B/DRB1分型中罕见等位基因的检出状况.应用PCR-SBT方法对10165陕西地区造血干细胞捐献者的HLA-A/B/DRB1进行分型.结果发现,在48例捐献者中确认罕见等住基因40种,其中在15个捐献者中确认的10种等位基因虽不包含在中华骨髓库的常见及确认等位基因表(common alleles and well documented alleles,CWD)中,但已包含在美国免疫遗传协会的常见及确认的等位基因表中,分别是:A*02:04、B*07:10、B*27:09、B*35:11、B*44:29、DRB1*03:04、DRB1*08:18、DRB1* 13:05、DRB1*13:14、DRB1* 14:11,检出2例以上的罕见等位基因包括A*68:24、B*35:11、B*44:29、DRB1* 03:04、DRB1 *08:18、DRB1* 13:05.本实验室从2005-2012年发现并被世界卫生组织人类白细胞抗原因子命名委员会命名的共21例新的HLA等位基因中,有些在多个实验室的多个个体被确认,现已有HLA-A* 02:90、HLA-B *48:14、HLA-DRB1* 01:14被列入中华骨髓库的确认及常见等位基因表.结论:在实际工作中,对于发现的新等位基因要及时上报,对确认的罕见等位基因要记录统计,保证中华骨髓库HLA基因人群分布不断累积和多态性完整,给修正中国CWD表提供依据.在参照常见及确认等位基因表进行实验分析时,对于模棱两可样本含有已确认过的罕见等位基因时要慎重取舍,以避免错检或漏检发生,保证患者尤其是携带罕见等位基因的患者大可能的找到匹配的供者.
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多发性骨髓瘤患者维生素D受体基因的突变类型
目的：探讨多发性骨髓瘤（ MM）患者维生素D受体（ VDR）基因的突变类型。方法采用聚合酶链反应（ PCR）和DNA直接测序法对40例MM患者和84例健康对照者VDR基因FokⅠ、BsmⅠ、ApaⅠ、TaqⅠ邻近位点进行检测。结果40例MM患者中，有1例MM患者的VDR基因外显子9上检测到cDNA 1421位点同义突变（ ATC→ATA，均编码异亮氨酸），可能与治疗效果较好相关；有1例MM患者检测到VDR基因2种罕见基因型（ BsmⅠ位点 AA基因型和TaqⅠ位点CC基因型），可能与MM的难治复发相关；有1例MM患者检测到罕见等位基因（ rs201747972位点， Global MAF：A＝0．0005／1），可能与2种起源骨髓瘤细胞株相关。 MM 患者还存在 rs11574113 G＞C、rs2229829 C＞A、rs201747972 C＞T 多态位点，与FokⅠ、BsmⅠ、ApaⅠ、TaqⅠ位点相同，这些多态位点均与无义介导的mRNA降解（ NMD）相关， NMD可能与MM的发病相关。结论在MM患者中发现了VDR基因的同义突变、罕见基因型、罕见等位基因及新的多态位点，丰富了中国人群MM的遗传学资料，有助于MM发病机制的进一步研究。
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4例人类白细胞抗原罕见等位基因的结果分析
背景：虽然国内与国外关于新等位基因的报道较多，但是，因某些等位基因首次发现较晚，而后却再次被检测到，并且等位基因频率很低，此类相关文章报道甚少，这些等位基因往往被忽视。目的：检测与确认4例临床移植配型供受者携带的罕见等位基因。方法：采用快速 DNA提取试剂盒从全血样本中提取基因组DNA，经人类白细胞抗原基因商品化测序分型试剂盒检测和SSP高分辨试剂盒验证，得到人类白细胞抗原高分辨分型结果。结果与结论：被检测到的4个罕见等位基因分别为B*27：15、B*51：39、C*07：66和C*08：22。对于以上4个等位基因虽被美国骨髓库列为罕见等位基因，但在中国可能并不罕见。事实证明，被美国骨髓库列为罕见等位基因的C*08：22为中国汉族人群常见等位基因。
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17个罕见HLA等位基因的确认及其关联单倍型预测
目的 确认常规HLA分型中检测到的17个罕见HLA等位基因,并推断其能关联的HLA单倍型.方法 采用双链直接测序和Luminex DNA杂交流式分型技术进行初次HLA分型和复核实验,采用单链测序进行罕见HLA等位基因确认实验.根据中国汉族人群HLA等位基因频率和单倍型频率资料,推断罕见HLA等位基因可能关联的HLA单倍型.结果 17个罕见HLA等位基因分型结果准确,推断可能关联的单倍型有18个,其中A* 11:12和DRB1*13:19分别于独立个体中检测到2次.结论 17个罕见基因确认无误,可能关联单倍型有18种.本研究可以为临床骨髓移植、HLA配型提供参考,同时丰富了本地区HLA多态性的研究资料.
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中国南方汉族造血干细胞捐献者HLA-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1高分辨等位基因多态性分析
目的 探讨中国南方汉族造血干细胞捐献者人类白细胞抗原(HLA)-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1位点高分辨等位基因的多态性分布.方法 选择2016年1月至2017年12月于中国造血干细胞捐献者资料库(CMDP)深圳分库登记的4 262例中国南方汉族造血干细胞捐献者为研究对象.采用PCR-序列特异性寡核苷酸探针(SSO)和二代测序(NGS)技术对本研究4 262例造血干细胞捐献者的HLA-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1位点进行高分辨等位基因分型检测.采用直接计数法分别计算上述5个HLA位点的常见、确认及罕见等位基因频率.采用x2检验判断研究对象的HLA-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1各位点等位基因的分布是否符合Hardy-Weinberg平衡定律.结果 ①本研究4 262例中国南方汉族造血干细胞捐献者的HLA-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1位点等位基因观察值与期望值分别比较,差异均无统计学意义(x2 =295.068、572.482、355.205、362.584、312.150,P＞0.05).本研究4 262例造血干细胞捐献者的HLA-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律.②本研究4 262例中国南方汉族造血干细胞捐献者中,检出的HLA-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1位点的等位基因分别为49、97、37、48和22种,其中等位基因频率＞0.05的常见等位基因包括:HLA-A* 11∶01、24∶02、02∶07、02∶01、33∶03和02∶03,累计等位基因频率为0.767 1;HLA-B* 40∶01、46∶01、58∶01、13∶01和51∶01,累计等位基因频率为0.471 6;HLA-C* 01∶02、07∶02、03∶04、08∶01、03∶02、06∶02和03∶03,累计等位基因频率为0.782 5;HLA-DRB1* 09∶01、15∶01、12∶02、07∶01、08∶03、03∶01、11∶01和04∶05,累计等位基因频率为0.656 4;以及HLA-DQB1* 03∶01、03∶03、06∶01、05∶02、03∶02、02∶01、05∶03、06∶02和02∶02,累计等位基因频率为0.877 6.③本研究4 262例中国南方汉族造血干细胞捐献者中,HLA-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1位点的确认及罕见等位基因分别检出22、42、14、11和7种,其中HLA-A* 29∶03,HLA-B* 18∶04、15∶296和54∶03,HLA-C* 12∶12、HLA-DRB1* 04∶101,以及HLA-DQB1*02∶10为罕见等位基因,目前尚未被收录于CMDP的《常见及确认等位基因表(CWD)》2.3版本.结论 本研究获得较为完整的中国南方汉族造血干细胞捐献者的HLA-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1位点的高分辨等位基因多态性分布数据,记录并统计HLA确认及罕见等位基因.本研究结果有助于CMDP中HLA基因人群分布和多态性数据的积累,并且为完善CMDP的CWD提供参考依据.
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陕西地区HLA确认和罕见等位基因及单体型研究
目的 本研究分析陕西地区1 276例临床血液病患者和供者HLA-A/B/C/DRB1/DQB1高分辨分型结果中确认等位基因(Well-Documented alleles)和罕见等位基因(Rare alleles)的检出情况并且总结确认等位基因相关单体型.方法 应用PCR-SBT和PCR-SSOP 2种方法对临床血液病患者和供者HLA-A/B/C/DRB1/DQB1 5个位点进行高分辨检测和复核.结果 1 276例患者和供者中共检出48种确认等位基因并且分析总结出11种确认等位基因相关的单体型,检测出5个罕见等位基因HLA-A* 11∶140、B* 07∶248、C* 08∶125、DQB1* 06∶103和DQB1* 06∶117,其中C* 08∶125在同1个家族姐弟中被检出3次.结论 在临床检测和分析的过程中,应该不断的记录和统计确认和罕见等位基因,保证中华骨髓库(China Marrow Donor Program,CMDP)HLA基因多态性的不断丰富,有助于中国CWD表的不断完善.对确认和罕见等位基因相关单体型总结和分析,为临床指导非亲缘造血干细胞移植供者的选择提供理论依据,保证携带确认和罕见等位基因的患者大可能的找到匹配的供者.
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PowerPlexTM 16体系在中国人群中罕见等位基因及其类型
目的分析PowerPlexTM16体系基因座在中国人群中的罕见等位基因及其类型.方法应用PCR-STR和DNA序列分析技术,对4650个无关个体在15个STR基因座中的罕见等位基因进行检测.结果在PowerPlexTM16体系中的D7S820、D16SS39、Penta E基因座,检测到2种类型的罕见等位基因,而TH01、D21S11、D5S818、D13S317、Penta D、D8S1179、TPOX、FGA基因座检测出1种类型.其等位基因频率均较低(0.215‰～7.097‰).结论超出ladder范围的罕见等位基因序列比相邻等位基因增加(或减少)1个或数个重复单位,因碱基的插入或缺失的罕见等位基因出现在两等位基因之间.
