首页 > 文献资料
-
应用PCR-SSOP技术进行大样本脐血HLA基因分型的探讨
目的:探讨一种高效、快速、准确、省力并能批量检测HLA基因分型的方法.方法:采用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSOP)反向杂交技术对天津地区汉族健康新生儿脐血HLA-A、B、DR位点进行中低分辨基因分型.结果:共检出72种HLA-Ⅰ、Ⅱ类特异性抗原,其中A位点抗原检出19种;B位点抗原检出40种;DR位点抗原检出13种.结论:PCR-SSOP是一种结果相对准确稳定、操作简便快速、适用于脐血库等进行大样本分型检测HLA多态性的分子生物学技术.
关键词： HLA抗原 HLA基因分型 脐血 聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针 -
沈阳汉族群体HLAⅠ类基因座PCR-序列特异性寡核苷酸探针分型研究
目的检测和分析沈阳汉族HLA-A、-B、-Cw位点等位基因的多态性.方法采用聚合酶链反应-寡核苷酸探针杂交分型方法对108名沈阳籍健康献血员进行HLA-A、-B、-Cw等位基因分型.结果检出等位基因HLA-A位点21个,B位点43个,Cw位点23个;所有位点的等位基因频率分布符合Hardy-Weinberg平衡.结论从基因水平分析了HLAⅠ类基因的群体分布特征,提供了沈阳汉族群体HLAⅠ类基因座更准确的基因频率.
-
人类白细胞抗原新等位基因HLA-A*3020的鉴定及确认
目的 鉴定及确认1名中国人的人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因.方法 应用聚合酶链式反应-序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide probes,PCR-SSOP)方法基因分型、PCR产物测序和基因克隆DNA测序方法,通过软件分析该基因序列及与相近HLA等位基因序列的差异.结果 PCR-SSOP基因分型结果显示该样品HLA-A谱型为与已知HLA-A等位基因谱型不一致的新谱型;测序结果显示该样品HLA-A位点第2外显子序列与所有已知HLA-A等位基因序列不一致.软件分析表明该基因序列与序列相近的等位基因A*300101,在所检测的第1～3外显子中的差异只是在第2外显子区域产生了nt 294 C→A一个碱基替代,并导致相应的密码子98由GAC(D)→GAA(E).结论 该基因为HLA新等位基因,被世界卫生组织HLA因子专用术语命名委员会正式命名为HLA-A*3020.
-
HLA新等位基因B*5827核苷酸序列的分析
目的 确认人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因B*5827并分析其核苷酸序列.方法 用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针对1份HLA分型反应异常的血样进行基因分型,并用基因克隆测序技术正反向测定DNA序列.结果 测序结果显示HLA-B位点有1个与已知HLA等位基因序列均不同的新等位基因,该等位基因与HLA-B*5820序列同源性高.但在第3外显子存在8个碱基的差异,分别为nt 290(G＞C)、nt 346(T＞A)、nt 390(A＞C)、nt 404(G＞C)、nt 413(C＞G)、nt 471(A＞G)、nt 486(A＞G)和nt 487(C＞A).碱基的不同导致了氨基酸不同nt 97(ser＞arg)、nt115(phe＞tyr)、nt 130(ser＞arg)、nt 157(thr＞ala)和nt 162(thr＞glu),其中nt 404和nt 413是同义突变.结论 该等位基因为HLA新等位基因,基因序列已提交至GenBank数据库,提交号为GU071234,于2010年1月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*5827.
-
中国南方汉族造血干细胞捐献者HLA-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1高分辨等位基因多态性分析
目的 探讨中国南方汉族造血干细胞捐献者人类白细胞抗原(HLA)-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1位点高分辨等位基因的多态性分布.方法 选择2016年1月至2017年12月于中国造血干细胞捐献者资料库(CMDP)深圳分库登记的4 262例中国南方汉族造血干细胞捐献者为研究对象.采用PCR-序列特异性寡核苷酸探针(SSO)和二代测序(NGS)技术对本研究4 262例造血干细胞捐献者的HLA-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1位点进行高分辨等位基因分型检测.采用直接计数法分别计算上述5个HLA位点的常见、确认及罕见等位基因频率.采用x2检验判断研究对象的HLA-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1各位点等位基因的分布是否符合Hardy-Weinberg平衡定律.结果 ①本研究4 262例中国南方汉族造血干细胞捐献者的HLA-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1位点等位基因观察值与期望值分别比较,差异均无统计学意义(x2 =295.068、572.482、355.205、362.584、312.150,P＞0.05).本研究4 262例造血干细胞捐献者的HLA-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1位点基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律.②本研究4 262例中国南方汉族造血干细胞捐献者中,检出的HLA-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1位点的等位基因分别为49、97、37、48和22种,其中等位基因频率＞0.05的常见等位基因包括:HLA-A* 11∶01、24∶02、02∶07、02∶01、33∶03和02∶03,累计等位基因频率为0.767 1;HLA-B* 40∶01、46∶01、58∶01、13∶01和51∶01,累计等位基因频率为0.471 6;HLA-C* 01∶02、07∶02、03∶04、08∶01、03∶02、06∶02和03∶03,累计等位基因频率为0.782 5;HLA-DRB1* 09∶01、15∶01、12∶02、07∶01、08∶03、03∶01、11∶01和04∶05,累计等位基因频率为0.656 4;以及HLA-DQB1* 03∶01、03∶03、06∶01、05∶02、03∶02、02∶01、05∶03、06∶02和02∶02,累计等位基因频率为0.877 6.③本研究4 262例中国南方汉族造血干细胞捐献者中,HLA-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1位点的确认及罕见等位基因分别检出22、42、14、11和7种,其中HLA-A* 29∶03,HLA-B* 18∶04、15∶296和54∶03,HLA-C* 12∶12、HLA-DRB1* 04∶101,以及HLA-DQB1*02∶10为罕见等位基因,目前尚未被收录于CMDP的《常见及确认等位基因表(CWD)》2.3版本.结论 本研究获得较为完整的中国南方汉族造血干细胞捐献者的HLA-A、-B、-C、-DRB1及-DQB1位点的高分辨等位基因多态性分布数据,记录并统计HLA确认及罕见等位基因.本研究结果有助于CMDP中HLA基因人群分布和多态性数据的积累,并且为完善CMDP的CWD提供参考依据.
-
消化性溃疡与HLA-DRB1基因位点相关性的研究
目的 探讨人类HLA-DRB1等位基因与消化性溃疡的病因与发病机制的相关性.方法 采用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(PCR-SSO)杂交的方法,对101例消化性溃疡和305例正常对照无偿献血者的血液标本进行HLA-DRB1等位基因的检测.结果 消化性溃疡组的HLA-DRBl*09基因频率明显低于正常对照组(7.43%vs 12.95%,RR=0.539159).结论 HLA-DRB1*09基因对消化性溃疡可能具有重要的抵抗作用.
