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一起旅游团中急性胃肠炎的暴发与GⅡ.17型诺如病毒相关
为了解201 6年夏季一起发生在某赴内蒙古旅游团游客中的急性胃肠炎暴发流行的病毒病原.分别采集此次胃肠炎暴发流行中两名患病游客腹泻症状发生后第3天、5天和7天的粪便标本,提取核酸后首先用荧光定量PCR扩增诺如病毒核酸进行检测,阳性标本分别用RT PCR扩增病毒VP1基因和RdRp区域基因,通过基因测序和序列比对进行基因分型,构建进化树确定进化同源性.通过荧光定量PCR法检测到两名患者的粪便标本均为诺如病毒阳性,提示此次胃肠炎暴发流行的病原为诺如病毒,进一步的RT PCR扩增病毒基因分析显示检测到的诺如病毒为GⅡ.P17 GⅡ.G17型;构建系统进化树分析显示本次与2014～2015年度广州、中国香港、中国台湾和日本等地的病毒亲缘关系更为接近;氨基酸序列分析显示该基因型与2014年以来流行的毒株同源性较近,与2014年之前流行的毒株相比变异较大,氨基酸变异主要出现在主要衣壳蛋白的P结构域.提示GⅡ.P17-GⅡ.G1 7型诺如病毒也是引起内蒙地区急性胃肠炎暴发流行的病毒病原.
关键词： 诺如病毒(Norovirus) 急性胃肠炎 基因分型 GⅡ.17型 -
我国沈阳一起GⅡ.17型诺如病毒胃肠炎暴发的分子病原学特征研究
目的 明确沈阳地区一起学校急性胃肠炎暴发的病原和基因特征.方法 采集2015年12月沈阳地区某高校暴发疫情中的学生和食堂从业人员病例肛拭子标本共计15份,采用荧光定量RT-PCR进行诺如病毒检测,并对阳性标本进一步进行传统RT-PCR方法扩增、序列测定和系统进化分析.结果 荧光定量RT-PCR检测确定12份标本为诺如病毒阳性,系统进化分析表明,12个毒株均为GⅡ.17基因型,与引起我国2014-2015年流行的GⅡ.17新变异株KR020503株同源性为99％以上.结论 引起我国2014-2015年流行的GⅡ.17新变异株是引起此高校急性胃肠炎暴发的病原,并且GⅡ.17型诺如病毒为东北地区首次检出.
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广西猕猴中发现GⅡ.17型诺如病毒及其全基因组序列分析
目的 了解广西省龙虎山猕猴粪便标本中的GⅡ.17型诺如病毒的流行情况、基因结构和进化特征.方法 2015年3月～8月收集400份野生猕猴粪便标本,利用建立好的HISEQ高通量测序技术在粪便标本中发现了GⅡ.17型诺如病毒,命名为GX213.采用反转录-聚合酶链反应(Reverse transcription-polymerase chain reaction,RT-PCR)技术对其进行了序列鉴定、全长扩增和检测研究,并对三个开放阅读框(Open reading frames,ORFs)进行了序列和遗传进化分析.结果 筛查结果显示阳性率为0.5％ (2/400).诺如病毒GX213毒株基因组全长为7 565 bp(包括PloyA尾),其基因组分为三个ORFs:ORF1(10～5112nt)、ORF2(5093 ～ 6715 nt)和ORF3(6715 ～ 7494nt),其中ORF1与ORF2之间重叠20 bp,ORF2和ORF3之间重叠1 bp.GX213病毒株全基因组序列分析显示,其与引起2014年至2015年亚洲部分地区暴发的新型人GⅡ.17型诺如病毒变异株CUHK-NS-613(GenBank ID:KU561248)同源性高(同源性高为99.5％).ORF1和ORF3区核苷酸和氨基酸序列都与CUHK-NS-613同源性高(分别为99.5％,99.4％;99.5％,99.2％).ORF2区分析序列发现其与CUHK-NS-491毒株(GenBank ID:KP698928)同源性高,核苷酸和氨基酸同源性分别为99.4％和99.8％,仅P1.1区发现了一个氨基酸的突变aa245P→S.另外,RdRp核苷酸和VP1氨基酸序列进化树分析显示该病毒株与人GⅡ.17型诺如病毒CUHK-NS-613和CUHK-NS-491的进化关系近,而与首次被发现的猴GⅡ.17型诺如病毒KM1509(GenBank ID:KX356908)次之.结论 本研究发现的GX213属于2014年至2015年在亚洲地区引起暴发的新型人GⅡ.17型诺如病毒变异株,提示GⅡ.17型诺如病毒为人猕猴共患病毒.
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GⅡ.17型诺如病毒流行概况及分子进化特征研究进展
GⅡ.P 17 GⅡ.17诺如病毒株是2014-2015年亚洲出现的变异株,其导致的疾病,在发病规模、感染人数、发病程度等方面,均盛于诺如病毒流行株GII.4.虽是新毒株,但近年来,利用自组装病毒样颗粒蛋白(VLPs)系统对诺如病毒GⅡ.P17_GⅡ.17的研究比较多,包括病毒衣壳蛋白结构、受体结构、进化机制等方面.这些研究为诺如病毒引起的急性腹泻等相关疾病的预防控制和疫苗研制奠定了良好的理论基础.
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一起GⅡ.17型诺如病毒引起的聚集性腹泻疫情报告
目的 调查一起GⅡ.17型诺如病毒感染引起的聚集性腹泻疫情.方法 收集该起疫情患者粪便标本,采用实时荧光定量反转录PCR (RT-PCR)检测诺如病毒核酸,阳性标本进行核苷酸序列测定并进行同源性分析.结果 该起感染性腹泻疫情共36例患者,采集13例临床表现典型患者的粪便标本进行检测,诺如病毒核酸阳性8份,阳性率为61.54％.将5株测序成功序列进行比对,确定诺如病毒基因型为GⅡ.17型.与2014年中国香港分离的诺如病毒GⅡ.17型参考株Norovirus HK GⅡ.172014在同一个进化分支上,核苷酸序列同源性为99.3％ ～99.7％.结论 本次疫情是由GⅡ.17型诺如病毒感染引起的聚集性腹泻疫情,应加强对此毒株的监测工作.
