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重亚硫酸氢盐测序法文献资料
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重亚硫酸氢盐测序法检测Wnt信号通路抑制基因在急性早幼粒细胞白血病细胞中甲基化变化
目的:应用重亚硫酸氢盐测序法(bisulfite sequencing PCR,BSP)检测急性早幼粒细胞白血病细胞株(NB4) Wnt信号通路抑制基因启动子区CPG岛的甲基化状态,筛选NB4细胞中高甲基化的Wnt信号通路抑制基因,并探讨BSP法作为定量研究基因甲基化方法的优缺点.方法:以NB4细胞为研究对象,20例健康人单个核细胞为对照;常规提取DNA并用亚硫酸氢盐处理,然后用PCR扩增目标序列,应用重亚硫酸氢盐测序法(BSP)分析在NB4细胞中Wnt信号通路抑制基因基因的甲基化状态.并通过与甲基化特异性PCR (methylation specific PCR,MSP)、焦磷酸测序技术(pyrosequencing)比较、评价BSP法检测NB4细胞Wnt信号通路抑制基因甲基化状态的优缺点.结果:BSP产物克隆测序检测NB4细胞Wnt信号通路抑制基因甲基化发生率分别为:WIF-1基因95.26％,DKK3基因86％,SFRP1基因81.67％,SFRP2基因95.71％,SFRP4基因85％,SFRP5基因95％;20例健康人单个核细胞为对照组中Wnt信号通路抑制基因甲基化发生率分别为:WIF-1基因1.5％,DKK3基因4.2％,SFRP1基因0％,SFRP2基因0.9％,SFRP4基因2.5％,SFRP5基因1.75％.与正常人MNC相比,NB4细胞的Wnt信号通路相关抑制基因启动子甲基化率明显增高.结论:急性早幼粒细胞株NB4细胞中存在Wnt信号通路多个抑制基因高甲基化状态.此类基因异常甲基化有可能成为急性早幼粒细胞白血病的早期诊断指标和治疗靶点.
