病毒学报杂志
Chinese Journal of Virology 병독학보
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马立克氏病毒meq基因缺失株SC9-1通过自然重组获得meq能力的分析
为了探究meq基因缺失的马立克氏病毒疫苗株SC9-1与超强毒株Md5是否能够通过自然重组获得meq基因的能力,将SC9-1疫苗毒和Md5超强毒共同感染鸡胚成纤维细胞(CEF),并在CEF上连续传三代,提取单个蚀斑的病毒DNA.同时将Md5超强毒接种免疫过SC9-1疫苗株的SPF鸡,在不同的时间点分离病毒,提取单个蚀斑的病毒DNA.将两种方式获得的病毒DNA进行PCR验证,并将香啤酒重组酶位点(FRT)残留序列克隆测序,比较其同源性.两种方式鉴定的病毒均为SC9-1或是Md5,没有检测到重组病毒,而且FRT残留序列同源性为100％.结果SC9-1没有从野生毒株Md5获得缺失的meq基因,而且meq基因敲除区具有很好的遗传稳定性.
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进口冰鲜大西洋鲑中传染性鲑鱼贫血症病毒的鉴定
传染性鲑鱼贫血症病毒(Infectious salmon anaemia virus,ISAV)作为一种对鲑鳟鱼类危害严重的病原,对世界鲑鳟养殖业造成较大经济损失.本研究依据世界动物卫生组织(OIE)推荐的方法,对2014年经深圳口岸进口的冰鲜大西洋鲑进行了ISAV检测,9批挪威进口冰鲜大西洋鲑被检出疑似ISAV阳性.然而,9批样品ISAV病毒分离结果均为阴性.基于ISAV血凝素酯酶(Hemaglutinin esterase,HE)基因序列的分析结果,9株ISAV均属于HPR非缺失型ISAV(HPR0 ISAV),且与挪威ISAV分离株同源性达98.3％～100.0％.本研究共从491批冰鲜大西洋鲑中检出HPR0 ISAV阳性9批,阳性检出率为1.8％.因此,应加强对挪威进口冰鲜大西洋鲑的检疫,以防HPR0ISAV传人我国.
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中国大陆流行的风疹病毒的变异变迁规律研究
从分子水平上探讨1999～2015年中国大陆流行的风疹病毒动态变异变迁规律.方法依据全国麻疹/风疹实验室网络的风疹病毒学监测数据,对1999～2015年中国流行风疹病毒进行分子进化分析.1999～2015年从全国29个省市(除新疆和西藏外)共获得风疹病毒株1737株,分属于4个基因型(1E,1F,2A和2B基因型):①1E基因型风疹病毒自2001年首次分离到之后,替代1F基因型风疹病毒成为2001～2013年中国流行风疹病毒的优势基因型,并从年代上可分为两个进化分支[Cluster A(2004-2015)和Cluster B(2001-2009)],然而自2011年其检出比例逐渐下降,至2015年该比例仅为1.3％;②1F基因型风疹病毒在地理上局限于中国,而在2002年之后未再监测到,推测其在中国的传播可能已被阻断;③2A基因型风疹病毒株均来自于疫苗相关病例;④2000～2015年间中国至少有4个不同的2B基因型风疹病毒传播链(Lineage1-4),2B基因型风疹病毒在2010年之前只有零星的流行,一直处于弱势,但自2011年输入型2B基因型风疹病毒(Lineage 3)的检出构成比逐年增高,并在2014～2015年成为中国流行风疹病毒的主要基因型.通过对中国连续16年风疹病毒变异变迁规律的研究,系统地掌握了其进化和流行规律,同时也为中国风疹控制和将来消除提供了重要的病毒学监测数据.
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我国手足口病重症患者数自回归移动平均模型预测研究
采用自回归移动平均(Autoregressive integrated moving average,ARIMA)模型对我国(不含中国港澳台)手足口病月报告的重症患者数进行预测研究,为该模型在手足口病及其它传染病预防控制中的应用提供参考依据.根据2010-2015年全国手足口病月报告重症患者数时间序列,以2016年1-9月的月报告重症患者数作为验证数据,建立我国手足口病月报告重症患者数的ARIMA模型,并与2010-2014年数据建立的模型进行比较.2010-2014、2010-2015年两个不同时间序列建立的我国手足口病月报告重症患者数模型分别为ARIMA(1,1,0)(2,1,0)12、ARIMA(0,1,1)(2,1,0)12.以上两个不同时间序列预测结果比较发现,数据积累较多,预测的平均相对误差变小,但预测时间越短尚未发现平均相对误差较小.同一研究内容,时间序列年代不同,所建立的预测模型可能不同;认为ARIMA模型数据积累越多、预测时间越短、预测误差越小的情况还需得到进一步验证.
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蝙蝠圆环病毒BtCV-DS13株的鉴定与全基因组分析
自首次从棕果蝠(Rousettus leschenaultii)中检测到圆环病毒后,不断有研究小组从不同地域的多种蝙蝠体内发现类似病毒.为掌握中国东部沿海蝙蝠圆环病毒的流行病学资料,以浙江省舟山地区采集的大卫鼠耳蝠的肠道组织为模板,采用巢式PCR和染色体步移法相结合的方法获得一株蝙蝠圆环病毒的全基因组序列,并命名为BtCV-DS13.序列分析表明,BtCV-DS13全基因组长度为1 873nt,具有圆环病毒的典型基因组结构特征.同源性比较显示,与已公布的4种蝙蝠来源的圆环病毒(Bat1、Bat2、Bat3)或环病毒代表株(Cyclovirus bat)的同源性均较低,分别为22.9％、53.5％、24.7％和4.5％.系统进化分析显示,BtCV-DS13处于圆环病毒属的一个大分支中,与猪圆环病毒和蝙蝠圆环病毒处于其中同一个小分支.基于以上分析,初步判断BtCV-DS13在分类上是一种新的蝙蝠圆环病毒.
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犬瘟热病毒体外感染人源细胞的分子研究进展
犬瘟热病毒(Canine distemper virus,CDV)是一种主要通过呼吸道传播对犬科动物造成严重危害的烈性传染病.近年随着CDV在灵长类动物中暴发,研究者开始关注CDV是否具有潜在感染人的风险.目前虽然无直接证据证明CDV可在人体内定殖,但CDV在体外能感染人源细胞,且人体内CDV关键受体SLAM和Nectin-4与灵长类动物具有极高的同源性,因此我们必须高度重视CDV对人类的潜在威胁.本文对CDV分子结构特征、CDV感染宿主靶细胞过程、CDV入侵宿主所需关键受体以及CDV野毒株体外感染人源细胞等方面进行综述,分析CDV对人是否具有潜在感染的风险.
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非编码RNA在流感病毒与宿主互作过程中的作用
非编码RNA (non-coding RNA,ncRNA)是一类不具备蛋白质编码能力的RNA.随着转录组研究和新一代测序技术的发展,ncRNAs被证明能够调控包含病毒与宿主相互作用在内的诸多生命活动过程.流感病毒是严重威胁人类健康和畜牧业生产的重要病毒,其与宿主互作机制及互作过程中产生的病毒变异情况十分复杂.近年来研究表明,许多ncRNAs在流感病毒与宿主的相互作用过程中发挥重要作用.揭示这些ncRNAs在流感病毒感染、复制等过程中的功能,对于阐明流感病毒的致病机理具有重要意义,也为防控流感提供参考.因此,本文对在流感病毒感染中发挥重要调控作用的ncRNAs进行综述.
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数字PCR技术及其应用进展
数字PCR(Digital PCR,dPCR)是核酸绝对定量的新方法,该技术通过分液,将含有核酸模板的PCR反应体系分配到上万个反应器中进行PCR扩增,根据荧光信号的有或无,进行结果计数,通过泊松分布的统计处理,直接得出核酸的拷贝数.相比于实时荧光定量PCR(Quantitative PCR,qPCR),dPCR不需要建立标准曲线,应用前景更广.本文对dPCR的发展历史、原理及其应用进行了综述.
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溯本追源,关口布局,加强人兽共患传染病基础科学研究:“重大突发动物源性人兽共患病跨种感染与传播机制研究”项目获得国家重点研发计划资助
以中东呼吸综合征冠状病毒、西尼罗病毒、基孔肯雅病毒等为代表的人畜共患病病毒对全球公共卫生健康产生了巨大的威胁.由中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所牵头、谭文杰研究员作为项目首席科学家的“重大突发动物源性人兽共患病跨种感染与传播机制研究”项目获得“十三五”国家重点研发计划“畜禽重大疫病防控与高效安全养殖综合技术研发”专项资助,将为从源头、传播、感染靶点三个层次有效阻断动物源性人兽共患病发生及疫病防控提供科学依据与技术支撑.
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内蒙古呼和浩特地区丙型肝炎病毒基因型分布
为了解内蒙古呼和浩特地区丙型肝炎病毒(HCV)基因型的分布特征,为本地区丙型肝炎的治疗、预防提供基础数据资料.收集呼和浩特地区2014年1月至2015年1月就诊的门诊和住院丙型肝炎患者血清采样标本149份,均为HCV抗体检测阳性且HCVRNA定量检测阳性.QIAGEN柱式病毒RNA提取法提取HCV RNA,反转录成cDNA,巢式PCR法扩增HCVNS5B区,对扩增片段进行测序,在NCBI BLAST上进行序列比对得到相似度大的参考序列并确定基因型,用Megalign,Clustal W进行序列分析并建立同源关系树,分析呼和浩特地区HCV感染基因型的分布特征,以及基因型与宿主性别、年龄的关系.在测序成功的94份样本中,共检出6个基因型,1b型占73.40％(69/94),2a型占19.14％(18/94),3a、3b、6a型各占2.12％(2/94),6u型占1.06％(1/94).性别资料明确的93例样本,男女基因型分布无显著差异(P＞0.05).年龄资料明确的90例HCV样本,1+2型的患病年龄高于3-+-6型的患病年龄有统计学意义(P＜0.05).得出内蒙古呼和浩特地区HCV感染的基因型1b为主,其次为2a型,但也有3型、6型等基因型的传人.HCV的基因型4型和5型未检测到.
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中国HCV3b型包膜蛋白编码基因的克隆分析与假病毒制备
从中国丙型肝炎病毒(HCV) 3b亚型感染者克隆分析包膜蛋白编码基因,并用于HCV 3b亚型假病毒制备.本研究从中国HCV感染血清中筛选克隆到2个3b亚型包膜蛋白编码基因,序列分析后构建表达质粒,以1b(Con1)作为对照,体外转染293T细胞后分析不同包膜蛋白表达水平,并制备了HCV 3b亚型假病毒(HCVpp),比较不同HCVpp感染效率.结果表明:2个3b亚型包膜蛋白编码基因(C27与C30)与国际3b参考株TrKj的进化关系较近.C27与C30核苷酸与氨基酸同源性较高(分别为98.5％与98.2％),包膜蛋白编码区存在10个氨基酸位点差异,且C27包膜蛋白体外表达水平明显高于C30,其中C27可制备出高感染效率的HCV 3b型假病毒,其感染效率明显高于C30与HCV 1型(Con1)制备的HCVpp.本研究分析了2个HCV 3b亚型感染者包膜蛋白编码基因序列及表达特性,并首次获得了高感染效率的HCV 3b亚型假病毒,为HCV研究及疫苗与药物研发提供了有效工具.
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反转录环介导等温扩增技术对丙型肝炎病毒1b和2a基因型检测
利用反转录环介导等温扩增技术(RT-LAMP)对中国主要的丙型肝炎病毒(HCV) 1b和2a基因型进行扩增.首先,收集临床采样标本,对其进行定量和定性.第二,分别根据HCV 1b和HCV 2a序列的5’非转录区(5'UTR)设计相应的RT-LAMP引物.第三,利用与非特异模板的交叉反应以评价各引物的特异性,利用内切酶酶切产物以进一步保证扩增准确.第四,利用倍比稀释的模板以评价各引物的灵敏性,并用依赖钙黄绿素/Mn2+的可视化方法与电泳结果比较.后,利用RT-LAMP对所有采样标本进行HCV 1b和HCV 2a两组平行反应,SPSS统计学软件对其实用性初步评价.结果显示,所设计的RT-LAMP引物特异性好,HCV 1b和HCV 2a型产物大小均与预期相同.低可检测的模板量为100 IU/mL,且可视化染色方法电泳结果相一致.统计学软件比较扩增结果表明RT-LAMP与实时荧光定量PCR之间没有统计学差异(P＞0.05).综上,RT-LAMP设备简单,操作简便,具有在基层医疗机构的应用前景.
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KNK437抑制乙型肝炎病毒复制及转录
乙型肝炎病毒(Hepatitis B virus,HBV)在肝细胞内复制过程中,病毒反转录酶(P蛋白)与前基因组RNA(Pregenomic RNA,pgRNA)上的RNA包装信号ε形成P-ε复合物,启动反转录合成和核衣壳装配.封闭P-ε相互作用是一种极具吸引力的抗HBV策略.已知P-ε形成RNP复合物正常发挥活性时,需要热休克蛋白(Heat-shock proteins,Hsps)参与.本研究探索Hsps抑制剂KNK437对HBV复制及转录的影响.主要运用了三种工作模型:HepG2.2.15细胞系、瞬时转染1.05×HBV(pCH9-3091)质粒的Huh7细胞系和瞬时转染1.3×HBV(pGEM-1.3×HBV)质粒的Huh7细胞系.采用CCK-8方法检测KNK437的细胞毒性,ELISA测定细胞培养液上清中HB-sAg和HBeAg的分泌水平;q-PCR和qRT-PCR分别检测细胞内HBV核衣壳中DNA和细胞内HBV RNA水平;Western blotting检测细胞内衣壳亚单位(core)表达水平;qRT-PCR检测细胞内Hsps本身的转录水平.结果表明:20 μM KNK437对细胞没有毒性,且在该浓度下KNK437除HepG2.2.15模型外,均下调HBV HBsAg和HBeAg的胞外分泌,抑制细胞内HBV核衣壳中DNA合成,降低细胞内HBV RNA转录水平,低可使DNA水平降至1.5％左右,RNA水平降至30％左右,从而表明KNK437抑制HBV复制和转录.在HepG2.2.15中的Western blotting显示,KNK437明显减少细胞内衣壳亚单位(core)表达水平.KNK437也抑制Hsp70,Hsp90b,Hsp40等三种热休克蛋白RNA的转录,从而验证了它的确是一种泛Hsps抑制剂.本研究结果显示KNK437具有潜在抗HBV应用前景.
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肝癌患者体内乙型肝炎病毒基因组BCP/Pre C区基因突变多样性分析
为研究肝癌患者组织样本中HBV DNA核心启动子区(BCP区)和前C区(Pre C区)的基因突变多样性及其突变规律.收集第四军医大学附属西京医院2015年收治的192例HBV阳性的肝癌患者组织样本,PCR扩增HBV BCP/Pre C区DNA片段并进行测序分析,从测序失败的样本中随机抽取21例,采用构建单克隆文库后测序的方法进行分析.结果显示37.89％(72/190)的HBV阳性肝癌患者体内HBV病毒因呈现多种突变株混合感染的特点而导致PCR产物直接测序失败,经单克隆测序揭示,每一例失败样本的HBV DNA准种池中至少有2～11种突变株共同存在;突变株中缺失突变和插入突变的发生率高达80.95％;其它突变形式按照频率从高到低分别为A1762T/G1764A双突变90.48％,G1756C/T1803A/△(1 757～1 765)/△(1 824～1 832)四联突变80.95％,T1753C/A1762T/G1764A三联突变57.14％,A1762T/G1764A/G1896A三联突变42.86％,G1756C/△(1 757～1 765)双突变28.57％,T1753C/ A1762T/G1764A/G1896A四联突变23.81％.由此可见,肝癌患者体内HBV病毒具有BCP/Pre C区DNA突变的多样性,这些缺失与插入突变是导致序列移码与PCR产物测序失败的直接原因.研究结果为HBV持续感染及基因突变检测、相关机制研究和个体化防治奠定了基础.
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河南省乙型肝炎病毒分型特征及小S蛋白主要亲水区变异特点分析
为了解河南省乙型肝炎(乙肝)HBV基因型分布及其主蛋白抗原主要亲水区(MHR)氨基酸(aa)位点变异情况.本研究采集河南省2012年HBV流行病学调查的部分HBsAg和HBeAg阳性的血清样本,提取HBV DNA并进行序列扩增,测序得到s基因序列,利用Mega6.0软件比较分析.共得到HBVS基因序列50条,基因型分布B型为16.0％(8/50)、C型为84.0％(42/50).血清型分布中,adrq+为HBV主要流行血清型,流行率为84.0％.S基因MHR aa位点变异中,T126变异率高,为14.0％.HBV MHR变异株总流行率为24.0％(12/50),其中B型的突变率为37.5％(3/8),C型的突变率为21.4％(9/42).河南省乙肝基因型分布以C型为主,B型次之.血清型主要为adrq+为主,adw2次之.HBV MHR aa位点存在变异,应在今后的计划免疫和HBIG治疗中给予重视.
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PR8F/NS1不同位点突变株对小鼠致病性的比较研究
为了探索NS1不同位点突变对流感病毒毒力的影响以及NS1毒力相关位点的作用机制.分析流感病毒NS1蛋白的毒力相关关键基因区段和关键位点,以实验室保存的H1N1亚型流感病毒PR8F为模板,对其NS1基因的第42、81、149位氨基酸分别进行定点突变.利用反向遗传操作技术,成功拯救出突变毒株PR8F-42、PR8F-81、PR8F-149.将获救病毒接种SPF鸡胚,连续传代5代,至病毒能够稳定扩增后,通过血凝效价分析病毒复制效率.并将获救病毒与PR8F均以106 TCID50/100μL感染BALB/c小鼠,观察各组小鼠临床表现、体重变化及存活率.剖检攻毒后死亡小鼠,观察病理特征,制作肺组织病理切片.并提取小鼠肺脏RNA,通过qPCR检测各组小鼠肺脏的病毒载量.结果表明,PR8F的NS1蛋白第42位氨基酸由丝氨酸(Ser)改变为脯氨酸(Pro)对小鼠的致病性无明显改变.第81位、149位氨基酸突变则都能减弱突变株对小鼠的致病性,进而为研究NS1毒力相关位点的作用机制提供平台.
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高致病性A(H5N6)亚型禽流感病毒全基因组序列测定方法的建立
建立以Sanger测序方法为基础的新型A(H5N6)亚型禽流感病毒全基因组扩增方法.从GenBank和Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID)下载近五年H5亚型流感病毒的HA基因序列,N6亚型流感病毒的NA基因序列,以及H5N1和H9N2亚型流感病毒内部6个基因序列,每个基因序列分别进行比对,在相对保守区域设计用于分段扩增的引物,共32对,选用3株病例分离病毒及6株环境分离病毒对引物进行验证.优化后的32对引物能够有效地扩增9株H5N6亚型禽流感病毒,其中3株病例分离病毒的扩增产物条带单一,无非特异扩增.6株环境标本分离病毒扩增产物中,个别反应有非特异扩增产物.建立了一种能够获得高致病性H5N6亚型禽流感病毒全基因组序列的Sanger测序方法,该方法简单、快速,为新型H5N6亚型禽流感病毒的进化分析提供了基础.
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奥司他韦对我国A(H3N2)亚型流感病毒红细胞凝集和抑制试验的影响
比较加入神经氨酸酶抑制剂奥司他韦(Oseltamivir)对我国A(H3N2)亚型流感病毒红细胞凝集(Hemagglutination,HA)和凝集抑制(Hemagglutinin inhibition,HI)试验结果的影响,以期获得病毒更真实的HA和抗原性变异分析结果.选择2014年10月-2015年5月在中国大陆分离的395株A(H3N2)亚型流感病毒,在HA及HI试验中加入神经氨酸酶抑制剂Oseltamivir,对实验结果进行比较分析,根据HA试验,挑选其中部分毒株进行基因组测序,比较NA氨基酸位点变异情况.在HA试验中加入神经氨酸酶抑制剂Oseltamivir后,44.8％的毒株HA滴度未改变;43.8％的毒株HA滴度下降,仅有11.4％的毒株HA滴度升高.加入Oseltamivir后,与A/TX/50/2012鸡胚株抗原性类似的毒株的比例高于未加入Oseltamivir时,与A/SZ/9715293/13细胞株抗原性类似的毒株的比例低于未加入Oseltamivir时类似株的比例,统计学分析有显著性差异.以A/TX/50/2012细胞分离株和A/SZ/9715293/133鸡胚分离株作为参考病毒,Oseltamivir对实验结果的影响无显著性差异.挑选19株A(H3N2)亚型流感毒株进行基因组测序,进行NA蛋白氨基酸位点分析,与A/TX/50/2012鸡胚分离株相比加入20nM Oselta-mivir后,滴度降低超过4倍的5株毒株,没有共同氨基酸位点变异,但A/山东莱城/119/2015流感毒株有D151G氨基酸位点突变;A/吉林铁西/1194/2015流感毒株有V412I和T434A氨基酸位点变异.加入20nM Osehamivir后,滴度降低为2～4倍的毒株,具有I26T、G93S、V149I、N234D、T267K、S416G等位点突变.在对我国近年流行的A(H3N2)亚型流感病毒进行血凝滴度和抗原性分析中,加入Oseltamivir可获得更为真实的HA和HI结果,分析病毒的变异情况,评价疫苗的匹配性.
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基于微滴式数字PCR技术的甲型流感病毒绝对定量方法的建立及应用
数字PCR(Digital PCR,dPCR)是核酸绝对定量的新方法,然而,基于dPCR的甲型流感病毒(Influenza A virus,FluA)绝对定量方法还未系统建立.本研究首先对微滴式dPCR的退火温度进行了梯度优化,确定了dPCR反应的佳退火温度为64.4℃;利用FluA核酸标准品,确定了微滴式dPCR对FluA的检测范围为37.7～8.22×104拷贝/μL,检测的检出限为3.77拷贝/反应.微滴式dPCR的检测结果与标准品拷贝数的相关系数为e2=0.9988,提示该方法检测结果具有较高的可信度.用建立好的微滴式dPCR方法可对待测临床样本中的FluA进行了拷贝数定量.因此本研究建立了基于微滴式dPCR的FluA绝对定量方法,可有效地对临床样本中甲型流感病毒载量进行绝对定量,为临床研究中病毒载量的测定提供了一种技术.
| 年 | 期数 |
| 2018 | 01 02 03 04 05 06 |
| 2017 | 01 02 03 04 05 06 |
| 2016 | 01 02 03 04 05 06 |
| 2015 | 01 02 03 04 05 06 |
| 2014 | 01 02 03 04 05 06 |
| 2013 | 01 02 03 04 05 06 |
| 2012 | 01 02 03 04 05 06 |
| 2011 | 01 02 03 04 05 06 |
| 2010 | 01 02 03 04 05 06 |
| 2009 | 01 02 03 04 05 06 z1 |
| 2008 | 01 02 03 04 05 06 |
| 2007 | 01 02 03 04 05 06 |
| 2006 | 01 02 03 04 05 06 |
| 2005 | 01 02 03 04 05 06 |
| 2004 | 01 02 03 04 |
| 2003 | 01 02 03 04 |
| 2002 | 01 02 03 04 |
| 2001 | 01 02 03 04 |
| 2000 | 01 02 03 04 |
| 1999 | 04 |
