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心肌炎和克山病患者分离的肠道病毒核酸序列(摘要)
目的分析自心肌炎和克山病患者分离的肠道病毒的核酸序列，探讨病毒病因的分子基础。方法使用肠道病毒特异引物对从心肌炎和克山病患者分离的肠道病毒RNA进行RT-PCR扩增，PCR产物经纯化后分别经不同的引物正反向直接核酸循环测序，并应用SeqEd和DNA软件及Assem blyLIGN软件对测序结果进行分析。结果确定7株病毒5＇端从核苷酸位点40到750之间710 bp基因序列；序列分析结果发现，尽管为同血清型病毒，但其5＇端非编码区基因变异率仍在25％左右，而血清型为柯萨奇B5病毒则高达34.08％，与肠道病毒各血清型之间5＇端非编码区基因变异率无明显差异；对血清型为CVB3的两分离株病毒5＇端基因特殊位点分析，发现与CVB3标准株(Nancy株)比较234位由T→C、690位由C→A。结论确定了所分离到的一些肠道病毒5＇端非编码区基因序列；肠道病毒5＇端非编码区基因与血清型关系不大；CVB3分离株5＇端基因特殊位点变异与致病的关系值得进一步探讨。[全文刊登于中华微生物学和免疫学杂志2001.21(1):21]
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前列腺癌患者雄激素受体N端区的突变研究
雌激素受体(androgen receptor, AR)由N端区、居中的DNA结合区和C端的激素结合区组成.N端区约由550个氨基酸组成,占AR的一半以上,其中第100～485位氨基酸与受体的转录活化功能(activation function, AF)有关,因此被称为AF1区,该区的缺失几乎可使AR的转录激活功能全部丧失,因而是AR充分发挥其转录激活功能所必需.国外研究表明AR的AF1区的基因突变是前列腺癌(prostate cancer, PC)发展和内分泌治疗抵抗的原因之一,但国内尚未见这方面的研究报道.目的:确定正常中国人AR N端AF1区的核苷酸顺序.在此基础上,检测PC患者癌组织中AR的AF1区突变,以探讨AF1区与PC进展的关系.方法:用4对引物(A3～A6)PC0例中国正常男性外周血中AR的AF1,双链DNA循环测序以确定正常中国人AR的AF1的核苷酸顺序.用PCR-SSCP(单链构象多态性)-DNA双链循环测序法对42例(低分化腺癌19例,中分化腺癌12例,高分化腺癌11例)PC患者石蜡切片癌组织中AR的AF1区进行突变检测.结果:正常中国人AR N端AF1的序列与欧美报道的完全一致.在3例低分化PC患者石蜡切片组织中(PC28、PC29、PC35)的AF1区各发现一错义突变(Gly 142 Val、 Asp221 His和Ser 296 Arg).结论:正常中国人AR的AF1序列与欧美人无差别.中国人PC组织中存在AR N端AF1区的突变,在AF1区发现的3种新突变AR均位于低分化PC患者中,提示AR的突变可能与PC的进展有关.
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DNA循环测序中一些常见影响因素的研究
目的 研究DNA循环测序中一些常见因素的影响.方法 对循环测序中模板、引物、测序反应条件及其产物的纯化等常见因素进行了比较研究.结果 测序模板浓度过低,则核苷酸曲线的信:噪比小,甚至不出现荧光信号.模板浓度过高,判读的核苷酸长度降低;引物的长度、G+C含量及Tm值对测序结果无明显影响;模板中的离子对测序反应有抑制作用;改变变性、退火及延伸温度,以及加入二甲基亚砜(DMSO)或甘油对某些DNA模板的序列测定有较好的效果;测序反应产物纯化后如有残余的荧光染料,则会干扰测序仪对核苷酸的自动判读,但序列能进行人工校正.结论 序列质量与模板的纯度、浓度有明显的关系.对一些具有特殊结构DNA,调整循环反应条件或使用添加剂能获得较好测序结果;利用70%乙醇沉淀法是首选的测序反应产物纯化方法.
