在这里,小编给大家推荐一款入门简单,专门适用于热图绘制的利器,即使你不懂编程,也能轻松获得热图。

  Heml是一款专用于绘制热图的软件,与Excel和Graphpad等软件工具相比,在绘制热图上远胜于前两者,能和R软件绘制的热图相媲美。

Heml:不懂编程如何绘制热图

  (一)安装

  Heml 1.0软件可以支持Windows、Linux、Mac OS X多种操作系统,对于不同系统,软件安装包的下载见于http://hemi.biocuckoo.org/down.php。下载好安装包后,按照提示完成Heml1.0.3.7的安装,终完成安装界面如下:

Heml:不懂编程如何绘制热图

  (二)操作

  Heml 1.0.3.7软件支持四种类型的数据文件导入,包括:HemI工程文件(*.xml),Excel工作簿(*.xls),逗号分隔的文件(*.csv),制表符分隔文件(*.txt,不建议使用)。而在这四种格式文件中,Heml工程文件只能有Heml生成后,才可以导入。本文以Excel工作簿(*.xls)为例进行说明。

  这是本研究中导入的数据,比较A-J不同肿瘤的各基因的表达量差异,数据如下图。

Heml:不懂编程如何绘制热图

  Heml 1.0.3.7软件打开界面如图1,首先点击“LOAD”,选择目标文件“热图数据.xls”导入。在选择Excel工作簿之后,选择需要的表单作为数据源(如果Excel文件中有多个Sheet),这里选择Sheet1,然后点击“OK”。

Heml:不懂编程如何绘制热图

  接下来,数据加载器会弹出,在这个对话框中,根据对话框顶端的“Tip”来选择展示在heatmap中的数据,或者点击“Auto select”按钮进行自动选择。点击“Finish”。

Heml:不懂编程如何绘制热图

  根据科研人员和期刊的要求,可对生成的热图进行大小,横/纵坐标题,文字大小/角度以及是否聚类等进行设置,来美化生成的图形。具体各区域设置及热图界面见下图。

Heml:不懂编程如何绘制热图

  后,就是生成的热图导出。选择“File--Export Image”,对生成的图片进行宽/高度和分辨率设置。

Heml:不懂编程如何绘制热图

  Heml导出图片的分辨率有72dpi,300dpi和600dpi。对于300dpi和600dpi的图形导出格式为.Tiff。选择导出文件位置后,导出图形即可。

Heml:不懂编程如何绘制热图