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O1和O139群霍乱弧菌超级整合子VchintIA基因的变异
目的 研究不同血清群(型)霍乱弧菌超级整合子整合酶基因(VchintIA)的变异及其与霍乱弧菌分类的关系.方法 使用聚合酶链反应(PCR)和序列测定的方法对VchintIA基因进行扩增和序列分析.结果 在实验菌株中,O1 E1 Tor和O139群霍乱弧菌产毒株以及毒素共调菌毛(toxin co-regulated pilus,tcp)基因簇阳性的O1群非产毒株的VchintIA序列完全一致,tcp基因簇阴性的O1群非产毒株的VchintIA序列在核苷酸水平上与产毒株不同,但是在氨基酸水平上相同.O139非产毒株的VchintIA序列在核苷酸和氨基酸水平上均与产毒株的VchintIA不同.结论 O1和O139霍乱弧菌超级整合子VchintIA存在核苷酸和氨基酸水平上的变异,O139非产毒株中VchintIA的变异与其整合子内部的结构可能相关.
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副溶血弧菌RIMD2210633与霍乱弧菌N16961中超级整合子结构差异分析
目的 确定副溶血弧菌(Vibrio parahaemolyticus) RIMD2210633与霍乱弧菌(Vibrio cholerae)N16961菌株中超级整合子结构特点差异.方法 (1)使用Perl脚本搜寻RIMD2210633和N16961中superintegron (SI)中核心序列(core segment,CS)和反向核心序列(inverted core segment,ICS)；(2)配对核心序列和反向核心序列,获得副溶血弧菌重复序列(V.parahaemolyticus repeat,VPR)及霍乱弧菌重复序列(V.cholerae repeat,VCR)基因组位置信息； (3)使用Perl语言脚本获得副溶血弧菌RIMD2210633以及霍乱弧菌N16961的SI中重复序列,并获得基因盒的构成和分布信息；(4)使用全局比对软件Clustal W将上一步获得的所有VPR和VCR序列进行多序列比对,使用Perl语言脚本处理比对结果以获得一致性序列；(5)使用MEGA 4.0查看多序列比对结果,并使用Perl脚本计算各位置的变异频率,据此结果来分析副溶血RIMD2210633和霍乱弧菌N16961中的弧菌重复序列以及基因盒分布的特点.结果 在RIMD2210633的超级整合子鉴定了69个VPR,其核苷酸长度在91～125 bp之间.在包含128个核苷酸的一致性序列中,15个为保守核苷酸位点,113个为可变核苷酸位点.在副溶血弧菌的SI中,共确定了64个基因盒,基因盒的长度范围是420～1 709 bp,中位数是648 bp.在霍乱弧菌N16961的超级整合子中鉴定了1 58个VCR,长度在117～124 bp之间.在包含126个核苷酸的一致性序列中,37个为保守核苷酸位点,89个为可变核苷酸位点.N16961的SI中共存在1 46个基因盒,基因盒的长度范围是390～5924 bp,中位数是1 518 bp.结论 与霍乱弧菌的VCR相比,副溶血弧菌的VPR可变区序列变异更大,与弧菌重复序列之间序列一致性高的特点不相吻合.
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新型细菌耐药元件——整合子系统
已有证据表明整合子系统是微生物中主要的耐药机制,由其介导的细菌耐药是细菌发生水平基因转移和产生耐药机制的主要的途径.目前知道的整合子可分为两类:传统的整合子和超级整合子；前者的基因盒可编码一种或多种耐抗生素和消毒剂,存在于转座子、质粒和细菌染色体；而后者的基因盒编码了很多不同的功能,它们只在细菌的染色体上存在,有的可以同时携带一百多个基因盒；目前只在特定菌株中发现超级整合子.研究表明,整合子上的基因盒可能初都来之于超级整合子.本文就整合子的结构、分布、起源及它对基因进化产生的影响等几个方面的研究进展进行讨论.
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细菌演化的天然工具——超级整合子
已有证据表明整合子是细菌发生水平基因转移和产生耐药机制的主要因素.目前知道的整合子可分为两类:多重抗性整合子和超级整合子.多重抗性整合子基因盒可编码一种或多种耐抗生素和消毒剂基因,存在于转座子、质粒和细菌染色体;超级整合子有的可以同时携带数百个基因盒,可以编码很多不同的功能基因,它们只在细菌的染色体上存在,目前只在特定菌株中发现超级整合子.研究表明,整合子上的基因盒可能初都来之于超级整合子.本文就超级整合子的结构、分布、起源及它对基因进化产生的影响等几个方面的研究进展进行讨论.
