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动态规划在医疗设备购置与更新中的应用
本文应用动态规划方法研究医疗设备的经济寿命和更新决策,对现有设备与新设备的经济效益进行比较,得到设备每一年的更新决策评价,使医疗设备的更新情况一目了然.通过CT医疗设备更新中的应用实例证实了该方法的有效性.
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生物序列比对算法与图形硬件加速研究
探索准确、高效、低成本、通用性并存的生物序列比对方法.将点阵图算法、启发式算法等各种序列比对算法中准确性高的动态规划算法在计算机中实现,并通过流模型将其映射到图形硬件上,以实现算法加速；通过数据库比对搜索实例,进行比对时间和每秒百万次格点更新(MCUPS)性能值评测.结果表明,该加速算法在保证比对准确性的同时,能较大地提高比对速度.与目前快的启发式算法相比,比对平均加速为18倍,高加速可达28倍.
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肽序列从头测序算法
从头测序为蛋白质组研究提供了一种不用借助于任何蛋白质序列数据库信息,直接解读串联质谱数据的方法.其基本算法主要由4个部分组成:质谱图的构建,离子类型的确定,测序算法以及打分算法.质谱图的构建和离子类型的确定是从头测序算法的基础.测序算法是从头测序算法的
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整合素黏附体信号转导通路预测研究
目的 运用生物信息学方法预测整合素黏附体信号蛋白间的信号转导通路,为以实验方法研究整合素相关信号转导通路的机制提供参考.方法 把相互作用的整合素黏附体信号分子对搭建成相互作用网络;利用相互作用的置信概率构建边权;然后,采用动态规划算法计算出小权重的线性通路,再把这些线性通路组装成通路网络.结果 从147个整合素黏附体蛋白所组成的736对相互作用中预测出7个信号通路网络,并计算出各个通路网络中基因本体论注释蛋白的占有率.结论 对信号转导通路的研究能够在分子水平上探索疾病的发病机制.预测出可能的信号通路网络,不仅为基础医学研究疾病机制提供有用信息,也为探索包括力学、化学等外界信号刺激下的信号转导通路提供有益参考信息.
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生物基因与蛋白质序列比对算法的图形硬件加速研究
[目的]探索准确、高效、低成本、通用性并存的生物序列比对方法.[方法]将点阵图算法、启发式算法等各种序列比对算法中准确性高的动态规划算法予以在计算机中实现,并通过流模型将其映射到图形硬件上以实现算法加速,通过数据库比对搜索实例进行比对时间和每秒百万次格点更新(MCUPS)性能值评测.[结果]与目前快的启发式算法相比,该加速算法比对平均加速为18倍,高加速可达28倍.[结论]该加速算法在保证此对准确性的同时,能较大地提高比对速度.
