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单增李斯特菌EGD-e文献资料
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单增李斯特菌EGD-e基因组的密码子使用分析
目的 以单增李斯特菌EGD-e为研究对象,分析其密码子使用模式及影响因素.方法 利用Codon W在线工具分析单增李斯特菌EGD-e基因组的密码子使用情况;利用对应分析、ENC绘图(Nc-plot)等推测影响单增李斯特菌EGD-e密码子偏性的因素;利用高表达优越密码子分析法确定单增李斯特菌EGD-e基因组的主要偏爱密码子.结果 单增李斯特菌EGD-e基因组中G+C含量仅为37%,偏爱使用以U或A结尾的密码子;对应分析显示第1条向量轴与G+C(R=-0.182,P<0.01)、CAI(R=-0.740,P<0.01)呈显著相关,且与后者的相关程度明显高于前者.结论 单增李斯特菌EGD-e基因组的密码子使用具有一定的偏性;推测基因的表达水平是影响单增李斯特菌EGD-e基因组密码子使用的主要因素.同时,基因组密码子使用偏性还受到碱基组成的影响,而基因长度对密码子的使用偏性影响不大.后确定了UUC、UUA等27个密码子为单增李斯特菌EGD-e的优密码子.这些结果将为进一步研究单增李斯特菌的基因组学提供基础.
关键词： 单增李斯特菌EGD-e 同义密码子 对应分析
