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饮水镍暴露对小鼠免疫功能和肠道菌群影响的实验研究
目的 通过观察小鼠体内镍离子含量、皮肤、细胞因子及肠道菌群的变化,评价镍对小鼠免疫功能和肠道菌群的影响.方法 雌性ICR小鼠30只,随机分为高剂量组、低剂量组和对照组.采用原子吸收分光光度法测定肾脏镍含量、耳朵厚度评价镍攻击的反应、ELISA测细胞因子、16 SrDNA测序法评价肠道菌群.结果 与对照组相比,高剂量组肾脏中镍含量明显升高,分别为(0.33±0.11)和(2.61±1.29),差异有统计学意义(P=0.016).趋化因子CXCL1与耳朵厚度在各组之间差异无统计学意义(P=0.286、0.117).和对照组相比,部分肠道菌群Lachnospiraceae_NK4A136_group毛螺菌科(P=0.002)、Lachnospiraceae_UCG-001毛螺菌科(P=0.042)、Bacteroides拟杆菌科(P=0.016),以及Intestinimonas属(P=0.018)在高剂量组增加,差异有统计学意义.结论 经饮水镍暴露小鼠,会导致镍在体内沉积.镍暴露可以导致肠道菌群发生改变.实验结果未显示镍暴露可以引发先天性免疫相关细胞因子变化以及镍特异性细胞免疫应答.
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基于Illumina MiSeq高通量测序分析黄芪内生真菌的多样性
目的:分析黄芪内生真菌群落多样性,为筛选菌种进行发酵炮制转化黄芪中活性成分的定向炮制工艺研究提供参考依据.方法:应用Illumina MiSeq高通量测序技术测定黄芪内生真菌的18S rDNA NSl-Fung区域序列并进行物种丰度等生物信息分析.结果:获得有效序列29 677条,操作分类单元188个,测序数量接近于饱和,测序数据量合理.黄芪内生真菌主要分布于驼孢锈菌属(Hemileía),赤霉菌属(Cibberella),粪盘菌属(Ascobolus ),假裸囊菌属(Pseudogymnoascus)和曲霉属(Aspergillus)共5个属.结论:黄芪内生真菌群落多样性较低,hemileia和Gibberella是黄芪内生真菌的优势种群.
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微生物分类单元聚类算法比较研究
目的 随着高通量测序技术的发展,产生了大量的微生物16S rRNA基因序列数据.对该数据进行精确的微生物操作分类单元(operational taxonomic unit,OTU)划分,有助于了解环境中微生物的种群组成及分布.方法 本文在真实数据集与模拟数据集上,对现有的7种流行OTU单元聚类算法进行了对比研究,并分析了这些算法的优缺点及使用范围.结果 序列长度、测序深度对聚类结果均有影响.结论 相同的序列相似性阈值下,不同的聚类算法聚类结果差异较大,其中CROP算法的鲁棒性和抗噪性较好.
关键词： 聚类 操作分类单元 16S rRNA基因 微生物 -
不同提取方法对粪便中短链脂肪酸含量及稳定性的影响
目的 测定粪便中乙酸、丙酸、丁酸和戊酸等短链脂肪酸的含量,研究不同提取方法和不同计算方法对SCFA含量和稳定性的影响.方法 采用HPLC法测定粪便中SCFA的含量,采用高通量测序方法测定粪便菌群.结果 在超纯水提取法中,以粪便湿重计算SCFA含量时,第4天测定的丙酸含量与第1天相比具有较大差异(t=-4.30,P=0.05);以OUT计算时,第4天测定的丁酸含量与第2天相比具有显著差异(t=5.63,P=0.03),而以属数目计算时,第4天测定的丙酸含量显著高于第1天(t =7.03,P=0.02).在硫酸过滤法中,当以OUT计算时,第2天测定的丁酸含量高于第1天(t=-4.67,P=0.04),第4天测得的总SCFA含量低于第2天(=5.98,P=0.03);而分别以湿重和属数目计算的各SCFA含量间均无显著差异.对超纯水提取法和硫酸过滤法进行比较后发现,两种提取方法间无显著差异.结论 两种SCFA提取方法间无统计学差异,但采用硫酸过滤法提取、以粪便湿重计算时获得的SCFA含量具有较好的稳定性.
