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大规模发掘及分型SNP技术平台的建立
目的:建立发掘未知单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)和已知SNPs分型的技术平台.方法:运用PCR产物双向大规模测序的方法发掘未知SNPs;运用基于聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(polymerase chain reaction-restriction endonuclease digestion, PCR-RFLP)、TaqMan技术对已知SNPs进行分型.结果:建立了基于PCR产物双向大规模测序发掘未知SNP的技术平台,并以此在27个个体的69个乙型肝炎候选易感基因区域检测到592个SNPs,核苷酸变异度为(4.51 ± 1.24)×10-4;建成基于PCR-RFLP和TaqMan的SNP分型技术平台,这两种方法与直接测序法比较,PCR-RFLP的检出率达到100%,错误率几乎为0,并且操作简单,成本低廉;TaqMan分型技术的检出率也可达到100%,与测序结果的一致性达到100%,并且过程简单、易于操作,结果直观,易于判断,也能快速得到结果.结论:基于PCR产物双向大规模测序发掘未知SNPs的技术平台成熟可靠,适于准确、大规模地发掘未知SNPs;PCR-RFLP技术和TaqMan分型技术均适用于今后大规模正常人群和疾病人群的SNPs分型,为进行关联分析以确定疾病相关的SNPs奠定了坚实的技术基础.
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新一代测序技术的研究进展
大规模DNA测序技术是揭秘人类和其它生物遗传密码的重要技术,在分子生物学和基础医学领域有广泛应用.第二代测序技术的出现使DNA测序的通量大幅提高,测序的成本大幅下降,原来只有在大型测序中心才能完成的测序任务现在已经可以在更多的实验室展开.但是,早期的第二代测序技术仍然存在诸如文库构建过程复杂、测序成本依然较高等缺点.为了克服上述缺点,近三年发展了几种新的第二代和第三代测序技术,这些技术不仅继承了早期第二代测序技术通量高的优点,而且在文库构建等方面取得了重要突破,进一步简化了测序操作,降低了测序成本,缩短了测序时间.本文就几种新的大规模测序技术的原理、特点与发展趋势进行简要介绍.
