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LMX1A基因启动子甲基化以及在胃癌发展中的临床意义
目的 通过检测胃癌癌旁距离原发灶不同距离组织及胃癌原发灶LMX1A基因启动子区甲基化状态的差异,分析正常胃组织、癌前病变及癌组织中该基因甲基化的动态变化以及LMX1A基因甲基化与胃癌原发灶病理学的关系,探讨LMX1A基因启动子区甲基化在胃癌阶段性发生及进展中的作用及临床意义.方法 采用甲基化特异性PCR法(MSP)检测距胃癌癌灶边缘1、3、5 cm组织及胃癌原发灶组织中LMX1A基因甲基化状态.结果 LMX1A基因启动子区甲基化发生率在胃癌组织及距胃癌灶边缘1、3、5 cm组织中分别为46.0%(23/50)、22.0%(11/50)、8.0%(4/50)和4.0%(2/50),从距癌灶边缘5 cm胃组织至胃癌原发灶组织中的表达中随距癌灶边缘距离的减少呈上升趋势,原发灶中甲基化阳性率显著高于距原发灶边缘3 cm和5 cm组织(χ2=15.42,P<0.05;χ2=12.63,P<0.01).LMX1A基因启动子区甲基化发生率在正常胃组织、癌前病变组织及胃癌原发灶中分别为0%(0/25)、16.0%(4/25)和46.0%(23/50),三者之间的差异具有统计学意义(χ2=24.85,P<0.01).LMX1A基因甲基化发生率在胃癌患者透浆膜组57.6%(19/33)显著高于未透浆膜组14.8%(4/27)(χ2=16.50,P<0.05);在转移淋巴结数大于7枚以上组52.9%(9/17)显著高于小于7枚组37.5%(6/16)(χ2=12.74,P<0.05).LMX1A基因甲基化在性别、年龄、不同大体类型、生长方式及分化程度上胃癌患者间差异无统计学意义.结论 LMX1A基因启动子区异常甲基化可能与胃癌的临床进展有一定的相关性.
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LMX1A基因多态性与中国汉族人群先天性脊柱侧凸遗传易感性的关联
背景:先天性脊柱侧凸是由于胚胎期脊柱椎体发育异常引起的脊柱侧凸,其遗传病因学假说开始引起许多学者的重视.目的:通过候选基因LMX1A上关键单核苷酸多态性位点的筛查,探索LMX1A与中国汉族人群先天性脊柱侧凸及其不同临床表型之间的关联.方法:入选127例中国汉族先天性脊柱侧凸患者,另选取外伤、感染、炎症性疾病等患者127例为对照组.根据国际人类基因组单体型图计划提供的基因型数据,应用Haploview 4.1软件选取LMX1A的标签和功能单核苷酸多态性位点.根据椎体畸形特点、畸形部位、畸形受累程度、有无合并肋骨畸形和椎管内畸形将病例组进一步分为不同临床表型.所有样本应用SNPstream UHT Genotyping系统对所选单核苷酸多态性位点进行基因型鉴定;进一步进行基于基因型/等位基因频率的关联分析,并用Haploview 4.1软件分析对照组单核苷酸多态性位点间是否存在连锁不平衡.结果与结论:共筛选6个位点:SNP1(rs1819768)、SNP2(rs12023709)、SNP3(rs16841013)、SNP4(rs4656435)和SNP5(rs4657412)和SNP6(rs4657411),其基因型分布在病例组和对照组中均符合Hardy-Weinberg平衡;在基于基因型的关联分析中发现阳性位点SNP1和SNP2,单位点分析显示两位点基因型在病例组和对照组中的分布频率差异有显著性意义(P=0.026和P=0.026),在进一步非条件Logistic回归分析中发现这两个位点的基因型分布符合Ressessive(OR=0.38;95%CI=0.15~0.94,P=0.029,AIC=354.9)遗传模型;SNP1、SNP2、SNP3和SNP6处于连锁不平衡状态,SNP4和SNP5也处于完全连锁不平衡状态,但单倍体型与先天性脊柱侧凸的发生风险之间不存在相关性;在进一步与先天性脊柱侧凸临床表型的关联分析中发现SNP1基因型AC型、SNP2基因型AG型、SNP3基因型CT型与有椎体形成障碍先天性脊柱侧凸的易感性升高有关.结果提示在中国汉族人群中LMX1A基因可能和先天性脊柱侧凸的发生、发展相关,是一个重要的易感基因.
