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基于生物信息学方法预测hsa-miR-122在肝癌中的分子调控网络
目的 运用生物信息学方法推测hsa-miR-122在肝癌中的分子调控网络.方法 运用UCSC基因组浏览器、人类miRNA疾病数据库、TF-miRNA调控数据库、miRNA靶基因预测验证数据库、肝癌基因在线数据库、lncRNA疾病数据库、DIANA LAB-LncBase数据库、转录因子结合谱数据库,研究hsa-miR-122的上游转录因子、下游靶基因及与其相互作用的lncRNA间的多个调控途径,绘制hsa-miR-122的核心调控网络图.结果 UCSC数据库中显示hsa-miR-122位于人类18号染色体18q21.31位置上,并显示其高度保守.hsa-miR-122与肝脏疾病,尤其是肝癌的关系密切.综合各生物信息学软件结果,推测在肝癌的发病过程中hsa-miR-122受转录因子CXADR和PTPN1调控的同时,又调控着下游靶基因PTrG1和HAMP.此外,lncRNA MEG3及其转录因子Snail、n-MYC和ARNT也可能与hsa-miR-122存在相互作用联系.所有相关基因构成一个调控网络,相互协调,在肝癌的发生与发展中扮演着重要的角色.结论 运用生物信息学方法对hsa-miR-122分子调控网络进行预测,不仅能揭示hsa-miR-122的生物学功能,而且为阐明其与肝癌的发病机制提供了新的理论基础,也为后续的实验验证提供良好的指导.
关键词： 生物信息学 hsa-miR-122 肝癌 调控网络 -
miR-122对乙型肝炎病毒抗原表达的影响
目的:探讨miR-122对乙型肝炎病毒HBsAg、HBeAg表达的影响.方法:设计合成2务miR-122的反义寡核苷酸(anti-miR-122,LNA-antimiR-122)、hsa-miR-122以及阴性对照anti-GFP,脂质体介导转染HepG2.2.15细胞.取细胞转染24h、48 h后的培养液,时间分辨荧光免疫法检测anti-miR-122组、LNA-antimiR-122组、hsa-miR-122组以及anti-GFP组HBsAg和HBeAg的表达,定量PCR检测各组HBV DNA的表达.转染48 h后,提取细胞内总RNA,Taqman技术实时荧光定量PCR检测各组miR-122的表达.结果:①转染48 h后anti-miR-122组、LNA-antimiR-122组miR-122表达明显受抑制,低于阴性对照组(P ＜0.001).hsa-miR-122组miR-122水平较阴性对照组升高(P＜0.001).②hsa-miR-122组HBsAg、HBeAg表达均低于阴性对照组(P ＜0.001)；anti-miR-122组、LNA-antimiR-122组HBsAg、HBeAg表达均高于阴性对照组(P ＜0.001).③转染24 h与48 h后各组HBV DNA表达与阴性对照组比较无统计学意义(P＞0.05).结论:miR-122可调节乙型肝炎病毒抗原表达.
