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人类与幽门螺杆菌的渊源:非洲起源
幽门螺杆菌(H.pylori)可引起消化性溃疡,是胃癌的危险因素之一.H.pylori感染普遍存在,而且其基因具有很强的种系地理结构(phylogeographic structure),提示其多态性可反映人类的种系地理特征和迁徙史.2003年,我们将370株H.pylori菌株分为4个主要种群.这些菌株的地理起源反映了人类居留史上的重要事件,如玻里尼西亚和美洲的殖民地化,以及非洲班图人的迁徙.然而,这些种群的离散性似与人类遗传多态性中地理成分的明显连续性相矛盾:人类种群的遗传变异性与地理距离呈线性相关;其遗传多态性随着距东非地理距离的增加而降低.
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HBV 基因组的重叠结构和免疫选择压力是调节其进化的关键因素
乙肝病毒( HBV)逆转录酶( RT)和HBV S抗原( HBVsAg )基因间的重叠如何调节HBV 基因变化的程度仍是一个令人不解的问题,本文对此进行了研究。由于RT和HBsAg之间的重叠,RT基因的非典型模式提高了核苷酸的保守率(变异性≤1%)(重叠区的核苷酸保守率为69.9%,而非重叠区的则为41.2%;P<0.001),其结果是在重叠区内的同义替代率较低[中间数dS=3.1(1.5~7.4)对20.1(10.6~30.0);P=3.249×10-22]。保守的RT区位于RT功能性关键的掌区与指区的YMDD模体内和N-端部分,这些区域也与高度保守的分泌HBsAg的关键区相一致。相反,编码HBsAg抗原性环的基因组区其保守的程度显著低下(40.6%),而这在发生HIV衍生性免疫抑制情况下差异不大。总结起来,重叠的阅读框架和免疫系统看来可决定RT和HBsAg遗传变异性的模式。 RT和HBsAg的高度保守区可作为新的治疗标靶值得进一步关注。