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巯嘌呤甲基转移酶基因多态性分析方法探讨
建立以PCR为基础的位点特异性PCR、限制性内切酶消化、变性高效液相色谱分析和SNaPshot定点的序列分析等方法,并结合DNA直接测序检测巯嘌呤甲基转移酶(TPMT)基因的5个单核苷酸多态性(SNP)位点的多态性频率.在实验过程中还探讨基因多态性检测的方法学,比较几种方法的可信度、可行性及其优劣.研究结果显示,限制性内切酶消化法能准确地检测TPMT基因外显子区的SNP,变性高效液相色谱分析技术能快速筛选出TPMT第5和第10外显子区的SNP,但不能检测出第7外显子的SNP;位点特异性PCR不能检测出TPMT基因外显子区的SNP, SNaPshot定点的序列分析检测TPMT基因外显子和启动子区的SNP准确率高.通过比较几种SNP检测方法后获得的结论是,TPMT基因SNP位点的检测应根据标本量和实验条件首选限制性酶切消化法、DNA测序或SNaPshot定点序列分析,有时一种技术不能完全满足检测的需要,必须几种方法的相互补充.
关键词： 巯嘌呤甲基转移酶 巯嘌呤甲基转移酶基因 单核苷酸多态性 基因多态性 -
巯嘌呤甲基转移酶基因多态性位点与酶活性的关系
目的 研究巯嘌呤甲基转移酶(TPMT)基因型与酶活性的关系,为根据不同基因型、酶活性对巯嘌呤类药物的反应而改进治疗方案提供依据.方法 应用以PCR为基础的限制性内切酶消化、变性高效液相色谱分析和SNaPshot定点的序列分析等方法,并结合DNA直接测序,对250例健康献血员、100例脐血标本和280例急性白血病患者,检测TPMT基因第5外显子G238C、第7外显子G460A和第10外显子A719G的3个多态性位点.应用高效液相色谱分析技术,测定3组人群的红细胞内TPMT活性.结果 本研究组人群TPMT基因外显子区3个位点的多态性频率均低,为3.5%.变异的位点为第10外显子A719G,且均为杂合变异.红细胞内TPMT活性波动范围为6～32 U,TPMT＞12 U者占95.1%(599例),6～12 U者占4.9%(31例);未发现有TPMT活性缺乏者.健康献血员、脐血标本和急性白血病患者的TPMT杂合变异者,红细胞内平均TPMT活性分别为9.1 U、9.3 U和9.07U,均分别低于其同组TPMT野生型者的17.6 U、17.67 U和18.6 U(P＜0.01).在16例健康献血员和脐血标本中,在15例急性白血病患者的红细胞内TPMT低活性者中,分别有4例和6例未发现所检测的TPMT外显子3个SNP位点的变化,提示红细胞内TPMT活性还受其他因素的影响.结论 TPMT基因多态性影响酶的活性,即TPMT杂合变异者,其TPMT活性降低,从而影响巯嘌呤类药物的治疗效应.根据不同TPMT基因型、酶活性对巯嘌呤类药物的反应制定治疗方案,可进一步提高治疗的有效性和安全性.
