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ATP/GTP结合蛋白1基因在胃癌及食管癌组织中高表达
目的:应用荧光mRNA差异显示技术(DD-PCR),筛选胃癌及食管癌相关基因的异常表达.方法:收集-临床胃癌组织样本,通过荧光差异显示技术(DD-PCR)获得胃癌样品中差异的片段,对这些片段进行克隆和测序.通过在GenBank中同源性检索,查找与差异片段相对应的同源基因.利用半定量PCR及定量PCR方法检验该基因在胃癌及食管癌组织中与其对应正常组织之间表达的差异.结果:通过DD-PCR获得的一个差异表达片段的序列对应于ATP/GTP结合蛋白1基因(A/GTPBPl).半定量PCR及荧光定量PCR技术检测结果表明,A/GTPBPl基因在胃癌及食管癌组织中的表达量高于其对应的正常组织(胃癌,P＜0.01;食管癌,P＜0.01).该基因包含25个外显子,读码框长3561 bp,编码1186个氨基酸,蛋白质相似性分析表明该蛋白为G蛋白家族成员.结论:A/GTPBPl在胃癌组织中异常表达,可能在胃癌发生过程中起调节作用.
关键词： 荧光差异显示 胃癌 食管癌 ATP/GTP结合蛋白1 定量PCR -
高转移肺癌细胞株95 D中特异表达的C3orf1基因分析
目的 进一步了解肺癌转移的分子机制,筛选高转移肺癌中差异表达的基因.方法 利用荧光差异显示技术(DD-PCR)获得差异片段,对这些片段进行克隆和序列分析.通过在GenBank中同源性检索,查找差异片段相对应的同源基因.利用定量PCR检测验证该基因表达的差异性,并对该基因的结构进行预测.结果 通过DD-PCR得到9个差异片段,其中一个片段对应于C3orf1基因.定量PCR验证的结果表明,C3orf1基因在高转移肺癌中的表达量显著高于其他被测试的5种肿瘤细胞.该基因的读码框长858 bp,编码285个氨基酸,分子量约32 200.蛋白质结构预测分析发现,该基因含有7个类似表皮生长信号区,N端有一含有24个氨基酸的信号肽,并且还可能有3个2S-2Fe铁氧化还原蛋白铁硫结合信号区,2个维持自身静态平衡的VWFC信号区和2个硫解酶活性区.结论 C3orf1基因在高转移肺癌中异常表达,可能是分泌型的生长因子类蛋白,刺激细胞的生长.
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食管癌中高表达的钙结合蛋白1基因的序列分析及意义
目的:筛选食管癌中差异表达的基因,为进一步了解食管癌发生的分子机制奠定基础.方法: 利用荧光差异显示技术(DD-PCR)获得差异片段,对这些片段进行克隆和序列分析.通过在GenBank中同源性检索,查找差异片段相对应的同源基因.利用定量PCR检测验证该基因表达的差异性,并对该基因的结构进行预测和分析.结果:通过DD-PCR得到差异片段中的一个片段对应于人类钙结合蛋白1基因(Cabin1).荧光定量PCR技术检测结果表明钙结合蛋白1基因在食管癌组织中的表达量高于其对应的癌旁组织,在食管癌细胞株TE1中的表达量高于其他被测试的5种肿瘤细胞株.生物软件分析表明:该基因的读码框长6 663bp,编码2 220个氨基酸,至少有4种剪切方式.结论:Cabin1在食管癌组织及食管癌细胞中异常表达,可能在食管癌发生过程中起着重要的作用.
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信号传导与激活因子2基因在食管癌中的表达
目的:筛选食管癌中特异表达的基因,进一步了解食管癌发生的分子机制.方法:利用荧光差异显示技术(DD-PCR)获得差异表达的片段,对这些片段进行克隆和序列分析.通过在基因库中同源性检索,查找差异片段相对应的同源基因.利用实时荧光定量PCR技术在食管癌临床标本中进行验证.结果:通过DD-PCR获得的差异片段中有一个片段对应于信号传导与激活因子2(stat2)基因,该基因的读码框长2 556 bp,编码852个氨基酸,编码蛋白分子量约97.9 kD.应用实时荧光定量PCR方法进一步验证发现该基因在食管癌组织中的表达量高于其对应的癌旁组织(P<0.05,n=16).结论:stat2基因在食管癌组织中呈高表达,推测其可能在食管癌的发生发展中起一定的作用.
关键词： 荧光差异显示 定量PCR 食管癌 信号传导与激活因子2 基因表达 -
胃癌细胞系中端粒酶活性相关基因的表达
目的检测胃癌细胞系中端粒酶RNA干涉后是否改变其他基因的表达.方法根据RNA干涉原理,针对端粒酶基因序列设计了抑制端粒酶表达的核苷酸序列,克隆入真核表达载体中;并以脂质体转入到胃癌细胞系的MGC80-3和BGC-823细胞中,以空质粒为对照,48 h后收集细胞的总RNA,逆转录成cDNA后,通过荧光差异显示法检测基因表达的变化. 结果胃癌细胞BGC-823细胞和MGC80-3细胞中一些基因的表达量明显下降.结论荧光差异显示法能比较系统地检测与端粒酶活性相关的基因,为进一步研究这些基因与端粒酶之间的表达调控方式及其对细胞生长的影响打下了基础.
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Ⅰ型胶原蛋白基因在胃癌、食管癌中的表达
[目的]应用荧光差异显示技术筛选胃癌中特异表达的基因,并验证其在胃癌、食管癌中的表达,为进一步了解胃癌、食管癌发生、发展的分子机制提供帮助.[方法]应用荧光差异显示技术(DD-PCR)分析胃癌及其相对应的正常胃黏膜组织,获得差异表达的基因片段,这些片段经过二次PCR再扩增后进行克隆和测序.通过在GenBank中同源性检索,查找与差异片段相对应的同源基因.应用半定量PCR,荧光定量PCR等方法进一步验证该基因在胃癌及食管癌中的表达差异.[结果]通过DD-PCR得到的差异片段中的一个片段对应于人Ⅰ型胶原蛋白基因.该基因的读码框长4 395bp,编码1 464个氨基酸,编码蛋白分子量约139.01kD.该基因在胃癌及食管癌组织中的表达量高于其对应的癌旁组织,并且在食管癌组织中的表达差异较胃癌中更明显.[结论]人Ⅰ型胶原蛋白基因在胃癌及食管癌中均呈高表达,推测其可能在胃癌及食管癌的发生发展中起作用.
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应用FDDRT-PCR技术研究低剂量过氧化氢诱导细胞适应性反应的基因差异表达
目的 用荧光差异显示RT-PCR(FDDRT-PCR)技术寻找低剂量的过氧化氢(H2O2)诱导人胚肺成纤维细胞(MRC-5)适应性反应差异表达的基因,为进一步研究低剂量的环境化学污染物(ECPs)诱导机体的生物学效应及其机制提供科学依据.方法 依据H2O2对MRC-5毒性的剂量反应关系,选择低剂量和高剂量,并建立低剂量H2O2诱导MRC-5的适应性反应模型.用乳酸脱氢酶漏出率(LDH%)、Annexin V/PI检测细胞凋亡验证适应性反应模型.然后用FDDRT-PCR寻找不同方式刺激下差异表达的基因,鉴定和验证部分差异表达的基因.结果 MTT获得适应性反应的模型,乳酸脱氢酶漏出率和Annexin V/PI检测细胞凋亡的结果都验证了适应性反应的模型.对不同方式处理的细胞RNA进行FDDRT-PCR,找到60个差异条带.对其中的5个差异条带进行鉴定,发现其中4个已知基因(bcl-2、EIF3S5、NDUFS4、RPS10),1个新基因.荧光定量PCR技术证实5个基因在不同处理组中的表达与荧光差异显示PCR图谱上一致.结论 低剂量H2O2可以诱导MRC-5的适应性反应过程,其中bcl-2、EIF3S5、NDUFS4、RPS10在该过程中起着一定的作用.
