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一致-简并引物文献资料
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应用一致-简并引物RT-PCR检测手足口病患者粪便肠道病毒
目的 探讨一致-简并引物RT-PCR对手足口病患者粪便中肠道病毒的检测效果.方法 根据GenBank中不同肠道病毒属病毒的多聚蛋白氨基酸序列,利用一致-简并引物(CODEHOP)设计程序设计合成1对简并引物,用一步RT-PCR法对20份手足口病患者粪便样本提取的RNA进行扩增,扩增产物测序后,用BLAST同源性比对初步确定基因型别,再与不同流行株进行遗传进化分析.结果 20份样本RT-PCR检测结果均为阳性,11份样本与肠道病毒EV71型(Enterovirus,EV71)同源性高达97％,与EV71病毒的6个流行株位于同一分支,遗传距离为0.031～0.037;7份样本与柯萨奇病毒A16型(Coxsackievirus,CoxA16)同源性高达99％,与CoxA 16病毒的6个流行株位于同一分支,遗传距离为0.010～0.028;2份样本与CoxA10同源性高达99％,与CoxA10病毒的6个流行株位于同一分支,遗传距离为0.024～0.053.结论 肠道病毒属一致-简并引物RT-PCR方法可以用于手足口病患者感染肠道病毒检测与分型.
