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丹参SmNAC1基因的克隆和生物信息学分析
为了研究丹参中特有的NAC转录子在丹参生长发育、激素调节和抗逆胁迫应答调节中的功能,对丹参NAC转录因子进行了克隆和分析.根据丹参毛状根cDNA文库中筛选到的NAC EST序列,克隆了丹参SmNAC1的cDNA全长序列.生物信息学分析显示基因的开放阅读框591 bp,编码166个氨基酸,相对分子质量21.66 kDa,等电点4.36 Genbank kF006346.SmNAC1蛋白的N-端具有保守的NAC_AB结构域,C-端高度变异.根据软件预测SmNAC1可能定位在细胞核.qRT-PCR分析YE+Ag+处理后SmNAC1在丹参毛状根中的表达变化,处理后2h表达量上调至对照的1.5倍,4～12 h保持2倍的表达量,36 h时下降至对照水平以下,推测SmNAC1可能参与了丹参毛状根对YE+Ag+的胁迫应答调节.
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基于RNA-seq数据的生姜NAC转录因子家族鉴定及分析
NAC家族是植物特有的转录因子,广泛参与植物生长发育、信号传导和逆境应答等过程.该研究基于生姜RNA-seq数据,利用生物信息学方法对生姜NAC家族成员、亚族分类、理化性质、蛋白质结构和表达模式进行预测和分析,结果显示:在271.1Mb生姜转录组数据中筛选得到72个生姜NAC转录因子,通过进化树分析将其分为13个亚族;不同亚族NAC蛋白质的理化性质,如氨基酸数目、等电点等存在差异,二级结构主要以无规则卷曲为主要构成元件,三级结构相似性较高;23个NAC转录因子在不同土壤湿度及青枯菌Ralstonia solanacearum侵染处理下呈现显著的表达差异,其主要分布在与植物衰老、激素代谢和细胞壁代谢相关的第Ⅻ,ⅩⅤ,Ⅷ亚族.该研究结果为生姜NAC基因家族的研究和利用提供了理论依据.
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穿心莲转录因子ApNAC1的克隆、亚细胞定位及原核表达
从穿心莲叶片中克隆了1个NAC家族的转录因子,命名为ApNAC1,GenBank注册号为KY196416.生物信息学分析表明该基因的完整编码区包含972bp,编码1个323个氨基酸的多肽,预测蛋白相对分子质量为35.9kDa,等电点为6.14.原生质体瞬时表达研究证实了ApNAC1-GFP融合蛋白特异定位在穿心莲叶肉细胞的细胞核中,是一个核定位蛋白.实时定量PCR结果表明ApNAC1基因表达与穿心莲内酯的积累模式一致:主要在穿心莲的叶片里表达,而且茉莉酸甲酯处理能急剧上调其表达水平.ApNAC1基因在大肠杆菌中进行异源表达,并且被成功纯化.该研究为进一步探索ApNAC1蛋白参与穿心莲内酯生物合成的研究奠定了基础.
