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基于计算机辅助水解的中药大豆寡肽的ETA拮抗活性预测
中药寡肽是中药发挥药效的关键组分之一,系统地研究中药寡肽的组成及其药效是中药物质基础及作用机制研究的关键.该研究拟基于计算机辅助水解和分子对接等模拟技术,以中药大豆为研究载体,解析其降压寡肽成分,并预测其潜在的内皮素受体A(endothelin receptor A,ETA)拮抗活性.该文通过收集大豆中的储存蛋白序列,基于计算机辅助水解方法进行蛋白的模拟消化水解,并将水解获得的寡肽构建虚拟结构数据库.随后该研究构建了ETA肽类拮抗剂的药效团模型,包括1个疏水特征、1个负电中心、1个芳环特征和5个排除体积.同时,利用同源模建方法构建ETA的蛋白三维结构模型,并将其用于分子对接研究,采用一致性打分评价化合物的ETA拮抗活性.通过构建ETA肽类拮抗剂的药效团模型、同源模建的三维蛋白结构以及分子对接模型,共预测获得27条可能具有潜在ETA拮抗活性的寡肽分子.该文进一步分析关键氨基酸GLN165,并结合文献,说明其对拮抗剂活性的重要性.计算机辅助水解方法可以高效地对已知序列结构的中药蛋白进行模拟水解,结合分子模拟模型,能进一步辨识中药寡肽潜在的生物学活性.该研究为快速、高效开展中药来源的肽类物质的活性机制研究提供了方法学依据.
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基于计算机辅助水解和蛋白互作网络的珍珠母寡肽作用机制解析
珍珠母蛋白及活性肽是珍珠母发挥疗效的主要成分之一,解析其药效物质及作用机制具有重要研究意义.该研究利用计算机辅助水解和蛋白互作网络等模拟技术,获得珍珠母的活性寡肽成分,预测其潜在的作用靶标并解析珍珠母寡肽的作用机制.通过收集珍珠母的主要珍珠层蛋白序列,采用计算机辅助水解方法进行蛋白的模拟消化水解,构建了包含458条珍珠母水解寡肽的三维结构数据库.随后利用反向找靶技术预测珍珠母寡肽的作用靶点,并通过网络富集技术法对排名前20的关键靶点及其蛋白互作关系进行分析,获得12个功能模块.从系统角度理解各种生物学过程,发现珍珠母寡肽的作用靶点与神经系统相关疾病有密切关系,提示珍珠母寡肽具有能治疗中枢神经类相关疾病的功效.计算机辅助水解方法可以高效地对已知序列结构的珍珠母蛋白进行模拟水解,并结合蛋白互作网络,解析珍珠母寡肽治疗神经类疾病的作用机制.该研究为探讨中药寡肽类药效物质发现及作用机制解析的提供研究思路,为开展寡肽类中药设计研究提供了重要的技术支撑.
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基于计算机辅助水解技术的芝麻寡肽体内转运性质预测
目的 基于计算机辅助技术预测芝麻寡肽的体内转运性质.方法 收集芝麻中主要蛋白序列,以计算机辅助技术进行蛋白模拟消化水解,将水解获得的寡肽构建虚拟结构数据库.构建寡肽转运蛋白2(PepT2)底物的支持向量机(SVM)模型后,通过数据处理和参数寻优方法挑选优模型,预测芝麻PepT2的底物成分.结果 芝麻寡肽数据库共包括346条寡肽,利用筛选获得45个描述符,创建了PepT2底物的SVM模型,模型的准确度、灵敏度和特异性均在85%以上.经受试者工作特征(ROC)分析,其曲线下面积(AUC) >0.9.利用PepT2底物模型预测芝麻寡肽数据库,发现36%的芝麻寡肽具有通过PepT2转运的潜在活性.结论 利用计算机辅助水解技术构建了中药芝麻寡肽数据库,以PepT2底物SVM模型预测芝麻寡肽的体内转运性质,模型准确、稳定、灵敏、特异性高,为开展寡肽类中药成分的性质研究提供了新的方法.
