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基于公共数据库和PubMed快速获取Joubert综合征相关的基因
目的 基于公共数据库和PubMed文献知识库快速获取Joubert综合征相关的致病基因. 方法 使用RVarfromPDB软件包,分别从HPO、Orphanet、ClinVar、UniProt等公共数据库提取Joubert综合征相关的基因和变异信息;从PubMed文献库中,检索Joubert综合征相关的文献,基于文本挖掘的方法提取基因和变异信息,建立不同信息之间的关联;并对不同来源的基因信息进行标准化和整合.后对该方法获得的Joubert相关基因与DisGeNET数据库中的基因进行比较评价. 结果 利用本研究建立的方法,从各个数据库和PubMed中共抽取了35个Joubert综合征相关的基因.与DisGeNET数据库的比较后,获得33个与Joubert综合征相关的基因.该列表包含的基因比从DisGeNET数据库中获取的Joubert综合征相关基因更加完整.整个过程可在内存4G以上电脑单个CPU下10 min左右自动化完成. 结论 本研究提供了一种全自动化的方法,基于公共数据库和PubMed文献知识库来获取Joubert综合征相关的基因.该方法对精准医学时代下Joubert综合征相关的研究和遗传检测产品的开发应用具有较大的参考价值.同时,该方法可以为获取其它单基因病相关的致病基因提供借鉴.
关键词： Joubert综合征 基因 公共数据库 文本挖掘 自动化方法 -
基于文本挖掘方法的突发事件与医学救援装备关联研究
目的 探索不同突发事件与各医学救援装备之间的关联程度,为构建不同类别突发事件中模块化装备体系提供依据.方法 基于文本挖掘中共现分析的研究思想,利用CNKI数据库,统计不同突发事件与装备的共现频数,构建"事件-装备"的热力图谱;经社会网络分析,构建"事件—事件""装备与装备"和"事件-装备"三类共线网络,并通过R软件进行可视化分析;后根据以上构建的"事件—装备"关系网,推算各项装备与突发事件的相关度.结果 总体来说,防疫装备、搜救装备、急救装备、个体防护装备以及伤员后送装备是突发事件中相关程度较高的装备类型,其中防疫装备的相关程度高.从不同事件上看,动物疫情、传染病事件与防疫装备相关程度高;矿难中、恐怖事件、地震与急救装备、个体防护装备、搜救装备相关程度高.结论 本研究基于文本挖掘关联研究,有助于发现突发事件与医学救援装备间的关系网络,对进一步构建模块化救援装备体系提供很好的数据支撑,具有良好的实际应用价值.
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中国人群先天性白内障突变谱的建立
目的:基于PubMed和CNKI文献知识库建立中国人群先天性白内障突变谱.方法:从PubMed和CNKI文献库中检索先天性白内障基因突变相关文献,基于中英文文本挖掘的方法提取基因、变异、人群信息,并根据句级共现性建立不同信息间关联,分别在基因、外显子和突变进行频率分布分析,观察中国人群和世界其他人群突变谱的差异.结果:建立中国人群先天性白内障的突变谱,先天性白内障相关的169个变异分布在32个基因的60个外显子或内含子可变剪切区域上面.结论:基于PubMed和CNKI,通过计算机文本挖掘和人工检查相结合的方法,建立中国人群先天性白内障基因变异数据库并获得突变谱可行.该方法可为中国人群其它单基因病突变谱的获得提供借鉴.
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基于词向量的消费者体检健康词表研究
目的 本研究探索中文消费者健康词表的构建方法;研究利用Word2vec构建消费者体检健康词表的可行性和合理性.方法 抓取天涯医院的信息作为语料,使用结巴分词进行中文分词处理,使用Word2vec构造词向量模型,从而形成消费者体检词表.后,使用预测准确率、准确率、召回率评价指标对词向量的模型效果进行评估.结果 消费者体检健康词表包含了74个种子词、137个消费者用词.候选词的准确率为94.71%,召回率为51.27%,F1值为0.33,74个种子词形成的候选词中前3个词为同义词的预测准确率为60.81%.结论 本研究验证了Word2vec在识别消费者用词方面的强大能力,利用Word2vec技术可以用来开发中文消费者健康词表.我们发现,Word2vec自动生成的候选消费者词列表质量不足以生成消费者健康词表,但是能作为人工审核构建的重要参考,为开发完整的中文CHV奠定了坚实的基础.
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大众媒体视野下的"健康中国" ——基于2016—2017年部分媒体报道的文本分析
目的:对2016—2017年部分综合性媒体关于健康中国的报道文本进行量化分析,从一个新的视角了解健康中国的政策导向、实施进展和重点领域.方法:采集部分综合性媒体中关于健康中国的公开报道,通过词频分析、主题模型聚类等方法,分析健康中国报道的重点领域及分布规律.结果:健康中国的报道呈现多样化的特点,其报道在时间上的分布规律与国家重要事件(如"两会"、中共十九大)相契合,在内容上与国家政策重点相一致,较为明确的反映出健康中国实施过程中的重点领域及其关注程度.主题模型分析显示,健康中国的报道主要分为医疗卫生、健康生活、健康产业等类别,对于健康中国的政策能够形成一定呼应.结论:健康中国的政策框架与媒体报道的呈现形式具有一致性,提示新闻媒体报道可能成为公共政策分析的潜在证据来源,同时也显示出文本挖掘方法在完成相关政策分析任务上的潜力.
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健康体检表主检报告的一致性分析
目的 分析健康体检表主检报告中的主检医师结论术语表达与单项检查结论的一致性.方法 对来自8家体检机构的11953份电子化体检表自然语言描述的血脂4项检查结论和主检医师结论,依据《中国成人血脂异常防治指南(2016年修订版)》的血脂异常临床分型、体检表血脂4项检查结论实际使用的血脂异常名词术语,构建了包含39个词条的"血脂异常"的词表库.对词表库的词条进行词频分析,计算血脂4项检查结论阳性率、主检医师结论阳性率,对主检医师结论与单项检查结论之间进行一致性检验.结果 词表库中39个词条,血脂4项检查结论不规范词条有18个,占总词条数的46％;词频分析能准确对应血脂异常临床分型的词条仅有1％;血脂4项检查结论血脂异常阳性率为47％,主检医师结论的阳性率为35％,主检医师结论与血脂4项检查结论之间的一致性检验,Kappa值=0.71,P<0.01.结论 主检医师撰写的医师结论虽然没有严格使用标准术语,但绝大多数同义词条表达规范,便于建立"血脂异常"词表库进行文本挖掘分析.主检报告中主检医师结论与各单项检查结论是否一致,可作为主检报告质量的一个评价指标,如Kappa值>0.75.
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基于文本挖掘技术探测胰岛淀粉样多肽的研究趋势
胰岛淀粉样多肽是2型糖尿病的重要致病原因之一.为了研究胰岛淀粉样多肽的生物学作用及其应用范围,本文拟通过文本挖掘技术来对胰岛淀粉样多肽生化用专业试剂和试剂盒检测的研究发展趋势进行探测.
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基于文本挖掘技术的中成药及西药治疗年龄相关性黄斑变性用药规律研究
目的 利用文本挖掘技术探索中成药及西药治疗年龄相关性黄斑变性的用药规律.方法 在中国生物医学文献数据库(CBM)中采集治疗年龄相关性黄斑变性的相关文献,建立Access数据库,运用SQL对数据进行处理,结合人工降噪后,分析中成药及西药治疗年龄相关性黄斑变性的用药规律.结果 丹参注射液、明目地黄丸、杞菊地黄口服液、杞菊地黄丸、血栓通注射液等依次为治疗年龄相关性黄斑变性的高频中成药;曲安奈德、维生素E、维生素C、丝裂霉素、吲哚菁绿、胱氨酸等依次为治疗年龄相关性黄斑变性的高频西药;三七片、杞菊地黄口服液和维生素E、烟酸分别是联用时常用的中成药和西药.结论 文本挖掘能够分析中成药及西药治疗年龄相关性黄斑变性的用药规律,获得的结果不仅反映了临床用药实际,而且拓展了临床用药的范畴与思路,为科学合理地使用中成药及西药提供了客观依据.
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高血压病症状、证候及针刺治疗规律在2005年前后变化的文本挖掘研究
目的 总结近十年高血压病的症状、证候及针刺取穴的变化,探寻高血压病的针刺治疗规律.方法 运用基于敏感关键词频数统计的数据分层算法,以"高血压"为检索词,分别挖掘2005年前后的相关文献,采用超大规模XML数据及分析转换工具软件对数据进行格式化处理,分析近十年高血压病常见症状、证候及针刺取穴的差异,用软件Cytoscape 3.4.0对数据做可视化处理.结果 高血压病的常见症状、证候及常用针刺取穴在2005年前后比较无明显变化,但在2005年之后呕吐、恶心、胸闷、心悸等伴随症状明显增多,且多与其他症状并见,痰湿证、痰瘀证、湿热证2005年之后也开始多见.而在穴位的联用方面发现手足阳明经的穴位(足三里、曲池、合谷、丰隆)、手厥阴经的穴位(内关)的联用明显增加.结论 近十年来,高血压病的基本针刺取穴基本稳定,但从手足阳明经和手厥阴经穴位入手是针对高血压病痰湿证候表现增加的重要针刺治疗方法.
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利用文本挖掘技术探索类风湿性关节炎与冠心病异病同证的科学基础
利用已有结果进行总结是中医证候现代研究的重要内容,文本挖掘技术的应用为中医证候生物学基础的研究开辟了新的途径."异病同证"指不同的疾病可以出现相同的证候,故可以采用相同的治疗方法,其物质基础也会有相同的地方.本研究选择类风湿性关节炎和冠心病这两种在临床上可以出现相同证候、在Medline数据库中拥有大量文献的复杂性疾病作为研究对象,采用McSH主题词挖掘技术,对这两种疾病潜在的共性生物学网络进行探寻,进而帮助理解和研究两种疾病具有相同"证候"的可能的共性生物学基础.
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利用文本挖掘技术探索中西医治疗骨质疏松症的用药规律
目的:利用文本挖掘技术,探索中、西医治疗骨质疏松症的用药规律,以及中成药与西药联合应用情况.方法:在中国生物医学文献数据库(CBM)中收集治疗骨质疏松症的相关文献,建立Microsoft Access(R)数据库,运用Microsoft SQL Server(R)对数据进行处理,结合人工降噪后,分析中西医对骨质疏松症的治疗用药规律.结果:左归丸、六味地黄丸、骨松宝颗粒、右归丸、肾骨胶囊等为治疗骨质疏松文献中出现的高频中成药.中草药淫羊藿、熟地黄、黄芪、骨碎补、丹参、补骨脂、葛根、当归、杜仲等是治疗骨质疏松文献中出现的高频药物；淫羊藿、熟地黄为中药配伍的核心药物,具有补肾健脾、活血养血的功效,是中医治疗骨质疏松的主要药物.雌激素、维生素D、钙剂、降钙素等西药是治疗骨质疏松文献中出现的高频药物.雌激素与左归丸、六味地黄丸联用是常用的中西药组合.结论:从文献报告频数方面提示了中西医治疗骨质疏松的用药规律,为临床应用和基础研究提供参考.
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基于文本挖掘方法探索中医治疗肥胖病的用药规律
目的:本文借助文本数据挖掘技术,探索归纳减重文献中的用药证治规律.方法:在中国知网、万方数据库、维普中文科技期刊全文数据库及Pubmed中检索中药减重文献,从药性、药味、归经和功效方面对文献中所用中药进行分类并统计单味中药使用频次及构成比,运用卡方检验、因子分析归纳整理减重方剂的用药规律.结果:药物性味,组方药物药性偏向寒温性质,药味多属辛、甘、淡味;药物归经多归于脾、肝、胃和肺经;药物功效以补虚、解表、活血、理气、利水渗湿、清热为主;常用的药物配伍为:草决明、荷叶、山楂、丹参、虎杖、首乌;茵陈、淫羊藿、防己、川芎;陈皮、半夏、茯苓;车前子、大腹皮、夏枯草;芍药、当归、黄芩、川芎;茯苓、桂枝、白术、甘草;枳实、厚朴;柴胡、枸杞、大枣;山药、薏苡仁;黄芪、葛根、黄精.结论:临床治疗肥胖组方用药采用辨证与辨病相结合,从肝、脾、胃、肺经入手,多选用甘、苦、辛味的中药,寒温兼顾.
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基于TF-IDF相对熵的中医证候量化研究＊
提出了用术语频率-逆文档频率（Term Frequency - Inverse Document Frequency，TF-IDF）相对熵作为证候量化的表示方法。TF-IDF思想来源于文本信息挖掘，是文本自动分类中一种重要的方法。TF-IDF算法也体现了中医证候的自动分类思想：一个症状在特定证候中出现的频率越高，说明它在区分该证候方面的能力（即TF）越强；一个症状在所有证候中出现的范围越广，说明它区分某证候的能力（即IDF）越低，并用具体实例进行了验证。
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常用中文分词软件在中医文本文献研究领域的适用性研究
目的:评价常见中文分词软件在中医文献研究领域的适用性,提出研发中医文本分词专用软件的思路.方法:安装和操作常见中文分词软件,运用中医文本样本进行分词实验,比较不同中文分词软件分词准确性、分词速度、易操作性、可靠性、可扩展性、可移植性等性能.结果:中文分词软件分词准确性、分词速度、易操作性、可靠性、可扩展性、可移植性等性能存在差异,难以同时使所有性能达到优.通过比较各种中文分词软件,发现盘古分词软件分词准确性高、易用性较好且分词效率高,适合中医文本分词.结论:研发中医文本分词专用软件可能是解决中医文献研究中分词问题的佳途径.应从建立中医药学标准语料库,完备中医药学词典库,引进、优化和创新分词算法,开发中医文本分词软件等方面加强基础性研究.
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基于文本挖掘和社会网络分析的冠心病当代中医学术团队研究
目的：分析冠心病的当代中医学术团队，总结各团队核心学术思想。方法以代表人物、重要文献、稳定传承和核心学术思想为衡量中医学术团队的依据。从冠心病中医药文献入手，采用文本挖掘和社会网络分析的方法找出候选团队；采用文献调查的方法评价候选团队的传承脉络，总结各学术团队主要学术思想。结果共有23439位研究者发表了关于冠心病的中医中药论文16069篇，其中高产作者153位，符合中医学术团队定义的团队共10个，规模较大、传承稳定、影响力较大的学术团队为陈可冀、邓铁涛、曹洪欣、吴以岭等4支团队。结论中医药治疗冠心病在当代取得了较好的疗效，学术团队纷呈、学术活跃，丰富了中医学的理法方药体系。
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基于文本挖掘的高血压病中医辨证用药情况分析
目的 使用文本挖掘技术探索高血压病常见中医证候及常用方剂.方法 在中国生物医学文献数据库中检索高血压相关文献,利用专有的文本工具进行信息提取,通过对文献分析,探索高血压病的中医证候分类及临床方药使用情况.结果 高血压病常见证候排在前5位的为肝阳上亢证、阴虚阳亢证、阴阳两虚证、肝肾阴虚证、肝火亢盛证;治疗高血压病常见方剂排在前5位的为天麻钩藤饮、六味地黄丸、半夏白术天麻汤、补阳还五汤、血府逐瘀汤.治疗高血压病常见中成药排在前3位的为丹参注射液、川芎嗪注射液和珍菊降压片.结论 使用文本挖掘技术能够得到高血压病的常见证候、方剂及中成药,为中医辨证论治高血压病提供文献学支持,但也存在发表偏移,其研究结果转化为指南规范需要进一步的专家共识.
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文本挖掘探讨青风藤用药规律研究
目的：基于文本挖掘技术探讨青风藤用药规律。方法：在 CBM数据库中检索、下载所有涉及青风藤的文献，通过清洗、降噪及关键词频统计的数据分层算法，挖掘青风藤治疗疾病的规律，症状、证型的分布规律，中药配伍、中成药、西药、汤剂、针灸联用规律，并进行规律的可视化展示。结果：青风藤主要治疗以疼痛、肿胀、强直、畸形为主的病证，中医病证要素涉及风、寒、湿、热、痰、瘀、虚。疾病以现代医学的类风湿关节炎为主，涉及多种风湿类疾病以及慢性肾炎、肝炎、心律失常等。中药应用方面，青风藤多与祛风除湿类、养血活血类、通络类、温经类及补肾类中药合用。此外，青风藤多与雷公藤多苷、活络丸等调节免疫、通络药物联用。结论：数据挖掘技术可以系统、全面、准确总结青风藤的用药规律，为拓展该药的临床应用及深入研究提供文献学依据。
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利用文本挖掘技术分析慢性盆腔炎的用药规律
目的:利用文本挖掘技术探索西药、中成药对慢性盆腔炎(chronic pelvic inflammation,CP1)的治疗规律.方法:在中国生物医学文献数据库(CBM)中收集治疗CPI的相关文献,运用大型数据库(SQL)对数据进行处理,结合人工降噪,分析西药、中成药对CPI的治疗用药规律.结果:甲硝唑、替硝唑、氧氟沙星、庆大霉素、地塞米松等西药依次为治疗CPI文献中出现的高频药物.妇科千金片、康妇消炎栓、桂枝茯苓丸、千金散等依次为治疗CPI文献中出现的高频药物.同时也发现西药、中成药联合治疗CPI的一些规律.结论:利用文本挖掘的方法,从文献报告频数方面呈现了西药、中成药治疗CPI的用药规律,尤其是西药、中成药联合应用很值得进一步的研究.
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基于文本挖掘方法探索寒性热性中药的病证方药相应规律
目的:探索寒性中药和热性中药的病证方药相应规律.方法:在CBM数据库中收集三味寒药(苦参、龙胆、大青叶)和三味热药(肉桂、吴茱萸、胡椒)文献数据,采用基于敏感关键词频数统计的数据分层算法,挖掘与之相关的疾病、证候、症状、汤药规律,这些规律通过一维频次的解释以及二维网络图进行展示.结果:疾病方面:与寒性药和热性药相关的疾病涉及各个系统多种疾病,并无一定规律可循.证候方面:热性药的中医证候以阳虚、寒凝、气滞、血瘀为主；寒性药则以湿热、阴虚、热毒、风热为主.症状方面:热性药相关的症状是以消化系统和神经系统症状为主；寒性药除了消化系统症状外,尚且有皮肤疾病表现.中药方剂方面:中药方剂方面,热性药相关的主要是温里剂和温阳剂,寒性药相关的主要是清热剂、和解剂.结论:文本挖掘技术,结合文献回溯,人工阅读降噪,能够比较客观的总结寒热药性的病证方药相应规律,为进一步阐明中药寒热药性差异的客观性提供探索与参考.
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文本挖掘探索贫血证治方药规律
目的:利用文本挖掘技术探索贫血中医证治方药规律.方法:在中国生物医学文献服务系统中收集治疗贫血的文献数据,采用基于敏感关键词频数统计的数据分层算法,挖掘贫血中医证候、治法、汤药、中药规律.这些规律通过一维频次表及二维网络图进行展示.结果:贫血证候以虚证为主,常见于气、血、阴、阳亏虚,病变涉及肝、脾、肾等脏腑.治法方面,以补法为多,各种补益方法常与活血化瘀法配合使用.汤药以补气、养血活血功效为主,以归脾汤、四物汤、当归补血汤为常用.中药以补气养血活血药为主,当归、白术、人参、甘草、大枣、黄芪应用多.结论:文本挖掘能够比较客观地总结中医证治方药规律,为临床应用提供有益的探索和参考.
