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狂犬病病毒感染小鼠脑组织中lncRNA表达谱分析
目的 通过RNA测序的方法研究狂犬病病毒(RABV)小鼠脑组织中lncRNA的表达谱和功能. 方法 用 RABV CVS11株感染小鼠脑组织并提取总RNA,构建文库,上机测序分析获得CVS11毒株感染小鼠脑组织mRNA和 lncRNA表达谱,并进行实时荧光定量PCR验证,通过GO和KEGG分析差异表达lncRNA和mRNA的功能. 结果与未感染组相比,CVS11感染组有88个lncRNA差异表达,2648个mRNA差异表达(FC≥2,P<0.05).采用实时定量 PCR验证差异表达,结果与RNA-seq结果相一致.GO分析差异表达的lncRNA共定位基因高度富集在如氮化合物的解毒,氮化合物的细胞解毒和硝基苯的代谢过程等生物过程中;KEGG分析差异表达的lncRNA靶点参与Toll样受体, NF-κB,MAPK,趋化因子,单纯疱疹和流感A感染等重要信号通路. 结论 lncRNA在RABV感染期间参与调节免疫反应,因此可作为狂犬病预防和治疗的潜在靶点.通过高通量RNA测序研究感染小鼠脑组织中lncRNA和mRNA概况.
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药用植物藤石松生药和饮片中的微小RNA差异表达研究
目的 拟利用藤石松Lycopodiastrum casuarinoides生药与饮片中微小RNA (miRNA)表达谱,鉴定其中热稳定存在的miRNA,为今后藤石松miRNA生物药效研究奠定基础.方法 选取藤石松的2种加工形态生药与饮片全株样品(包含茎、叶、分枝),采用Illumina HiSeqTM 2500高通量测序方法,根据miRNA家族在不同物种中的保守性,将miRBase数据库中的已知植物miRNA与通过高通量测序获得的藤石松miRNA序列进行比对,利用生物信息学方法,注释藤石松中的所有miRNA序列,并鉴定生药与饮片之间的差异表达miRNA分子,同时完成它们相应的人类靶基因预测,此外,对这些miRNA及靶基因进行GO和KEGG功能注释分析.结果 生药组与饮片组分别获得9 898 332、10 099 918条序列,其长度基本呈正态分布,而且均在21、24 nt的位置上形成2个峰值.两组显著差异表达的miRNA共计25个,其中22个表达上调,3个表达下调.GO分析结果表明miRNA靶基因涉及富集与结合、催化、分子转导等分子功能以及细胞调控、代谢过程等生物过程.KEGG通路富集分析表明靶基因多集中于癌症与免疫相关通路,如pathways in cancer、proteoglycans in cancer等信号通路.结论 首次揭示了藤石松生药与饮片的miRNA表达谱,存在潜在的可利用的植物来源的稳定miRNA分子,为进一步研究藤石松中与癌症或免疫相关的miRNAs分子药理功能奠定基础.
