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刺苋花粉泛过敏原Profilin的抗原性评估与三级结构分析
目的 克隆刺苋花粉中Profilin蛋白基因,分析同源序列中不同性质氨基酸对抗原性及j级结构的贡献.方法 基于生物信息学分析已知泛过敏原Profilin的氨基酸序列并获得核心代表序列,以之为基础设计合成引物,采用Touchdown PCR技术从刺苋花粉的cDNA池中进行基因克隆,并经菌落PCR和双酶切验证;采用生物信息学软件MULTIPRED及SWISS-MODEL在线软件对所得基因编码蛋白进行抗原性评估及三级结构模拟.结果 从刺苋中获得两个序列不同的泛过敏原基因,分别命名为PRF7和PRF23.蛋白质三级结构显示:PRF7与已知的泛过敏原Profilin存在少数氨基酸的筹异,其空间结构与抗原性没有明显变化;而PRF23与北方豚草花粉泛过敏原Q64LH0之间相似程度较低,而空间结构也呈现明显的筹异;尽管Q64LH0与PRF23的伞序列抗原性均值差异无统计学意义,受一些区段上不同性质的氨基酸改变的影响,PRF23在这些区段上的抗原性显著低于Q64L-HO的抗原性.结论 基于Q64LHO和PRF23同源氨基酸序列的抗原性评估及三级结构分析,获得了不同性质氨基酸对抗原性及三级结构的贡献等信息,映射了南方花粉过敏症发牛率较低的原因所在,也为过敏原遗传改良过程中进行氨基酸置换指明了方向.
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无偿献血者HCV核心区氨基酸置换情况分析
目的 研究感染HCV的无症状献血者基因型和1b基因型的核心区氨基酸置换情况.方法 用巢式PCR方法扩增91个HCV RNA阳性献血者标本,根据直接测序得到的序列用Mega6.0软件进行序列比对和进化树构建,分析基因型和氨基酸置换情况.结果 在78个测序结果清晰的样品中,66个为基因型1b(84.6％),其他基因型为1a(1,1.3％)、2a(7,8.9％)、3b(2,2.6％)和6a(2,2.6％).62个1b样品的核心区蛋白(aa68-120)发生17处氨基酸置换.第70位R70Q、R70P和R70H各1例;第91位L91M置换非常普遍,为87.9％.结论 本研究中献血者感染的HCV基因型主要为1型,尤其是1b为优势基因型.首次发现中国献血者感染的HCV核心区蛋白的氨基酸置换具有独特性.
