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环状RNA:消化道肿瘤诊治的新靶点
环状RNA(circular RNA,circRNA),作为非编码RNA (non-coding RNA)的重要成员,广泛存在于包括人类在内的多种原核及真核生物体内,对生命活动具有重要的调控作用,已成为非编码RNA研究领域的热点.与线性RNA相比,circRNA呈共价闭合环状结构,具有结构稳定、序列保守、组织特异性、时空特异性等特点,在包括消化道肿瘤在内的多种疾病中发挥重要作用.circRNA可通过竞争性吸附miRNA、调控基因表达、参与蛋白质翻译等多种途径,参与肿瘤的发生发展,在肿瘤早期诊断、疗效监测、分期分型、预后、耐药逆转等方面具有一定的潜能,有望成为消化道肿瘤诊断和治疗的新靶点.本文就circRNA的结构特点、调控机制及其在消化道肿瘤的相关研究进展进行综述.
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吉非替尼获得性耐药非小细胞肺癌细胞中差异表达环状RNA分析
目的:建立吉非替尼获得性耐药非小细胞肺癌细胞株,并筛选和分析耐药前后差异表达的环状RNA (circular RNA,circRNA).方法:利用吉非替尼敏感性非小细胞肺癌细胞株H292(简称为H292_S),采用逐步加药法建立吉非替尼获得性耐药株(命名为H292_R).CCK-8法检测吉非替尼对2种细胞增殖的抑制作用;RNA测序(RNA sequencing,RNA-seq)法筛选2种细胞中差异表达的circRNA.实时荧光定量PCR法验证RNA-seq结果,并结合统计学和生物信息学方法对差异circRNA来源基因的生物学功能进行分析.结果:吉非替尼对H292_S和H292_R细胞增殖的半数抑制浓度分别为(108.63±0.32)nmol/L和(982.37±2.62) nmol/L,2者间差异有统计学意义(P值均＜ 0.05),耐药细胞H292_R对吉非替尼的耐药指数为9.04.2种细胞中存在36个差异表达circRNA,其中耐药细胞中24个circRNA表达上调(P值均＜ 0.05),12个circRNA表达下调(P值均＜0.05):GO富集分析发现,异常表达的circRNA主要涉及调节细胞生长增殖、蛋白转运和基因转录等生物学过程;KEGG通路分析发现,异常circRNA的信号通路主要涉及细胞质DNA感受通路、核因子κB (nuclear factor-kappa B,NF-κB)、胞吞和凋亡等通路.实时荧光定量PCR法验证2种细胞中差异表达circRNAhsa_circ_ 0000567和hsa_circ_ 0000620的表达水平差异,结果显示耐药细胞中这2个circRNA水平均明显上调(P值均＜0.05),与RNA-seq结果相符.结论:筛选出吉非替尼获得性耐药相关的差异表达circRNA,这有助于更深入地阐明菲小细胞肺癌耐药的机制,并可能为其早期诊断提供生物学标志.
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环状RNA在乳腺癌中作用的研究进展
环状RNA是一类共价闭合环状非编码RNA,一般较为保守且稳定,广泛存在于各种生物体内.近年来,环状RNA在肿瘤治疗中的作用成为了一个研究热点,其中包括乳腺癌相关性环状RNA.研究显示,环状RNA在乳腺癌患者的血清及肿瘤组织中异常表达,且在不同分子分型的乳腺癌组织中表达具有特异性.异常表达的环状RNA与多种肿瘤相关基因都有密切的联系,它可通过结合微RNA或其他生物分子抑制后者的功能,直接或间接影响乳腺癌相关基因的表达,从而一方面影响乳腺癌细胞的增殖、侵袭与凋亡,另一方面影响乳腺癌患者对化疗药物的不良反应及耐药性.本文从环状RNA的生物学特征、功能以及近年来其在乳腺癌发生、发展及化疗药物耐药等方面的研究进展进行综述.
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环状RNA hsa_circ_0133159在胶质瘤诊断和预后评估中的临床价值
目的:探讨环状RNA hsa_circ_0133159在胶质瘤诊断和预后评估中的临床价值.方法:采用实时荧光定量反转录聚合酶链反应(quantitative reverse transcription-polymerase chain reaction,qRT-PCR)检测10例正常脑组织和38例胶质瘤组织中hsa_circ_0133159相对表达量,并分析其与胶质瘤患者临床病理特征之间的关系.应用受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线评估hsa_circ_0133159诊断胶质瘤的临床价值.应用Kaplan-Meier法进行生存分析,log-rank法进行预后的单因素分析,COX回归分析进行预后的多因素分析.结果:与正常脑组织相比,低级别胶质瘤和高级别胶质瘤组织中hsa_circ_0133159相对表达量均显著增加,差异有统计学意义(P=0.026,P=0.007).ROC曲线评价hsa_circ_0133159诊断胶质瘤的临床价值,其曲线下面积(area under curve,AUC)为0.887,灵敏度和特异度分别为86.8％和80.0％,截断值为4.32.hsa_circ_0133159低表达组(≤4.32,17例)的无进展生存(progression-free survival,PFS)时间和总生存(overall survival,OS)时间均较hsa_circ_0133159高表达组(＞4.32,21例)明显延长.预后的单因素分析显示,Karnofsky能力状态评分、肿瘤病灶数目、肿瘤病理分级、肿瘤是否复发和hsa_circ_0133159相对表达量与胶质瘤患者的PFS和OS显著相关(P＜0.05).预后的多因素分析显示,hsa_circ_0133159相对表达量是胶质瘤患者的独立预后因素[PFS:相对风险度=1.268(95％置信区间:1.007～3.459),P=0.001;OS:相对风险度=1.252(95％置信区间:1.103～2.422),P=0.001].结论:hsa_circ_0133159可能作为一种新型的生物学标志物应用于胶质瘤的鉴别诊断和预后评估.
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不同类型RNA与癫(癎)关系的研究
癫(癎)发病机制十分复杂,不同类型的RNA与癫(癎)有关,是国内外研究的热点.文中综述不同类型RNA与癫(癎)的关系,探讨不同类型RNA可能作用的靶向基因、信号转导通路和代谢途径,为癫(癎)诊治提供新的理论依据.
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环状RNA研究进展及临床应用
环状RNA(circular RNA,circRNA)是一类产生于RNA剪切过程的封闭环形RNA分子,主要由外显子和(或)内含子构成,广泛存在于真核细胞内,具有稳定性、物种保守性以及细胞、组织特异性.环状RNA参与细胞内RNA调控网络,与疾病的发生和发展密切相关,可能成为新型的生物标记物及治疗靶点.近年来,关于环状RNA产生、调控、生物学特性、功能及其与疾病的关系等均取得了较大的研究进展.本文综述了真核细胞内源性环状RNA的研究进展及其与疾病的关联.
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环状RNA在胃癌细胞系中的差异表达
本文旨在探讨环状RNA (circular RNA, circ RNA) 在不同分化程度的胃癌细胞MGC-803、SGC-7901、NCI-N87与正常胃上皮细胞GES-1中的表达谱变化.体外培养低分化胃癌细胞MGC-803、中分化胃癌细胞SGC-7901、高分化胃癌细胞NCI-N87和正常胃上皮细胞GES-1, 利用高通量circ RNA芯片技术检测三种不同分化程度胃癌细胞和正常胃上皮细胞中差异表达的circ RNA, 借助生物信息学软件预测可能与circ RNA相互作用的微小RNA (micro RNA, mi RNA), 结合文献检索初步选定可能在胃癌中具有重要意义的circ RNA.结果显示, 与正常胃上皮细胞相比, 在不同分化程度胃癌细胞中均表达上调的circ RNA有79条, 均表达下调的有229条.生物信息学分析和文献检索结果显示, hsa_circ_0001897与胃癌分期、转移相关, 与其结合的mi R-150-5p与多种消化道肿瘤密切相关, 如结肠癌、肝癌、胆管癌;与hsa_circ_0008106、hsa_circ_0060456存在结合位点的mi R-16-5p已被证实参与胃癌的发生和发展.上述结果提示, hsa_circ_0001897、hsa_circ_0008106、hsa_circ_0060456可能通过与mi RNA相互作用参与胃癌的发生和发展.
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外周血环状RNA circDLGAP 4在冠心病中保护的作用
目的 探讨外周血环状RNA circDLGAP4在冠心病中的表达水平及临床意义.方法 采用RT-qPCR法检测142例冠心病(CAD)患者和169例对照人群外周血circDLGAP4的表达水平;利用Logistic回归、Spearman相关以及多元线性回归模型分析circDLGAP4与冠心病之间的联系;应用氧化低密度脂蛋白(ox-LDL)处理人单核巨噬细胞,构建动脉粥样硬化泡沫细胞模型,检测不同时间段circDLGAP4表达变化.结果 与对照组相比,CAD患者外周血中circDLGAP4的表达水平明显降低(P=0.019);circDLGAP4的相对表达量2-ΔCt每增加1个单位,CAD发病风险降低41.6％(调整后OR=0.584,95％CI:0.394～0.866,P=0.007),且与糖尿病史呈负相关(β=-0.182,P=0.030);在单核巨噬细胞泡沫化进程中,随ox-LDL处理时间增加,circDLGAP4表达水平逐渐降低.结论 在冠心病患者外周血白细胞以及单核巨噬细胞泡沫化进程中,circDLGAP4的表达水平明显降低,并与糖尿病发病史呈负相关,可能作为保护因素在冠心病的病理生理进程中发挥作用.
关键词： 环状RNA circDLGAP4 冠心病 泡沫细胞 -
环状RNA与肿瘤的研究进展
环状RNA(circRNA)是新近发现的一种共价闭合环状结构的非编码RNA,广泛存在于各种生物细胞中,其是由前体mRNA反向剪接产生,具有结构稳定、序列保守和一定的组织特异性等特征.近年研究表明,circRNA可作为微小RNA海绵来抑制微小RNA的活性,并具有调控基因转录、结合RNA结合蛋白等功能.作为一种新型调控分子,circRNA在肿瘤的发生发展过程中发挥重要作用,有望成为新型肿瘤标志物和潜在靶点,为肿瘤的诊断和靶向治疗提供新的方向.本文就circRNA的特征、形成机制、功能及其在肿瘤中的作用作一综述.
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环状RNA在神经胶质瘤中的研究进展
环状RNA(circular RNA,circRNA)是1种特殊的内源性非编码RNA,由前体RNA的3′末端与5′末端首尾相连形成闭合环状结构.主要通过可变剪接、转录调控、编码蛋白、抗病毒免疫反应、微小RNA(microRNA,miRNA)海绵作用等发挥作用.circRNA在神经胶质瘤细胞增殖、凋亡、侵袭等方面发挥关键作用.随着基因芯片的问世,circRNA有望成为1种诊断神经胶质瘤的新型生物学标志物,也可为预防、靶向治疗神经胶质瘤提供新的理论依据.
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环状RNA参与肿瘤发生发展的机制
环状RNA是一类新型非编码RNA分子,广泛存在于真核细胞细胞质中.环状RNA由外显子和内含子通过多种机制作用形成.环状RNA可以通过海绵吸附miRNA的作用,结合RBP,调节转录翻译,参与恶性肿瘤多个生物过程,包括细胞周期、肿瘤发生、增殖、侵袭、转移、血管生成、细胞凋亡等.大量研究表明,相对于正常组织,许多环状RNA在肿瘤组织中具有显著的差异表达,其表达水平与肿瘤患者临床特点及分期有着密切的联系.研究环状RNA和肿瘤之间的关系和探索环状RNA作为新的分子标记物或潜在治疗靶点非常有必要,将有助于肿瘤的早期诊断、疗效评价和预后评估.
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银屑病患者皮损间充质干细胞环状RNA表达异常研究
目的 探讨环状RNA(circRNA)在银屑病发病中的作用.方法 分离、培养15例银屑病患者皮损及15例健康对照皮肤间充质干细胞(MSC),用流式细胞仪及多向分化法进行鉴定.用RNA测序法检测circRNA表达,并进行详细的生物信息学分析.挑选7个差异表达的circRNA构建circRNA-microRNA相互作用网络,从中挑选3个与其相关的microRNA进行qRT-PCR验证.银屑病患者组和对照组qRT-PCR验证结果采用两独立样本t检验.结果 RNA测序结果显示,共检测到6 323个circRNA,其中3 227个为本实验首次发现.与对照组相比,患者组中有129个circRNA呈差异表达,其中123个表达上调,6个表达下调.挑选7个差异circRNA进行circRNA-microRNA相互作用预测,显示与这7个circRNA关系密切的银屑病相关microRNA,包括miR-17-5p、miR-30e-5p、miR-142-3p/5p、miR-369-3p、miR-184、miR-4490、miR-654-3p、miR-423-5p等.qRT-PCR也证实,这7个差异circRNA在患者组也表达上调.与对照组相比,挑选的3个microRNA在银屑病皮损中低表达(t值分别为3.993、3.217、2.918,均P＜0.05).结论 银屑病皮损MSC circRNA表达异常,并可能参与了银屑病发病.
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环状RNA研究进展
环状RNA是一类非编码RNA,因其呈环状而得名.它稳定且广泛地存在于生物界,是比线性的mRNA含量更丰富的转录本,能够在转录或转录后水平调控多种生命活动,与心血管系统疾病,神经系统退行性疾病及肿瘤等多种危害人类健康的疾病相关.本文总结了环状RNA研究的前沿及经典文献,阐述了环状RNA的产生,分类及分子生物学方面特征.
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外周血环状RNA在疾病诊断中的意义
环状RNA是一种共价闭合环状RNA分子,广泛存在于各种生物细胞中,参与基因的表达调控,具有高度保守性、组织发育特异性和稳定性.环状RNA在多种疾病中存在差异表达,并参与疾病的发生发展,与疾病的临床特征存在相关性,具有良好的诊断价值.对差异表达的环状RNA进行分析可在基因水平上阐明疾病的发病机理及调控通路,为疾病的干预、治疗提供了新的思路.环状RNA通过外泌体进入血液,其携带的组织细胞信息,可在外周血中检测出来,外周血环状RNA含量受组织细胞内调控,可作为一种诊断标记物用于疾病诊断.通过检测且外周血环状RNA,有望实现疾病的非侵入性检查,对不易获取病理组织的深部组织病变具有重要意义.
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结直肠癌特征性环状RNA筛选
目的:检测环状RNA (circularRNA,circRNA)在结直肠癌组织及对应癌旁组织中的表达谱变化.方法:应用高通量circRNA芯片技术筛选6例人结直肠癌组织及对应癌旁组织中circRNA表达谱差异,经过对原始数据进行预处理、归一化后,筛选出差异表达的circRNA,并对其进行聚类分析.结果:结直肠癌组织与癌旁组织之间存在892种circRNA的差异表达,其中在肿瘤组织中高表达的有412条,低表达的有480条(变化＞2倍且P＜ 0.05).结论:结直肠癌组织与对应癌旁组织比较,circRNA表达谱发生了显著变化,提示这些差异表达的circRNA可能与结直肠癌的发生发展密切相关.
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环状RNA circ_001988在结直肠癌中的表达及其临床意义
目的 探讨患者环状RNA circ_001988在结直肠癌患者中的表达及其与临床病理特征及预后的关系.方法 实时荧光定量聚合酶链反应(qRT-PCR)法检测结直肠癌及癌旁正常组织中circ_001988的表达量.分析circ_001988的表达差异与临床资料及病例特征的关系及circ_001988的表达差异与临床预后的相关性.采用Cox比例风险回归模型进行单变量和多变量回归分析.结果 circ_ 001988在结直肠癌组织中的相对表达水平低于癌旁正常组织(P＜0.01).circ_001988低表达与与淋巴结转移(P＜0.05)、远处转移(P＜0.05)和TNM分期(P＜0.05)密切相关.生存曲线(Kaplan-Meier)分析显示,circ_001988高表达患者与circ_001988低表达患者相比,总体存活率显著较好(P＜0.01).单变量Cox比例风险回归模型分析显示,circ_001988表达水平、淋巴结转移、远处转移和TNM分期与结肠癌患者的总生存率相关(P＜均0.05,).多变量分析确定circ_001988为结直肠癌独立预后因素.结论 circ_001988低表达与结直肠癌转移和预后相关.因此,circ_001988可以作为预测结肠癌患者预后的潜在生物标志物.
关键词： 结直肠癌 环状RNA circ_ 001988 预后 -
环状RNA在骨相关疾病中的研究进展
环状RNA(circular RNAs,circRNA)以特殊的共价闭合环结构以及在多种疾病发生发展中的异常表达逐渐成为非编码RNA(non-coding RNAs,ncRNA)研究的新热点.该类转录本具有吸附微小RNA(microRNA,miRNA)、调控相关基因转录、参与重要蛋白生成等诸多功能.随着对circRNA研究的加深,发现其与多种骨相关疾病的发生、转归等过程存在显著相关性.骨相关疾病以其高发病率和致残率一直威胁着人类健康,随着对该类疾病基因层面认知的深入,关于其分子机制和药物靶点的研究逐步被学术界所认可,并在一定程度上加以阐明.本文作者就circRNA与骨相关疾病的研究进展作一综述.
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环状RNA的研究进展及其在胃癌中的临床意义
环状RNA(circRNA)是一类通过反向剪接方式形成的具有稳定闭合环状结构的内源性非编码RNA分子,其较线性RNA更保守和稳定,涉及细胞发育、增殖、分化和凋亡,经过长期大规模的研究发现,circRNA的失调与胃癌侵袭、分期、转移和术后复发风险有关.文中对circRNA的结构、分类、功能及其在胃癌中的临床意义进行综述.
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环状 RNA 的研究进展
环状RNA（circular RNA，circRNA）是一种新兴的内源性非编码RNA（noncoding RNA，ncRNA），在近几年逐渐受到广泛关注，是目前RNA研究的热点。 circRNA通过外显子环化或内含子环化将3′和5′末端连接起来形成完整的环形结构，因而比线性RNA更稳定，更具有保守性，可在生物体中以多种类型大量存在。近年来越来越多的研究者发现，circRNA在基因表达调控中具有重要作用，这丰富了人们对内源性非编码RNA的认识，提示circRNA在临床诊断和治疗方面具有广阔的前景。文中将从circRNA的发生机制、特征、功能及与疾病的关系等方面对近年来国内外的研究进展作一综述。
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人鼻咽癌组织环状RNA差异表达分析
目的 环状RNA(circRNA)在肿瘤发生发展中发挥重要作用,但其与鼻咽癌的关系鲜有报道.文中旨在检测circRNA在人鼻咽癌组织及慢性鼻咽黏膜炎组织的表达谱差异. 方法 应用高通量circRNA芯片技术,采集2016年11月至2017年3月在广东医科大学附属医院进行活检的鼻咽癌组织和鼻咽慢性黏膜炎组织标本各3份,分析circRNA表达谱差异.通过对原始数据进行预处理、归一化,筛选出差异表达的circRNA,并对其进行聚类分析,Gene Ontology (GO)分析及KEGG Pathway分析,分析差异circRNA的功能分类及相关通路. 结果 鼻咽癌组织与慢性鼻咽黏膜炎组织之间共筛选出差异表达circRNA 829个,其中鼻咽癌组织中表达上调者761个,下调者68个.差异表达circRNA主要与细胞周期、细胞增殖等生物学进程有关;主要参与p53信号通路,细胞周期信号通路和DNA复制信号通路等. 结论 差异表达的circRNA与鼻咽癌的发生发展密切相关.
