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椰毒假单胞菌酵米面亚种16SrDNA序列测定与分析
本文对3种不同来源样品的4株椰酵假单胞菌的16S rDNA的序列进行了测定,以确定其系统发育位置及与其它菌种的遗传进化关系.实验中设计了7条引物,利用聚合酶链式反应(Polymase Chain Reaction,PCR)扩增4株细菌的16S rDNA,通过扩增产物的克隆测序或直接测序,获得了它们的16S rDNA序列,将测得的序列与伯克霍尔德氏菌属中其它菌种的16S rDNA序列进行了聚类分析,得到了系统发育进化树状图.树状图及不同菌种之间的同源性比值:椰酵假单胞菌(P.cocovenenans subsp.farinofermentans)与唐菖蒲伯克霍尔德氏菌(Burkholderia gladioli)、椰毒伯克霍尔德氏菌(Burkholderia cocovenenans)的亲缘关系非常近,与其它菌种的亲缘关系相对较远,椰酵假单胞菌、唐菖蒲伯克霍尔德氏菌和椰毒伯克霍尔德氏菌可归属于一个独立的系统发育系.
关键词： 椰酵假单胞菌 16S rDNA序列 系统发育 -
药用昆虫美洲大蠊内生放线菌的分离和鉴定
目的 探讨药用昆虫美洲大蠊内生放线菌的多样性和生物学特性,挖掘新的微生物资源. 方法 采用平板稀释法对美洲大蠊内生菌进行分离和纯化;分离菌通过形态学观察和16S rDNA序列分析进行分类鉴定,运用MEGA5.1软件,采用大似然值法构建系统发育树,对其进行进化分析. 结果 从15只美洲大蠊肠道分离得到159株内生放线菌,分属于12个属9个科,其中链霉菌107株,戈登氏菌13株,诺卡氏菌2株,小单孢菌5株,栖白蚁菌4株,纤维单孢菌3株,分枝杆菌4株,微杆菌11株,短状杆菌4株,无色杆菌4株,土壤泛球菌1株,壤霉菌1株. 结论 美洲大蠊的内生放线菌丰富多样,其中蕴藏着的新类型放线菌,可能成为活性天然产物和先导药物的重要来源.
关键词： 美洲大蠊 内生放线菌 16S rDNA序列 系统发育树 -
16S rDNA序列在诺卡菌菌种鉴定中的价值研究
目的 评价16S rDNA序列在诺卡菌菌种鉴定中的应用价值.方法 对13种49株诺卡菌(43株标准株和6株临床株)16S rDNA序列片段进行PCR扩增,将扩增片段进行纯化后测序,从GenBank上下载32株诺卡菌(包括星形诺卡菌,少食诺卡菌,短链诺卡菌等)及3株棒状杆菌(Cor ynebacterium,C.),3株弗兰克氏菌属(Frankia,F.),3株分支杆菌(Mycobacterium,M.),3株链霉菌(Streptomyces,S.)的16S rDNA序列.对所测得的诺卡菌序列及GenBank所报道的诺卡菌序列用DNASTAR程序分析处理,计算种内及种间相似性,用Mega6.06构建诺卡菌菌种系统进化树.结果 在81条受试诺卡菌16S rDNA序列中,16S rDNA能将诺卡菌大致可分为11群,除了不能将亚种分离外,诺卡菌其他种属均能得到很好的分离.诺卡菌16S rDNA种内及亚种内相似性为99.1％～100％;种间相似性在95.7％～98.8％之间.结论 16S rDNA序列分析是一种快速,简单,特异性较好的诺卡菌菌种鉴定方法,能将诺卡菌鉴定至种的水平.
关键词： 诺卡菌 16S rDNA序列 鉴定
