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MM-PBSA文献资料
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石杉碱甲与乙酰胆碱酯酶作用的分子模拟研究
目的 阐明石杉碱甲与乙酰胆碱酯酶结合的分子机制和关键氨基酸.方法 运用分子对接和分子动力学方法分析石杉碱甲与乙酰胆碱酯酶的结合位点;MM-PBSA方法计算两者的结合自由能和作用力的类型、大小;丙氨酸突变扫描方法评估关键残基对结合白由能的贡献.结果 复合物中石杉碱甲与Glu202形成1个氢键,与Trp86和Tyr337形成π-π堆积作用;结合自南能为-18.18 kcal·mol-1,范德华力和静电作用力为主要驱动力,非极性溶剂化能是主要抑制作用力;丙氨酸突变扫描结果显示残基Hid442的△△Gbind为3.17 kcal·mol-.结论 氢键和π-π堆积作用是石杉碱甲活性的分子基础,残基Hid442在石杉碱甲与乙酰胆碱酯酶的结合中起重要作用.
