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一种改良方法克隆新的成人腹泻轮状病毒J19株的大片段基因
目的 扩增、克隆新的成人腹泻轮状病毒J19株的大片段基因.方法 以新成人腹泻轮状病毒J19株的病毒核酸为材料,利用非依赖核酸序列的单引物扩增方法,扩增新的成人腹泻轮状病毒J19株的第5～11基因;根据第5～11基因序列设计7对抑制性引物,通过在PCR扩增体系中添加小片段基因的抑制性引物来提高大片段基因的PCR产量.结果 当在PCR反应体系中添加2对抑制性引物时,大于2kb的大片段基因的PCR产量得到显著提高.将扩增的基因片段克隆至pMD18-T后进行测序,后得到J19株第2、3、4基因的全长cDNA克隆.结论 这种改良的非依赖核酸序列的单引物扩增方法可以用于对轮状病毒大片段基因的扩增和克隆.
关键词： 新的成人腹泻轮状病毒 J19株 基因 克隆 抑制性引物 -
新的成人腹泻轮状病毒J19株NSP4和NSP5基因克隆和序列分析
目的克隆新的成人腹泻轮状病毒J19株NSP4和NSP5基因,并分析其基因序列.方法利用一种改进的非依赖核酸序列的单引物扩增方法扩增J19株NSP4和NSP5基因,克隆到pMD18-T载体中并进行测序.在此基础上,将J19株NSP4和NSP5的蛋白序列与其他轮状病毒蛋白序列进行比较分析和种系进化分析.结果J19株NSP4和NSP5基因为基因10和11,全长为739 bp和649 bp,它们分别编码213个和176个氨基酸.与J19株NSP4和NSP5蛋白序列一致性较高的分别是B组成人腹泻轮状病毒Bang373株(20.3%)和B组猪轮状病毒db101株(29.5%).对J19株的NSP4和NSP5的遗传进化分析表明,J19株在进化树上的位置都靠近A、B和C组轮状病毒分支的根部,而且它比较偏向B组轮状病毒的分支.结论J19株的NSP4和NSP5与其他轮状病毒的相应蛋白序列存在显著差异.J19株NSP4和NSP5的蛋白序列比较和遗传进化分析表明新的成人腹泻轮状病毒与成人腹泻轮状病毒可能有共同起源;但是新的成人腹泻轮状病毒与成人腹泻轮状病毒存在显著差异.
关键词： 新的成人腹泻轮状病毒 J19株 基因 克隆 序列分析
