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高通量测序研究种植体周围炎龈下微生物多样性
目的 利用高通量测序,研究口腔种植体周围炎龈下微生物的多样性,为种植体周围炎微生物学病因的研究提供思路.方法 刮取种植体周围炎患者(D组)及正常种植修复患者(N组)龈下菌斑,利用Illumina Miseq测序平台,对16S rRNA V4区进行双端测序;通过Mothur等软件进行群落结构的多样性分析.结果 9个样本总测156 507条序列,共4 402个操作分类单位(OTU);在D组中的优势菌属为:新月形单胞菌属(Selenomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)及梭杆菌属(Fusobacterium)等,在N组中的优势菌属为:梭杆菌属、韦荣球菌属(Veillonella)及链球菌属(Streptococcus)等;PcoA检测显示两组微生物群落结构差异明显.LEfSe检测发现,在门、纲、目、科及属的水平上,两组均具有差异.结论 种植体周围炎的发生发展不仅是牙周炎相关致病微生物的作用,而且与口腔微生物群落结构中菌属的变化有关;密螺旋体属(Treponema)、草螺菌属(Herbas pirillum)、Butyricimona及Phaeobacter等菌属在种植体周围炎及健康患者中存在差异,提示它们可能与种植体周围炎的发生发展密切相关.
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地下水中的微生物及其净化作用
地下水是水资源的重要组成部分,我国幅员辽阔,不同地区的地下水有其各自的特点,随着人类工业化进程的不断加速,地下水污染问题日益严重.通过对地下水中的微生物及其作用分析,探讨微生物在地下水净化中的作用及应用前景.
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猪圈发酵床中细菌的分离鉴定及其特征研究
目的:研究猪圈发酵床分离细菌的系统发育树及生理生化特征.方法:采用R2A培养基对猪发酵床上层垫料进行分离菌株培养,将培养得到的单个菌落培养于固体培养基中,获得纯培养菌株;肉眼观察培养基中细菌的生长情况,电镜下观察细菌的形态、大小和排列特点,采用16S rRNA基因序列扩增、测序,邻接法构建16S rRNA序列的系统发育树,将分离到的猪圈发酵床中的细菌与文献中获知的初期发酵床优势细菌的标准菌株进行生理生化特征的比对.结果:在R2A培养基中分离得到3株细菌SZDIS-1-1、GZDIS-1和SZDIS-2,鉴定为微杆菌属细菌;与文献中获知的4种标准菌株一样,培养得到的3种细菌镜下均为杆状,过氧化氢酶、吲哚试验均为阴性,能够利用麦芽糖作为生长碳源;药敏试验显示,分离得到的3株细菌对阿米卡星、头孢呋辛、利福平、妥布霉素、青霉素和环丙沙星等抗生素比较敏感,其中头孢呋辛抑菌效果佳.结论:在猪圈发酵床首次分离得到3株菌株,并构建系统发育树.
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青海土族、回族与藏族牙周病的可疑致病微生物差异分析
目的:通过高通量测序的方法明确青海土族、回族和藏族人群牙周病可疑致病菌的多样性和差异.方法:纳入青海慢性牙周炎患者28例唾液样本,其中互助县土族8例、平安县回族10例和玉树藏族10例.健康对照组12例,利用Illumina平台进行细菌16S rRNA基因(V3-V4区)高通量测序,后利用Mothur软件分析牙周病可疑致病菌的群落结构和多样性.结果:基于97％的相似性类聚获得牙周病组土、回、藏族患者和对照组物种注释(operational taxonomic unit,OTU)数目分别为181、210、38和14,土族类群11门19纲87属,回族13门21纲113属,藏族2门4纲21属;对照组有4门5纲12属.土族和回族共有的已知致病菌为梭杆菌属、普氏菌属和卟啉单胞菌属;土族中仅有的为消化链球菌;回族中仅有密螺旋体;同时检出大量的可疑致病菌.结论:该研究的发现对青海地区口腔疾病的治疗和防控具有参考意义.
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青海汉族牙周病患者口腔微生物的群落结构分析
目的:明确青海汉族牙周病患者口腔微生物的多样性和种群分析.方法:纳入慢性牙周炎患者10例、正常人群5例,唾液样本共15例,用Illumina MiSeq测序平台进行细菌16S rRNA基因(V3-V4区)高通量测序,用Mothur软件分析微生物的群落结构和多样性.结果:基于97％的相似性类聚获得牙周病组和正常组的物种注释OTU数目分别为为60和14.牙周病组的优势菌属依次是Enterobacteriaceae unclassified、Pseudomonas、Acinetobacter、Bacillus、Aeromonadaceae unclassified、Neisseria、Haemophi-lus、Fusobacterium、Staphylococcus、Lactococcus.结论:青海汉族牙周病组的唾液微生物多样性与丰度明显高于正常组,可能与相关疾病的发生存在相关性.
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青海汉族和藏族高龋患者口腔微生物多样性差异研究
目的:采用高通量测序研究青海汉、藏族高龋患者口腔疾病微生物的多样性和群落差异.方法:选择我院口腔内科门诊汉、藏高龋患者各10例唾液样本,利用Illumina MiSeq平台进行细菌16S rRNA基因(V3-V4)区高通量测序,并利用Mothur软件分析微生物的群落结构和多样性.结果:基于97%的相似性类聚获得汉、藏高龋患者口腔微生物物种注释(Operational taxonomic unit,OTU)数目分别为51和30.汉族组分类学地位明确的有4门7纲28属,藏族组有2门4纲22属.汉族高龋组有12种优势种群,依次是:假单胞菌属(32.52%)、肠杆菌目未分类菌属(29.91%)、明串珠菌属(10.56%)、肠膜菌属(4.71%)、乳球菌属(3.71%)和链球菌属(3.04%)等.藏族组的优势菌主要有4个,依次是TM7-3未知菌属(55.86%)、未知菌属SR1(20.36%)、黄色单胞菌目未分类菌属(17.38%)和假绿黄单胞菌(2.46%).结论:青海汉族龋患者群的唾液微生物多样性与丰度明显高于藏族组,且优势微生物种群亦存在明显差异.
