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荧光标记扩增片段长度多态性(FAFLP)文献资料
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椰毒假单胞菌酵米面亚种荧光标记扩增片段长度多态性分型方法的建立
目的 建立椰毒假单胞菌酵米面亚种荧光标记扩增片段长度多态性(FAFLP)分型方法,并对4株模式菌株和19株分离菌株进行分型.方法 选用4种低频限制性内切酶(ApaⅠ、EcoR Ⅰ、HindⅢ和PstⅠ)和2种高频限制性内切酶(Mse Ⅰ和Taq Ⅰ)进行组合,对FAFLP预扩增和选择性扩增体系进行优化,用BioNumerics软件对分离株的指纹图谱进行聚类分析,并与VITEK 2 GN生化结果和16S rDNA序列分析进行比较.结果 Apa Ⅰ-G/Taq Ⅰ-G组合将19株椰毒假单胞菌酵米面亚种分为7个群,菌株间低相似度为80.85％,高相似度为98.77％.PstⅠ-T/Taq Ⅰ-G组合将19株椰毒假单胞菌酵米面亚种分为10个群,菌株间低相似度为48.68％,高相似度为99.67％.两种FAFLP组合均能将菌株进行完全区分,而VITEK 2 GN和16S rDNA序列分析无法将菌株进行完全区分.结论 ApaⅠ-G/Taq Ⅰ-G组合与PstⅠ-T/Taq Ⅰ-G组合FAFLP对椰毒假单胞菌酵米面亚种具有足够的分辨率,本研究建立的FAFLP分型方法可应用于椰毒假单胞菌酵米面亚种的分子分型和溯源.
