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中药材北沙参种子DNA条形码鉴定研究
目的:本研究旨在建立鉴定北沙参种子的新方法,确保药材生产种植中种质基原准确.方法:对北沙参不同产地种子经初步形态特征鉴定后,取单粒种子为一份样品,提取基因组DNA、PCR扩增、双向测序拼接获得ITS2序列,结合序列比对、变异位点分析,基于中药材DNA条形码鉴定系统(http://www.tcmbarcode.cn),系统地完成种子样品的分子鉴定.结果:研究表明66份种子样品中,64份与《中国药典中药材DNA条形码标准序列》中北沙参序列特征一致,2份样品序列中各有一处SNP位点,为北沙参暂未发现过的遗传多样性信息,鉴定结果显示为北沙参.结论:DNA条形码技术能准确鉴定北沙参种子,并为中药材种子鉴定提供新方法,同时SNP位点的发现为后续研究北沙参品种多样性问题提供参考.
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基于ITS2条形码的桔梗药材遗传多样性研究
目的:利用ITS2条形码探讨不同产地桔梗的遗传多样性.方法:提取桔梗药材DNA,PCR扩增基于进化速率较快的DNA内部转录间隔区2(ITS2)序列并测序,采用Clustal比对分析不同产地桔梗ITS2序列,应用MEGA 5.05软件计算种内Kimura 2-parameter(K2-P)遗传距离,以桔梗科党参属植物党参的ITS2序列为外展值,运用邻接法(neighbor-joining method)构建桔梗系统进化树.结果:试验所用全部样本的K2-P遗传距离为0～0.930,相同地区来源的样本K2-P遗传距离分布于0～0.178,不同地区来源的样本K2-P遗传距离为0.735 ～0.930;分析结果表明,桔梗种内遗传变异程度巨大,与其地理位置显著相关.结论:ITS2条形码适用于桔梗种内遗传多样性研究,为进一步拓展DNA条形码技术的应用提供了参考.
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ITS2序列对牛樟等樟属植物鉴定评估及聚类分析研究
目的:应用ITS2序列及其二级结构对牛樟等樟属植物进行鉴定效率评估及聚类分析研究,以期发现与牛樟亲缘关系较近的物种.方法:比较DNA提取试剂盒和改良CTAB法对牛樟等样品总DNA的提取效果;应用BioEdit v7.0.9.0与MEGA 6.0软件将以ITS2序列进行PCR扩增的目的序列与GenBank中同源性较高的同属序列构建系统进化树,并应用ITS2数据库网站预测其二级结构.结果:改良CTAB法提取的DNA纯度比试剂盒稍低,但浓度较高;针对本研究中16个樟属样品,ITS2对其鉴定成功率为62.5％;基于ITS2序列的种间亲缘关系中接近牛樟的树种为细毛樟.结论:ITS2序列作为植物鉴定条形码之一,对樟属植物鉴别率略低,可见其通用性有待考证;在对于樟属植物的聚类分析研究中,ITS2序列可结合其二级结构构型,为樟属种间遗传关系和亲缘关系鉴定提供参考.
