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CODEHOP RT-PCR技术在黄病毒属病毒筛查中应用
为了探讨CODEHOP RT-PCR技术在黄病毒属病毒筛查中的应用效果,根据GenBank发表的不同黄病毒多聚蛋白氨基酸序列,利用CODEHOP方法设计合成一对简并引物,用一步RT-PCR对乙型脑炎病毒株JEV1201、登革热病毒株JKD001和黄热疫苗YV6161进行检测,扩增产物测序后进行BLAST同源性比对和系统分生分析.结果显示该方法可以特异的对黄病毒进行扩增,目的片段的大小和序列与预期结果相符,JEV1201与乙脑病毒株YL2009-4/YC2009-3同源性为接近,位于乙脑病毒株进化树分支.JKD001与登革热病毒株DENV-2/ID/1022DN/1975同源性为接近,位于登革热病毒株进化树分支.YV6161与黄热病病毒株17D同源性为接近,位于黄热病病毒株进化树分支.由此可知CODEHOP RT-PCR技术可以被有效的用于对黄病毒属病毒的筛查、种类鉴定和分子溯源.
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黄病毒属病毒CODEHOP RT-PCR检测方法的建立
目的 建立一种能快速检测黄病毒属病毒的CODEHOP RT-PCR方法. 方法 根据GenBank发表的不同黄病毒多聚蛋白氨基酸序列,利用CODEHOP方法设计合成一对引物,建立能快速检测黄病毒属所有病毒的CODE-HOP RT-PCR方法,并用3种不同病毒株对该方法进行特异性和灵敏度评价. 结果 建立的CODEHOP RT-PCR能对黄病毒RNA进行特异性扩增,目的片段的大小(400～500 bp)和序列与预期结果相符.该方法对黄病毒核酸的小检出量为8 pg. 结论 建立的CODEHOP RT-PCR方法特异强、灵敏高,可用于黄病毒的检测.
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CODEHOP法设计引物克隆色盐杆菌ST307胆碱脱氢酶基因及其序列分析
目的 研究色盐杆菌ST307甜菜碱的合成,克隆分析其胆碱脱氢酶betA基因片段.方法 采用醇提法提取色盐杆菌ST307中的甜菜碱并检测,用CODEHOP在线程序设计简并引物扩增胆碱脱氢酶betA基因序列,并进行序列分析.结果 色盐杆菌ST307细胞中积累甜菜碱,通过PCR获得长度为485bp的betA基因片段.BLAST序列分析显示该基因序列与多个菌株的betA基因序列具有较高的同源性,高达83％.核苷酸序列比对及进化树构建结果显示,色盐杆菌ST307胆碱脱氢酶基因序列与Pseudomonas fulva 12-X进化关系为接近.结论 CODEHOP法设计的简并引物可信性较强,同时betA基因片段的成功克隆将为获得ST307胆碱脱氢酶基因的全序列、研究耐盐机制和遗传改良提供科学依据.
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利用简并PCR克隆烟草节杆菌02181肌酸酶基因
目的 用简并PCR从烟草节杆菌02181中扩境出肌酸酶部分序列,以期获得其全长编码基因.方法 从NCBI查询已发表的肌酸酶蛋白序列,将其递交到Bolck Maker服务器,利用工具软件CODEHOP设计简并引物,以烟草节杆菌02181基因组DNA为模板做PCR.结果 将所得目的片段(414 bp)在NCBI上BLASTx,结果表明,所得序列与不同菌种来源的肌酸酶高度同源,其中与节杆菌属肌酸酶基因的同源性高,一致性达到了71%.结论 从烟草节杆菌02181中成功克隆出了肌酸酶基因的部分序列.
关键词： 肌酸酶 简并PCR Block Maker CODEHOP
