芯片技术用于APC基因启动子甲基化定量检测

目的研制抑癌基因APC启动子1A的甲基化定量检测芯片,对临床标本进行初步定量检测分析.方法采用脐带血DNA克隆体作为阴性、阳性质控品建立芯片,提取6例健康人的肺组织DNA、6例肺癌患者的肺组织和癌组织DNA,进行亚硫酸盐化学修饰,以甲基化特异性引物进行基因扩增,与探针杂交检测,并进行甲基化特异性序列分析.结果甲基化阳性、阴性质控品的芯片检测与测序结果吻合.687、707、714、719和726共5个位点的荧光强度标准曲线的R2为0.93～0.99.687、707、714、719和726共5个位点非甲基化的检测范围:(0±8.7)%、(0±17.6)%、(0±17)%、(0±13)%、(0±8)%;甲基化杂合型的检测范围:(50±3.6)%、(50±6.9)%、(50±3.5)%、(50±8.5)%、(50±7.3)%.标本的芯片检测与测序结果一致.结论本研究首次建立了以微阵列技术为基础的APC基因启动子甲基化定量检测芯片.

肽核酸芯片技术初探

目的研究解决以DNA为探针的寡核苷酸芯片特异性、重复性差等问题.方法用肽核酸(PNA)探针制备PNA芯片,以荧光标记的寡核苷酸(ODN)及HBV DNA的PCR产物为检测对象,探讨PNA芯片的杂交条件.用PNA芯片检测HBVDNA及单碱基突变,并与DNA芯片做一对比.结果PNA探针对单碱基突变的识别力比相应的DNA探针更强;用其检测HBV DNA,得到了与常规PCR试剂盒一致的检测结果.结论 PNA探针独特的结构决定了它在杂交中具有与靶DNA结合的稳定性高及特异性强等优点.

急性缺血性脑卒中患者血清miR-106b-5p的异常表达及意义

目的 检测急性缺血性脑卒中(IS)患者血清miR-106b-5p表达水平,探讨其作为IS分子诊断指标的可行性.方法 用miRNA表达谱芯片筛选4例急性IS及10例健康体检者(NC)血清中差异表达的miRNAs.用实时荧光定量PCR法检测53例急性IS患者及50例NC血清中miR-106b-5p的含量.通过分析受试者工作特征曲线(ROC)判断miR-106b-5p在急性IS诊断中的敏感性和特异性.结果 IS组患者血清miR-106b-5p含量(67.13±4.13) fmol/L高于NC组(40.48±2.62)fmol/L,差异有统计学意义(t=5.41,P＜0.01).miR-106b-5p诊断急性IS的ROC曲线下面积为0.78(95％ CI:0.69～0.87).当cut off值为40 fmol/L时,miR-106b-5p诊断急性IS的敏感性为79.25％,特异性为64.71％.结论 miR-106b-5p在IS患者血清中表达水平升高,与临床症状结合可提高诊断的准确性.

显色法芯片检测结核分枝杆菌利福平与异烟肼耐药基因的临床应用

目的 观察离心柱法抽提、显色法芯片检测结核分枝杆菌(MTB)利福平(RIF)与异烟肼(INH)耐药基因的临床应用价值.方法 离心柱法直接抽提痰液中MTB DNA,显色法芯片检测69例结核患者、30例非结核患者痰液和H37Rv标准MTB株DNA rpoB、katG、inhA和ahpC 4个基因片段多态性.结果 42例RIF耐药组rpoB区基因总突变率为90.4%,rpoB 511、513、516、526、531位点突变率分别为9.5%、9.5%、7.1%、40.4%、38.0%,有1例未检出芯片信号;46例INH耐药组katG、inhA、ahpC区域突变率分别为58.6%、19.5%、6.5%,有4例未检出芯片信号;30例非结核病人痰液芯片检测结果均为阴性,H37Rv标准株为野生型.结论 离心柱法抽提、显色法芯片检测结核分枝杆菌RIF和INH耐药基因方法灵敏、特异、简便,无需特殊仪器,对指导临床用药价值较大.

蛋白质芯片在病毒感染检测中的研究进展

病毒感染的检测主要依靠病原学、免疫学和分子生物学的方法[1],近年来基因芯片和蛋白质芯片也应用于病毒感染的检测.蛋白质芯片与常规检验方法中的形态染色、分离培养、血清学鉴定及PCR技术相比具有大规模、高通量、多元化、快速检测、计算机自动分析结果等特点[2].

适配体芯片技术及其应用

适配体(aptamers)是通过指数级富集配体的系统进化技术(systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX)筛选而获得的某种单链DNA或RNA分子[1],这些分子能够折叠成特定的三维空间结构与其所针对的各种靶物质特异地结合,而不是依赖特异性的碱基排列.适配体芯片又称适配体微阵列,是继基因芯片、蛋白质芯片之后发展起来的一种新芯片.

3种保虫宿主日本血吸虫特征性差异表达基因的筛选与验证

目的 筛选日本血吸虫3种重要保虫宿主来源虫体的特征性差异表达基因,寻找可以用于鉴别这3种宿主来源虫体的遗传标记.方法 日本血吸虫尾蚴人工感染黄牛、水牛和山羊,收集感染后49 d成虫,分别抽提RNA,逆转录成cDNA,体外转录为cRNA并进行片段化；采用定制的血吸虫芯片分别进行杂交,筛选每种宿主来源虫体的特征性差异表达基因.采用实时定量PCR法对所筛选差异表达基因的表达水平做进一步测定,验证芯片数据的结果,并对这些特征性差异表达基因进行验证.结果 通过芯片杂交,分析筛选获得实验黄牛组来源虫体特征性差异表达基因3个,水牛组来源虫体4个,山羊组来源虫体7个.其中黄牛组2个、水牛组3个、山羊组5个特征性差异表达基因在另一批次3种宿主来源虫体的重复试验中得到验证.结论 芯片杂交筛选出10个3种宿主来源虫体的特征性差异表达基因,这些基因可能可以作为这3种不同宿主来源虫体的遗传标记.

应用基因芯片技术研究成年男性精子的基因表达

目的:初步研究健康成人精子中基因的表达情况.方法:收集成年男性活力正常的精子,提取总RNA,以健康成人淋巴细胞总RNA作对照.两组RNA逆转录为cDNA之后,cDNA经酶切、加接头后进行RD扩增,在扩增同时分别掺入Cy3(精子)和Cy5(淋巴细胞)荧光染料标记,标记样品与自制的精子基因表达谱芯片杂交.结果:检测发现在560个基因片段中,有72个基因表达上调,321个基因表达下调,另外167个基因表达无差异.其中与基因复制、转录、翻译及调控等相关的基因表达基本属于无差异表达类型或低表达类型,而与精子发生相关的基因、精子本身的特异性抗原等基因显著高表达,精子中糖酵解相关基因表达上调,而与氧化磷酸化相关的基因则表达下调.结论:在健康成人精子中有丰富的基因表达,而且基因的表达与精子自身的功能和特点相一致.

人乳头瘤病毒基因分型液态芯片的应用研究

目的:采用人乳头瘤病毒(HPV)液态芯片对HPV感染患者进行基因分型,为早期诊断与治疗HPV感染和宫颈癌提供依据.方法:采用13种HPV基因分型液态芯片,对100例尖锐湿疣及100例宫颈糜烂患者进行HPV基因分型检测.以反向斑点印迹法作为对照检测.结果:100例尖锐湿疣患者中感染HPV单一型占78%(其中HPV6占42%,HPV11占36%);混合型占20%,其中高危型占6.3%.宫颈糜烂患者临床标本PCR阳性率为55%;对50例PCR阳性的患者进行HPV分型,其中9例可检出型别,高危型占67%.两种方法检测有较高的一致性,但液态芯片方法更灵敏.结论:HPV基因分型液态芯片可以快速、精确和高通量地对HPV感染标本进行HPV分型检测.

芯片检测HBV DNA多态性的临床意义

目的:DNA芯片检测乙型肝炎病毒(Hepatitis B Virus,HBV)基因前C/C区、C基因区启动子(BCP)和P区等多个位点多态性.方法:将多条寡核苷酸探针固定于芯片的特定位置,与PCR扩增的HBV基因相应区段杂交,酶呈色,根据特定位置上的杂交信号判定基因突变的类型.结果:HBeAg(+)和抗HBe抗体(+)两组患者中前C/C区变异的不同频率分别为慢性乙型肝炎患者(Chronic hepatitis B,CHB)25%和61%,HBV无症状携带者(Asymptomatic carrier,ASC)12%和55%,重症乙型肝炎(Severe hepatitis B,SHB)50%和58%;BCP区变异的不同频率分别为CHB 20%和48%,ASC11%和45%,SH 75%和75%.3例服用lamivudine的患者半年后有2例发生P区变异(YMDD→YIDD).结论:DNA芯片检测HBV基因多态性具有较好的灵敏度和重复性,操作简便,易于临床推广应用;前C/C区和BCP区变异可能是HBeAg(-)患者HBV感染的两大主要原因,且与肝炎慢性化、重症化有密切关系.

胎儿宫内发育迟缓孕妇胎盘组织中差异表达基因及相关信号通路分析

目的 筛选胎儿宫内发育迟缓(IUGR)孕妇胎盘中异常表达的基因和可能参与该疾病的信号通路.方法 从GEO数据库中下载GSE35574芯片数据,包含35例IUGR孕妇胎盘和40例正常孕妇胎盘组织样本的表达谱数据.选取两组间P值＜0.05的差异基因,进行GO功能注释和信号通路分析,揭示IUGR相关的信号通路.结果 芯片数据分析显示,在IUGR的胎盘中,差异倍数1.2以上(P＜0.05)的基因有108条;其中,表达上调的基因61条,表达下调的基因47条.对IUGR胎盘组织中差异基因进行基因功能注释.GO功能注释分析结果显示,上调基因相关的基因功能注释有232条,下调基因相关的基因功能注释有151条.信号通路分析结果显示,上调基因相关的有显著差异的信号通路有43条,下调基因相关的有显著差异的信号通路有34条.GO功能注释和信号通路分析的结果共同表明IUGR有可能与代谢、免疫事件有关.结论 本研究比较系统地揭示了IUGR胎盘中差异基因的表达谱特征和所涉及的重要信号通路.代谢、免疫事件相关的差异基因可能与IUGR有关.

循环DNA在食管癌异常甲基化检测中的应用价值

目的 探讨循环DNA在食管癌异常甲基化检测中的应用价值.方法 收集食管癌患者的癌组织、食管远端组织和外周血浆样本及正常体检人群的食管黏膜对照组织,采用450 K甲基化芯片初筛食管癌组织中差异甲基化位点,扩大样本采用DNA甲基化时间飞行质谱技术对食管癌组织、对应血浆游离DNA进行甲基化定量检测,验证癌组织与血浆游离DNA甲基化的一致性.结果 基于芯片结果获得10个抑癌基因用于后续验证,包括ADAMTS9、AIM2、CASZ1、CDH13、EBF3、ING2、IQGAP2、KLF6、TMEFF2和TRIT1.质谱分析显示,所有位点的平均甲基化水平在食管癌患者血浆游离DNA样品中高,其次是食管癌组织和正常食管黏膜对照组织.结论 基因芯片技术可用于食管癌差异甲基化位点的初筛;但构建的抑癌基因异常甲基化谱在应用前尚需进行大样本、多阶段验证.血浆游离DNA甲基化谱可作为潜在的生物标志物应用于食管癌的诊断.

神经卡压不见伤口的损伤/心脑血管病每小时致死300人/芯片视网膜能使盲人重见光明/"灵魂出窍"怎么回事/42.5%的人有失眠问题/"指纹图谱"将用于中药检测/人类智慧野兽逼出来的

我国发现人脑记忆"新大陆"/"眼睛芯片"使盲人重见光明/治疗膀胱癌可不挂尿袋/蜗牛可治帕金森氏症/有声音桥--恢复听力又一新方法/一滴血可预知婴儿健康状况/新型宫内节育器研制成功/治疗老年黄斑变性有新法/俄罗斯专家用宇航服治疗儿童脑瘫/血液透析可戒毒

日本发现一种能减肥的新蛋白质;美研制出让盲人重见光明的芯片;美发明术后疼痛缓解系统;抑郁症也"变脸";米饭就牛奶可降血糖;白果好吃;须防中毒;花草芬芳会使孩子更聪明;少数人不得艾滋病的秘密;咖啡巧克力有助于治癌症

CHEK基因与乳腺癌的风险 DNA芯片描绘肾癌表达谱 病毒蛋白可能与成神经管细胞瘤有关 与癌发展相关酶溶瘤病毒PV701可有效抗癌

系统性红斑狼疮患者外周血B淋巴细胞中狼疮活动相关miRNA的筛选

目的:通过筛选系统性红斑狼疮(SLE)患者外周血B淋巴细胞中与狼疮活动相关的microRNA(miRNA),探讨B淋巴细胞参与SLE发病的机制.方法:选取45例重度活动期SLE患者作为研究对象,另选20例稳定期SLE患者和10例健康体检者分别作为对照,采集外周静脉血,用磁珠阴性分选法分离B淋巴细胞并提取RNA,将每组单个样本RNA混成组总RNA,进行组间芯片分析.实时荧光定量PCR (Realtime PCR)验证miRNA芯片检测结果.结果:重度活动期SLE患者外周血B淋巴细胞中有16条差异表达的miRNA,其中下调10条,上调6条.Realtime PCR对其中2条(miR-181a、miR-103)miRNA的验证结果与芯片检测所示具有较好的一致性.结论:SLE患者病情活动性与B淋巴细胞中miRNA异常表达密切相关.

寡核苷酸芯片在胃癌p53基因热点突变检测中的应用研究

目的应用寡核苷酸芯片技术检测胃癌p53基因突变的价值.方法提取胃癌基因组DNA,以荧光标记引物进行PCR,扩增p53基因特异性片段;将修饰合成的探针按微矩阵排列点样于化学处理过的载玻片上,制成寡核苷酸芯片;将PCR产物与寡核苷酸芯片进行杂交,经严格洗片后在激光共聚焦扫描仪上扫描芯片,获取图象分析结果.结果检测10例胃癌组织标本的p53基因突变情况,发现其中7例野生型,3例在第7外显子发生点突变.结论 p53基因突变与胃癌发生机制有关,同时芯片技术在检测基因突变方面的应用将对胃癌研究的基础理论及临床应用具有重要意义.

miRNAs在甲状腺乳头状癌中的表达及临床病理意义

目的：探讨甲状腺乳头状癌（PTC）中特征性的miRNA表达谱以及临床病理意义。方法对52例PTC及7例良性甲状腺肿瘤手术切除标本采用基因芯片技术及RNA印迹杂交法检测miRNA的表达，对过表达的miRNA表达水平与PTC临床病理特征之间的关系进行分析。结果（1）用基因芯片技术筛检发现 PTC 组织中5例过表达的 miRNAs（miR-375、miR-34a、miR-146b、miR-222、miR-31）。（2）RNA印迹杂交法验证芯片结果及检测其他miRNAs结果显示：miR-34a、miR-146b、miR-31、miR-21和miR-221在PTC组织中的表达水平较癌旁正常甲状腺组织显著升高（P＜0.05）。MiR-146b和miR-221在PTC组织中的过表达率较良性甲状腺肿瘤组织显著升高（P＜0.01）。PTC患者中包膜侵犯组、淋巴结转移组、TNM分期III- IV期组及AGES系统评分≥5分组miR-221的表达水平均明显高于相应对照组（P＜0.05或0.01）；而男性PTC患者的miR-146b表达水平明显高于女性PTC患者（P＜0.05）。结论 miR-146b、miR-221、miR-21和miR-31的过表达与PTC的发生、发展有关；过表达的miR-221和miR-146b与PTC的预后不良有关。

生物芯片技术在病理诊断中的应用

生物芯片(biochip)是20世纪90年代中期发展起来的一项生物高科技技术,是继大规模集成电路之后的又一次具有重大影响的生物技术革命.它以玻片、硅、硝酸纤维膜、尼龙膜等为载体,在单位面积上高密度地排列大量生物材料,从而达到一次实验同时检测多种疾病或分析多种生物样品的目的.生物芯片的基本原理是分子杂交或抗原抗体反应[1].根据储存的生物信息类型,生物芯片分为基因芯片、蛋白质芯片和组织芯片.