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人类肠道病毒基因重组的研究进展
人类肠道病毒(Human enterovirus,HEV)在传播过程中存在复杂的基因变异,由于基因重组导致的HEV毒力及致病力的增强也对人群健康造成严重威胁.尤其是重组后脊髓灰质炎(脊灰)病毒疫苗衍生株在全球多个免疫覆盖率较低地区导致的脊灰暴发,已让各国学者对HEV基因组重组变异机制产生了新的兴趣.本文对HEV基因组的进化特征、基因重组类型及体外重组体构建等方面的研究进展进行了综述研究.
关键词： 人类肠道病毒(HEV) 基因重组 脊髓灰质炎病毒 -
肠道病毒ECHO13中国分离株的基因特征
为研究ECHO13病毒中国分离株的分子特征及其与世界其它分离株之间的基因关系,对1998年、2000年从中国福建省分离到2株ECHO13病毒进行基因序列对比分析.2株病毒分别命名为Fujian98-1和Fujian00-1,用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)扩增出VP1蛋白编码基因全长861个核苷酸片段并进行序列测定,将2株ECHO13病毒的VP1序列与所有已发表的ECHO13病毒VP1基因全长进行同源性比较.结果显示,福建分离株之间核苷酸同源性为79.6%,氨基酸同源性为93.4%;与遗传距离近的法国CF1089-91(AJ537604)毒株的核苷酸同源性分别为80%和88%,与代表株Del Carmen的核苷酸同源性分别为75.8%和77.9%.通过VP1基因分析,福建2株病毒均属于ECHO13病毒,与血清中和试验鉴定结果一致.下载所有已发表的ECHO13病毒VP1序列并构建进化树,发现福建2株病毒分属不同的分枝,提示这2株病毒来自不同的病毒传播链.进一步分析发现,整个ECHO13病毒可划分为3个不同的基因型:A、B和C基因型.福建Fujian98-1和Fujian00-1分别被划分在基因型B和C中,各基因型之间的核苷酸差异均大于20%.为验证该分型方法,将26株来自不同国家和时间的ECHO13病毒和2株福建分离ECHO13病毒部分VP1基因序列进行对比分析,建立进化树.结果显示,所有ECHO13病毒被分在A、B和C3个基因型中,而2株福建分离病毒仍然被分在B和C基因型中.除了B基因型1株病毒以外,所有3个基因型之间的核苷酸差异均大于15%,与VP1全长分型结果基本一致,说明部分VP1序列的基因分析也能用于对ECHO13病毒进行规律和分子流行病学的研究中.该研究首次报道了ECHO13病毒中国分离株的VP1蛋白基因全长序列,并推荐按VP1基因全长核苷酸差异≥20%作为划分基因型的标准,将已知的ECHO13病毒划分为A、B和C3个基因型.同时也可用病毒VP1基因5′端部分序列替代VP1全长序列来划分基因型.
关键词： 人类肠道病毒(HEV) ECHO13病毒 VP1基因 基因型 -
2014-2016年天津市致病毒性脑炎人类肠道病毒基因特征分析
目的 了解天津市引起病毒性脑炎的人类肠道病毒(HEV)构成及其基因特征. 方法 收集2014-2016年天津市病毒性脑炎患者脑脊液和血清标本,通过细胞培养法分离病毒,采用RT-PCR分段扩增HEV VP1区全长序列并测序,进行同源性分析和基于VP1完整编码区的系统进化分析. 结果 从82份HEV阳性标本中分离到13株HEV-B病毒,分离率15.85％,其中8株CV-B5型,2株E-6型,CV-B3型、E-18型、E-30型各1株.系统进化分析,天津市8株CV-B5与国内流行株C基因型亲缘关系较近,且分为两个不同的分支;HEV-B其它血清型均与国内流行株亲缘关系较近. 结论 天津市致病毒性脑炎HEV病原谱呈多样性特点,其中CV-B5为优势病原体,属于C基因型,且可能存在两条不同的传播链.
关键词： 病毒性脑炎 人类肠道病毒(HEV) 病毒分离 VP1基因 系统进化分析
