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口蹄疫病毒O/NY00株基因组L片段的克隆及其基因特征
采用RT-PCR方法对口蹄疫病毒O/NY00株基因组L片段进行了分子克隆和序列测定.结果表明:获得的O/NY00株基因组L片段长7 805nt,其中包括715nt的5'非编码区和6 999nt的多聚蛋白编码区.将O/NY00株与其它参考毒株进行序列比较,结果显示:O/NY00株与O/SKR/2000、O/UKG/3/2001遗传关系近,而与其它毒株遗传关系较远,属于O型口蹄疫ME-SA拓扑型PanAsia株的成员.与Cathay拓扑型的代表毒株O/TAW/97比较,两者在主要抗原位点1和位点3呈现出明显的以拓扑型为特征的氨基酸差别,提示两拓扑型毒株之间有较高的抗原差异.
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汉滩病毒西安分离株84FLi的L片段核苷酸序列测定以及分析
采用逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR),分节段扩增汉滩病毒 84FLi株的L基因片段cDNA,纯化的PCR产物片段直接用于序列测定或克隆入pND18-T载体中 进行测序.结果表明,84FLi株的L片段cDNA由6533个核苷酸组成,四种核苷酸的比例分别为A33.39%,C16.43%,G20. 74%,T29.44%.GC含量为37.17%,AT含量为62.83%.推导出的大开放读码框架为从38到649 3 ,共编码2151个氨基酸.序列同源性分析表明,84FLi株核苷酸与HTN型国际标准毒株76-11 8的同源性为83.7%,差异性为18.8%;而与中国株A9的同源性高达97.6%,差异性仅为2.4%. 与SEO型代表Seoul80-39的同源性为75.2%,66.1%～66.5%.L片段的氨基酸比较分析表明, L 片段与HTN型间的同源性为97.5%～98.0%,而与SEO型的同源性为83.5%～85.5%.与PUC、TUL 、SN和AND等其它型汉滩病毒的同源性仅为68.6%～69.6%.结果表明84FLi株属于HTN型,并与分离自国内的HTN型病毒高度同源.
关键词： 汉滩病毒84FLi株 L片段 序列测定 系统发生树
