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青海省2013年手足口病病原特征和人肠道病毒A组71型基因特征
目的 对青海省2013年手足口病(Hand,Foot and Mouth Disease; HFMD)的病原谱和人肠道病毒A组71型(Human Enterovirus Group A Type 71,HEVA71)的基因特征进行分析.方法 对青海省2013年送检的HFMD标本,用荧光定量逆转录-聚合酶链反应(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction,RT-PCR)方法进行筛查,对HEVA71阳性标本进行病毒分离,对分离到的病毒提取核酸,用RT-PCR方法对VP1编码区进行扩增及核苷酸序列测定和整理分析,并与HEVA71各基因型和基因亚型的代表株序列构建亲缘关系进化树.结果 对青海省2013年分离的62株HEVA71进行VP1编码区核苷酸序列测定后,分析发现它们在VP1编码区核苷酸水平和氨基酸水平的同源性分别为95.5％ ～ 100.0％和99.0％～100.0％.与其他各基因型和基因亚型的HEVA71代表株构建的亲缘进化树中显示,青海省HEVA71分离株与C4亚型代表株聚为一簇,属于C4基因亚型C4a进化分支.与2008年、2012年在青海省分离的HEVA71在核苷酸和氨基酸水平的同源性分别为95.8％～97.5％和99.0％～99.7％.结论 2013年,C4a亚型HEVA71在青海省持续传播并占有绝对优势,且存在两条传播链的流行.
关键词： 手足口病 人肠道病毒A组71型 C4a基因亚型 -
青海省2016-2017年人肠道病毒A组71型基因特征
目的 对青海省2016-2017年手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)人肠道病毒A组71型(human enterovirus group A type 71,EV-A71)的基因特征进行分析.方法 对青海省2016-2017年采集的HFMD标本,用荧光定量逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)方法进行筛查,对EV-A71阳性标本进行病毒分离,对分离到的病毒提取核酸,用RT-PCR方法对VP1编码区进行扩增及核苷酸序列测定和分析,并与EV-A71各基因型和基因亚型的代表株序列构建亲缘关系进化树.结果 青海省2016-2017年共分离到114株EV-A71,均为C4基因亚型中的C4a进化分支.在亲缘性关系树中显示,又进一步分属2个不同的小分支.2016-2017年青海省流行的不同传播链上EV-A71与我国其他省流行的EV-A71基因亲缘关系较为接近.结论 青海省2016-2017年流行的EV-A71以C4a为绝对优势基因亚型,未监测到其他基因型病毒.青海省EV-A71不是独立进化的,而是与我国其他地区流行的EV-A71共同进化.
关键词： 手足口病 人肠道病毒A组71型 C4a基因亚型 -
吉林省2016年手足口病患儿肠道病毒71型VP1编码区基因分析
目的 分析吉林省2016年肠道病毒71型(enterovirus 71,EV71)流行株基因学特征及其变异情况.方法 采集2016年吉林省9个市、州送检的临床诊断为手足口病(hand foot and mouth disease,HFMD)298份标本,分离病毒获得阳性分离物,利用逆转录-聚合酶链反应(reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)扩增阳性分离物VP1编码区,并对扩增产物进行核苷酸序列测定,应用Mega6和Bioedit 7.01软件分析扩增序列基因亲缘关系和氨基酸位点变异.结果 吉林省2016年分离的38株EV71同属于C4a基因亚型,并在VP1编码区共发生7处氨基酸位点的变异.结论 吉林省2016年EV71流行株与C4a代表株位于同一分支属于C4a基因亚型,且发生了多位点氨基酸变异.
