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用比较基因组杂交技术(CGH)检测肾癌染色体畸变
目的 应用比较基因组杂交技术(CGH)分析原发性肾癌肿瘤组织中染色体异常变化,探讨肾癌细胞遗传物质的改变,揭示肾癌发生发展的内在本质及其与临床特征之间的关系.方法 采用CGH技术对12例肾癌组织提取的全基因组DNA进行检测,以了解肾癌伞基因组的变化.结果 CGH技术检测的12例肾癌标本中均有染色体的畸变(扩增和/或缺失),常见的扩增区是1p、4p、5q、7p、9p、16p,常见的缺失区是3q、4q、6q、9q、14q、18q.结论 原发性肾癌存在广泛的遗传物质不平衡现象,肾癌细胞染色体扩增和/或缺失可能是肾癌发生发展的基础.
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利用基因芯片对少量细胞进行非整倍体检测的影响因素分析
目的 评估利用微阵列-比较基因组杂交技术检测少量细胞非整倍体的准确率及相关影响因素.方法 结合10K 2.0单核苷酸多态性(SNP)基因分型芯片平台与多重置换扩增技术(MDA),计算并比较扩增模板为1～10个细胞时各染色体拷贝数分析的准确率,评估影响芯片平台的拷贝数准确率的有关因素及其对染色体拷贝数异常的实际分辨率.结果 使用MDA-DNA作参照时,拷贝数分析的准确率[(79.3±2.9)%～(100.0±1.7)%]高于使用gDNA作参照时的准确率[(66.7±3.4)%～(89.5±3.3)%](P<0.001).随着模板增加至10细胞,芯片可在1 M平滑化处理的同时获得94%的分析准确率.对于单细胞MDA产物,缺失型非整倍体具有比获得型非整倍体更高的分析准确率[1C组(71.9±4.1)%～(95.5～2.0)%;1C-sDel-4组(81.4±3.7)%～(99.6±2.8)%],各组间差异均有统计学意义(P<0.01).结论 10K 2.0 SNP基因分型芯片平台结合多重置换扩增技术可有效对少量细胞进行非整倍体检测,选择MDA-DNA作为参照是提高分析准确率的关键因素,而增加细胞模板与提升分析中的平滑化参数(即降低芯片的分辨率要求)也有助于改善拷贝数准确率,在同样的条件下,芯片更容易准确检出缺失型非整倍体.
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利用比较基因组杂交技术分析横纹肌肉瘤中染色体基因组的变化特征
目的 探讨横纹肌肉瘤(RMS)基因组DNA的变化特征.方法 在一步法RT-PCR检测所有标本PAX3/PAX7-FKHR mRNA融合基因表达情况的基础上,应用比较基因组杂交技术分析25例原发性RMS患者,其中腺泡状横纹肌肉瘤(ARMS)10例,胚胎性横纹肌肉瘤(ERMS)12例,多形性横纹肌肉瘤(PRMS)3例.根据融合基因表达情况、组织学分型、临床分期、组织学分级、性别和年龄进行分组比较.同时收集RMS细胞株A204(腺泡型)、RD(胚胎型)作为对照.结果 25例RMSCGH分析结果显示:(1)RMS中发生DNA拷贝数扩增常见的部位是2p和12q,其他依次为6p、9q、10q、1p、2q、6q、8q、15q和18q(30%),发生DNA拷贝数丢失常见的部位是3p、11P和6p(30%).(2)ARMS扩增常见的染色体臂是12q、2p、6、2q、4q、10q和15q(30%),缺失常见的染色体臂是3p、6p、1q、5q(30%);ERMS扩增常见的染色体臂是7p、9q、2p、18q和1 p、8q(30%),缺失常见的染色体臂是11p.基因组变化在不同的组织学分类中差异无统计学意义(P0.05).(3)伴有融合基因组扩增常见的染色体臂是12q、2、6、10q、4q和15q(30%),缺失常见的染色体臂是3 p、6p、5q(30%);不伴有融合基因组扩增常见的染色体臂是2p、9q、18q(30%),基因组缺失常见的染色体臂是11p和14q(30%).12q扩增在这两组间的差异有统计学意义(P<0.05),并多见于伴有融合基因的RMS.(4)在临床分期分组中,9q扩增在Ⅱ期和Ⅲ～Ⅳ期间差异有统计学意义(P<0.05),且多见于Ⅱ期患者.结论 (1)2p、12q、6p、9q、10q、lp、2q、6q、8q、15q、18q扩增及3p、11p、6p缺失可能与RMS发病相关;(2)12q扩增可能与融合基因相关;(3)9q扩增可能与RMS发病早期有关.
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横纹肌肉瘤比较基因组杂交研究现状
横纹肌肉瘤(rhabdomyosarcoma, RMS)是儿童软组织肿瘤中常见的一种恶性肿瘤,可能是骨骼肌形成过程中异常增殖和分化的结果.根据组织学和遗传学特征RMS可分为3种亚型;较常见的胚胎性横纹肌肉瘤(embryonal rhabdomyosarcoma,ERMS)、更具侵袭性的腺泡状横纹肌肉瘤(alveolar rhabdomyosarcoma,ARMS)和罕见的成人多形性横纹肌肉瘤(pleomorphic rhabdomyosarcoma,PRMS)[1-2].
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ST239-spa t037 MRSA与ST239-spa t030 MRSA的比较基因组分析
目的 寻找金黄色葡萄球菌基因组进化相关的关键基因.方法 利用含有2457个金黄色葡萄球菌基因的比较基因组芯片对23株不同时间、不同地点分离的ST239-spa t037和ST239-spa t030的甲氧西林耐药的金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant S.aureus,MRSA)进行比较基因组分析,鉴定差异区段,并利用PCR验证差异基因.结果 通过对北京地区MRSA早期克隆(ST239-spat037,1994-1998年)和晚期克隆(ST239-spa t030,2000-2006年)的比较基因组分析,发现4个基因簇仅存在于晚期克隆,主要定位于3个已知的基因组岛(vSa4,前噬菌体ΦSa1和ΦSa3).不同地区的ST239-spa t030 MRSA的比较基因组分析发现:在不同地区的菌株中有8个基因存在差异.结论 北京地区MRSA从t037进化到t030的过程中获得3个基因组岛(vSa4、前噬菌体ΦSa1和ΦSa3),从而增强了ST239-spa t030 MRSA的毒力和适应性,对其取代ST239-spa t037 MRSA发挥关键作用.
关键词： 甲氧西林耐药的金黄色葡萄球菌 比较基因组杂交 基因组岛 进化 -
微阵列比较基因组杂交在临床细胞遗传诊断中的初步应用
目的 探讨微阵列比较基因组杂交(array-CGH)在临床细胞遗传诊断中应用的可行性和优越性.方法 对G显带核型分析与array-CGH进行比对分析.同时采用G显带核型分析和array-CGH芯片对2008年4月至2010年4月到深圳市人民医院临床医学研究中心进行细胞遗传分析的10例病例进行核型分析,比较两种方法检测结果的差异.应用荧光定量PCR(FQ-PCR)和荧光原位杂交(FISH)对芯片结果进行验证.结果 与G显带核型分析相比,除1例复杂染色体重排(CCR)外,array-CGH准确地确定了其余9例病例的核型.Array-CGH准确地确定了病例1和病例2的衍生染色体的来源和性质;未检测出病例3的CCR,但表明其CCR是平衡的;精确地确定了病例4畸变染色体区域的位置、大小和断裂点;准确地确定了病例10嵌合度约为50％的标记染色体的来源和性质;从10例病例中检测出了大量G显带核型分析难以发现的亚显微拷贝数变异(CNVs),其中包括6个可能的病理性CNVs.FQ-PCR和FISH表明array-CGH的检测结果是准确的.结论 与G显带核型分析相比,array-CGH具有高分辨率、高敏感性、高通量、快速准确等优点,可作为G显带核型分析的有益补充应用于临床细胞遗传诊断中.
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高分辨微阵列比较基因组杂交技术在临床复杂染色体异常遗传诊断中的应用
目的 评估高分辨微阵列比较基因组杂交技术(Array CGH)在临床复杂染色体异常遗传诊断中应用的可行性.方法 选取2010年12月至201 1年12月厦门市妇幼保健院遗传咨询门诊患者2例、产前诊断门诊患者2例.2例遗传咨询患者按无菌要求、EDTA抗凝,采集2～4 ml外周血；2例产前诊断患者,经遗传咨询、术前检查后,于手术室B超引导下抽取约2～3ml脐血.对4份标本分别进行染色体核型分析,同时提取4份标本的全基因组DNA,应用Array CGH进行亚显微水平分析.Array CGH结果后通过荧光原位杂交技术(FISH)进行验证.结果 Array CGH检测发现4例患者在多条染色体上均出现不同程度的复制和缺失,这些复制和缺失大多数没有被核型分析检测到.1号病例为4p16.3-4p15.31复制、4p16.3端粒区缺失；2号病例为Xp11.22-Xq11.1复制；3号病例为2q37.3缺失、4p16.3-4p15.32复制；4号病例为2q14.3-2q21.1缺失、2q21.2-2q32.1复制.FISH检测与Array CGH结果相吻合.结论 Array CGH可以准确检测亚显微的微小片段缺失、复制等拷贝数变化,且能确定断裂位点,可为临床遗传诊断提供依据.
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比较基因组杂交技术:贲门癌和淋巴结转移灶的染色体变化特征
目的:探测河南食管贲门癌高发区居民贲门癌及其淋巴结转移灶中染色体基因组的变化特征,为进一步筛选与贲门癌变和淋巴结转移相关基因提供理论依据和范围.方法:应用比较基因组杂交技术(comparative genomichybridization,CGH)来分析原发性贲门癌患者30例及其相应淋巴结转移灶7例中染色体基因组的变化.结果:在贲门癌30个样本中总共有126增加和117丢失;每例患者平均DNA拷贝数的增加和丢失分别为4.2和3.9.染色体基因组增加频率高的是20q(43%),其次为6q(40%),8q(37%),7p(27%),6p (33%),7q(33%),1q(30%),13q(23%),11q(20%)和5p(20%).染色体基因组丢失频率高的是17p(57%),其他为19q(50%),1p(47%),3p(30%)和4p(20%).在贲门癌淋巴结转移灶7例中,总共有75增加和58个丢失,平均DNA拷贝数的增加和丢失分别为10.7和8.3.染色体增加为8q(5/7),20(4/7)和1q,2p,3q,6,7,11p11-q13,11q14-q23,13(均为3/7),染色体的丢失为9p13-qter(4/7),4(3/7)和1pter-1q33,7p12-qter,16p,17p,18(均为2/7).结论:20q,6q,8q,7p,6p,7q,1q,13q,11q,5p的染色体基因组增加和17p,1 9q,1p,3p,4p的丢失与贲门癌相关,而8q,20的增加和9p13-qter,4 pq的丢失可能与贲门癌的淋巴结转移相关.
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比较基因组杂交研究胰腺癌的遗传变异(文献综述)
比较基因组杂交技术(CGH)是近年来在染色体荧光原位杂交基础上发展起来的一种新的分子细胞遗传学技术.本文介绍了CGH的基本原理及其在胰腺癌中的应用,并对其优缺点进行了评价.
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肝癌转移复发的分子机制与预测:从组学研究到临床应用
肿瘤转移是一个涉及癌细胞本身、癌细胞与癌周微环境及宿主免疫状态的相互作用等的复杂过程,许多因素参与调节.既往的单因素研究难以反映转移过程的本质,难以准确预测临床过程.人类基因组计划的顺利实施,比较基因组杂交( comparative genomic hybridization,CGH)、基因作图、cDNA微阵列等高通量新技术的发展,彻底改变了传统的单个基因研究模式,使我们能从全基因组水平分析相关基因表达水平及其结构的改变,以及其相互作用网络、途径及调控机制等.这些技术已成为功能基因组研究的重要手段,也使研究肿瘤转移过程中多基因改变的模式及其调控机制成为可能.
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比较基因组杂交研究瘢痕疙瘩遗传变异
目的了解瘢痕疙瘩遗传学改变的特征.方法应用比较基因组杂交技术研究6例瘢痕疙瘩基因组的不平衡即遗传物质的丢失或扩增情况.结果瘢痕疙瘩出现高频率的DNA拷贝数缺失的染色体是1p(66.7%)、16号染色体(83.3%)、20号染色体(83.3%)、22号染色体(83.3%),其小重叠区分别为1pter-32.2、16p13.2-p11.1、20q11.1-q13.2、16p13.2-p11.1,未发现特异区域的DNA拷贝数的高频率扩增.结论1p、16号染色体、20号染色体、22号染色体极可能存在相关的瘢痕疙瘩抑制基因,这些基因的丢失可能参与了瘢痕疙瘩的发生、发展.
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应用aCGH技术建立胚胎植入前遗传学筛查
目的 应用微阵列比较基因组杂交技术(aCGH)对移植前胚胎进行染色体遗传学筛查,建立胚胎染色体非整倍体检测方法.方法 对冷冻囊胚、对照质控品先进行全基因组扩增,然后再继续aCGH检测.结果 4个冷冻囊胚中1个染色体正常,另外3个染色体异常,对照质控全部检测出.结论 应用全基因组扩增以及aCGH技术,对囊胚成功进行了植入前遗传学筛查,能够全面评估胚胎染色体的非整倍体情况,为复发流产患者提高生殖成功率提供重要依据.
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基于微阵列比较基因组杂交技术的胚胎植入前遗传学诊断和筛查在不同阶段胚胎中的临床应用结局分析
目的 探讨微阵列比较基因组杂交(array-CGH)技术在胚胎植入前遗传学诊断或胚胎植入前遗传学筛查(PGD/PGS)中的应用效果及不同胚胎阶段活检的临床结局的差异.方法 回顾性分析2011年7月至2015年8月在南京医科大学第一附属医院进行PGD/PGS治疗的381个周期,其中, PGD 320个周期,采用卵裂期活检156个周期、囊胚期活检164个周期;PGS 61个周期,采用卵裂期活检23个周期、囊胚期活检38个周期.活检标本采用单细胞全基因组扩增结合array-CGH技术行染色体拷贝数分析.所有移植周期均采用单胚胎移植,以活产率作为主要临床结局的评价指标.结果array-CGH技术在PGD/PGS中的明确诊断胚胎比例达96.9%~99.1%.PGD活检周期中,卵裂期活检的每移植周期活产率和每活检周期活产率分别为50.0%(58/116)、37.2%(58/156),而囊胚期活检者分别为67.5%(85/126)、51.8%(85/164),分别比较,差异均有统计学意义(P均<0.01).PGS活检周期中,卵裂期活检的每移植周期活产率和每活检周期活产率均为34.8%(8/23),而囊胚期活检者均为42.1% (16/38),分别比较,差异均无统计学意义(P均>0.05).结论 array-CGH技术在PGD/PGS中的应用具有高诊断率,基于array-CGH技术的PGD/PGS可获得理想的临床活产率.在PGD周期中,囊胚期活检比卵裂期活检具有更高的活产率.
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微阵列比较基因组杂交技术在自然流产遗传学分析中的应用
目的：探讨微阵列比较基因组杂交（array-CGH）技术在自然流产组织染色体分析中的应用，为自然流产的遗传咨询和临床诊治提供指导。方法选取2013年11月至2016年1月在河南省人民医院就诊的自然流产患者382例，收集流产绒毛或胎儿组织，采用array-CGH技术对流产绒毛或胎儿组织的全基因组拷贝数进行检测，并同时行细胞培养和传统G显带染色体核型分析，比较G显带染色体核型分析及array-CGH的结果。结果 array-CGH技术成功获得结果382例，检测成功率为100.0%（382/382），染色体异常检出率为46.6%（178/382）；染色体核型分析技术成功获得结果281例，检测成功率为73.6%（281/382），染色体异常检出率为40.2%（113/281）；array-CGH均高于染色体核型分析技术。array-CGH检测出的178例染色体异常中，染色体数目异常163例（91.6%，163/178）；染色体结构异常15例（8.4%，15/178），其中10例同时出现了染色体微重复和微缺失的流产胚胎中有4例被证实父母一方为染色体平衡易位携带者。染色体核型分析检出的113例染色体异常中，染色体数目异常108例（95.6%，108/113），染色体结构异常5例（4.4%，5/113）。两种方法的结果不一致有3例，其中2例为三倍体、1例为性染色体低比例嵌合，array-CGH均漏检为正常。结论 array-CGH技术用于自然流产胚胎组织的染色体分析成功率高，对标本的取材要求远低于传统染色体核型分析技术，且分辨率高、准确快速，可以作为流产组织遗传学诊断的一线技术。
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微阵列比较基因组杂交应用于产前诊断中的研究进展
染色体异常是导致胎儿发育迟缓、畸形、死胎和其他遗传性综合征的根本原因.产前诊断致力于早期发现和预防上述遗传病,以提高人口素质.20世纪70年代以来,染色体G显带核型分析技术是染色体病诊断和产前诊断的“金标准”,但其耗时长、分辨率低.为克服上述缺点,微阵列比较基因组杂交(ACGH)技术应运而生,该方法无论从检测速度、自动化程度、覆盖面和分辨率方面均较传统细胞遗传学方法有极大程度的提高.笔者拟就ACGH在产前诊断中的应用及其发展前景,综述如下.
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2q37缺失综合征患儿的临床及分子细胞遗传学诊断一例
目的 综合应用细胞及分子遗传学技术检测1例新生儿病例,以明确诊断,并结合文献资料对2q37缺失综合征的临床特点及遗传学诊断技术进行探讨.方法 常规外周血淋巴细胞培养制片及G显带核型分析；常规提取外周血基因组DNA,进行微阵列比较基因组杂交(array comparative genomic hybridization,array-CGH)及多重连接依赖探针扩增(multiplex ligation-dependent probe amplification,MLPA)分析.结果 患儿具有面部畸形、手部特殊握拳姿势及先天性心脏病等2q37缺失综合征的表型特征,array-CGH分析发现患儿2q37.3区存在4.7096 Mb的微缺失,包含COL6A3至PDCD1基因；MLPA及核型分析均验证了这一结果.结论 患儿为2q37缺失综合征,该综合征具有临床可辨识性,array-CGH技术对2q37缺失综合征诊断及遗传与表型关系的研究具有实际应用价值.
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肝母细胞瘤基因组不平衡性与染色体变异
目的 建立稳定的比较基因组杂交(CGH)技术,探讨肝母细胞瘤(HB)染色体1p36杂合性缺失(LOH)的特点.方法 应用CGH检测30例HB DNA的丢失或扩增;应用聚合酶链反应-简单重复序列多态性(SSLP)方法,对30例HB中染色体1p36上6个微卫星的杂合子丢失进行检测.结果 每例HB细胞染色体均有不同程度的变异,HB常见增益的染色体区域是1q、2q、2p、8q、8p、12q和22q,常见丢失的染色体区域为1p、4q、4p、16q、17p和18q.30例HB中,1号染色体上6个基因座发生LOH的总频率为63.3%(19/30),其中D1S199为高(66.7%),其次为D1S450(46.7%).结论 HB存在多条染色体DNA拷贝数扩增或丢失的区域;HB在染色体1p36上存在广泛的LOH;染色体变异引起相应瘤基因扩增和抑癌基因的丢失可能参与了HB的发生、发展.
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原发性鼻咽癌中高频率的4q增多和1p丢失
目的阐明中国广东籍患者原发性鼻咽癌（NPC）的遗传学变化。方法用比较基因组杂交技术（CGH）检测17例原发性NPC遗传物质的增多和丢失情况。结果在半数以上患者中发现4q增多和1p丢失。其他较为常见的染色体变化是12q、1q、2q、3q和8q增多，以及3p、11q、14q、15q、13q、Xq、9q、10p、10q和16q丢失。结论广东原发性NPC的遗传学改变为4q、12q和1 q增多以及1p、3p、11q和14q丢失，这些区域可能含有与NPC发病有关的癌基因与抑癌基因。
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大肠癌染色体组DNA拷贝数异常的临床病理学意义
目的 分析大肠癌染色体组DNA拷贝数异常区域与患者临床病理特征的关系.方法 应用比较基因组杂交技术(CGH)检测73例大肠癌患者的标本.结果 大肠癌染色体8p12-pter丢失和8q23-qter扩增与淋巴结转移显著相关;而8q23-qter扩增和18q12-qter丢失与远处器官转移和(或)术后复发显著相关;8q23-qter扩增、8p12-pter和18q12-qter丢失,与大肠癌患者不良预后密切相关.Cox多因素分析表明,18q12-qter丢失在大肠癌是一个独立的不良预后生物学指标.结论 采用CGH法检测染色体组DNA拷贝数异常能预测大肠癌患者的预后,并为临床治疗提供有意义的信息.
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鼻咽癌和结直肠癌多基因多阶段多途径模型的探讨
目的构建鼻咽癌和结直肠癌树模型,探讨和比较两种癌癌变过程中多基因、多阶段、多途径的发生发展模式.方法根据118例结直肠癌和140例中国南方鼻咽癌比较基因组杂交的数据,利用Desper等建立的软件,分别构建结直肠癌和鼻咽癌的树模型.结果结直肠癌树模型提示,-18q和+20q可能是结直肠癌变中的重要早期事件,并且-18q先于-17p出现,两者之间可能存在因果关系.鼻咽癌树模型提示,-3p是重要的早期事件,-llq、-14q、-16q、-9p亦是鼻咽癌发生中的非随机事件,这些染色体臂上可能存在着与鼻咽癌密切相关的肿瘤相关基因;同时树模型还提示,12p上可能也有与鼻咽癌相关的瘤基因.结论根据比较基因组杂交资料构建的肿瘤发生发展的树模型,可以揭示肿瘤多基因、多阶段、多途径发生发展的模式.
