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近似全长序列文献资料
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广西1例HIV-1 G亚型毒株全长基因序列的测定和分析
目的 对广西1例HIV-1 G亚型毒株感染者体内病毒近似全长基因组进行序列测定并进行系统进化分析.方法 对前期鉴定的1例HIV-1G亚型毒株感染者进行背景信息收集,并采集其外周血,提取病毒RNA,利用逆转录巢式-PCR技术分两段扩增并测定病毒近似全长基因序列.利用MEGA6软件对全长序列进行系统进化分析.结果 获得了病毒近似全长基因组序列,长度为8847 bp.在系统进化树中,该毒株与G亚型参考株成簇,Bootstrap值为100%.系统溯源分析显示,该毒株与广西首次报道的G亚型JN106043毒株关系近(Bootstrap值为100%,基因离散率为5%).结论 该毒株可能是由广西毒株传播所致,提示G亚型毒株在广西地区可能存在一定的局部流行,需进一步监测.该毒株序列的测定和分析对于广西地区HIV流行状况分析具有重要意义.
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一组分离自男男性行为人群HIV-1毒株的近似全长序列分析
目的 对5名北京市男男性行为者体内人类免疫缺陷病毒-1(HIV-1)全基因组特征进行全面分析.方法 采用淋巴细胞共培养法分离出病毒,并采用RT-PCR法扩增出其近似全长基因组,测序后对其基因序列特征进行深入分析.结果 经系统进化和重组分析,分离出的5株病毒分属CRF07_BC、CRF01_AE和B亚型.病毒虽然分属不同亚型,但膜区糖基化位点的数目和分布位置都趋于保守,V3环顶端序列存在GPGR和GWGR两种形式,嗜性预测皆为M嗜性.结论 男男性行为人群中HIV-1流行毒株存在CRF01_AE、CRF07_BC和B亚型.本研究获得的全长序列将为研究HIV-1各亚型在男男性行为人群中的传播和进化提供理论依据.
