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4个近交系小鼠SNP位点的测定
目的将新近建立的单管双向等位基因专一性扩增(single-tube bi-directional allele specific amplification,SB-ASA)方法用于分析国内近交系小鼠基因组中的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP).方法以国内4个近交系小鼠为研究对象,采用SB-ASA方法对其16个SNP位点进行检测,并通过测序进行验证.结果16个SNP位点,SB-ASA都成功地对4个品系小鼠进行了分型,与测序结果完全一致.结论SB-ASA方法可以准确地检测国内近交系小鼠SNP位点等位基因型.
关键词： 单核苷酸多态性 单管双向等位基因专一性扩增 小鼠 近交系 遗传检测 -
单管双向等位基因专一性扩增的单核苷酸多态分型的新方法
目的 建立一种基于等位基因专一性PCR原理的单核苷酸多态(single nucleotide polymorphism, SNP)分型新方法：单管双向等位基因专一性扩增(single-tube bi-directional allele specific amplification, SB-ASA)，并考察专一性引物的3′端第3位碱基不配对对特异延伸的影响。方法 一个PCR反应体系包含两个3′末端分别与SNP两个等位基因特异结合的引物，它们延伸方向相反，产生长度不同的等位基因专一性扩增产物，同时在两个等位基因特异性引物的3′端第3位碱基引入不配对以增加特异性。PCR产物经琼脂糖凝胶电泳后分析确定样本的基因型。观察在不同的温度条件下，近3′末端引入与不引入碱基不配对时两种引物特异延伸的情况，比较两种引物能特异延伸的退火温度(annealing temperature, Ta)范围。结果 对于4个不同类型的SNP位点，SB-ASA都成功地分型了36个样本，与直接测序的结果完全一致。两条专一性引物3′端第3位碱基引入不配对后，能特异延伸的退火温度Ta范围分别从64℃～69℃、60℃～62℃扩大到46℃～66℃、56℃～61℃。结论 SB-ASA是一种简单快速而有效的SNP分型新方法；在等位基因专一性PCR体系中，专一性引物3′端第3位碱基引入不配对能增加引物对两个等位基因的区分能力。
关键词： 单核苷酸多态 单管双向等位基因专一性扩增 单核苷酸多态分型
