身处一个朴实(穷逼)低调(无课题)的实验室，老板总教育我们要花少的钱，发多的paper。近他给了我一个miRNA，并告诉我这是一颗SCI 的种子，让我小心浇灌，争取早日成材。木得办法，富人找公司，穷人上百度，我开始了以下愉快的(艰难的)探索真理奥秘(努力少花钱发paper)之旅。

　　首先，我预测了这个miRNA的靶基因，打开miRWalk 3.0:

　　http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/

　　在红色箭头指示处填写miRNA名称，本次选取hsa-miR-21-5p，点击search，出现如下界面：

　　此为miR-21-5p的潜在靶基因，其中score越高，说明可能性越大。点击export，将结果导出为excel表格：

　　在此表格中，bindingp即为score，position为miRNA结合区域，validated代表已有研究证实，TargetScan及miRDB是另外两个预测网站，可以作为miRWalk3.0结果的参考。

　　接下来需要对数据进行筛选，position选择3UTR，bindinggp按照降序排列，留以备用。

　　下游靶基因已经预测完成，接下来，我想了解miR-21-5p结合的这些基因到底具有哪些功能，以及可能涉及到的信号通路有哪些。这个时候就需要用到DAVID网站：

　　https://david.ncifcrf.gov/

　　点击左侧栏中的functional annotation，如下：

　　左侧栏中有step1-4，将我们上一部分预测的bindingp=1，position为3UTR的所有基因复制到step1中的文本框中;step2中选择OFFICIAL_GENE_SYMBOL;step3中选中Gene List;后点击submit list。此时，会出现一个对话框，点击“确定”：

　　紧接着出现以下界面：

　　此时，选择所需物种，点击select species。在右侧我们可以看到有Gene Ontology及Pathways，前者主要从生物学过程BP、细胞成分CC、分子功能MF三个方面了解这些基因的富集情况：

　　当点开BP(红色)后方对应的chart后，如下：

　　结果表明，这些基因富集37个生物学过程，比如hippo信号的负性调控、轴突导向等，RT代表此生物学过程对应的相关基因，点开后即可看到具体基因数目及名称。同理，CC与MF也是如此，此为GO分析。

　　Gene Onology下方有Pathways，打开其中的KEGG pathways分析后，如下：

　　上图中可以看出，这些基因更多富集在此三个通路中，点击通路名称，还可得到以下通路图：

　　红色星标表示存在所复制的基因集中，这不仅可以直观地理解该通路，还可分析这些基因的相互作用。

　　由以上步骤即可得到miRNA→靶基因→信号通路关系链。若想选择单一的基因进行分析，同样可按照上述步骤。当然，这些分析仍需要实验验证，建议前期预实验选择至少两种不同的关系链，然后根据后期实验结果进行取舍。