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高通量测序筛查特发性膜性肾病患者外周血细胞microRNA的差异性表达
目的:寻找特发性膜性肾病(idiopathic membranous nephropathy,IMN)患者外周血单个核细胞小核糖核苷酸(microRNA)的差异性表达以及发生碱基突变的难易度.方法:运用高通量测序技术分别对IMN患者和健康对照者(NC)的microRNA进行测序,构建IMN与NC组之间microRNA差异性表达谱.并对两组的microRNA进行碱基编辑分析,寻找发生了碱基突变的microRNA,比较IMN与NC组microRNA碱基突变的难易程度.结果:通过构建表达谱,找到了has-miR-208b、has-miR-195-3p、has-miR-23b-5p、has-miR-95、has-miR-503、has-miR-449a、has-miR-486-3p与has-miR-27 8个microRNAs具有差异性表达.2组共同表达的41个microRNA中,IMN比NC更容易发生碱基编辑而引起碱基突变.结论:IMN患者与健康对照者的microRNA存在着差异性表达,差异性表达的microRNA特异性很高,可以作为深入研究IMN发病机制的靶点.IMN患者相比健康对照者更容易发生microRNA碱基编辑引起碱基突变,这些发生碱基突变的microRNA可能用于解释IMN的病因基础.
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基于多能干细胞的Alport综合征的microRNA差异性表达与碱基编辑功能分析
目的 分析Alport综合征(AS)的诱导多能干细胞(iPSCs)全基因微小核糖核酸(microRNA)的表达谱,筛选出具有差异性表达的microRNA与发生碱基突变的microRNA.方法 收集1例AS患者与1例健康人的尿液,从尿液中分离尿肾脏管细胞,尿肾脏管细胞分化诱导成iPSCs.运用高通量测序方法对iPSCs的microRNA进行测序与表达量测定,比较分析两人microRNA的表达差异,寻找具有特异性的microRNA靶点.同时,将mi-croRNA序列与miRBase数据库(http://www.mirbase.org/)中已知成熟microRNA序列进行比对,比较两标本mi-croRNA碱基编辑数量,找出发生了碱基突变的microRNA.结果 在两人标本中发现30个microRNA具有显著的差异性表达,其中19个microRNAs表达上调,11个microRNA表达下调.has-miR-3117-3p的倍比值(log2 Ratio)为7.79,在表达上调的microRNA具有特异性;has-miR-544b的倍比值为-9.09,在表达下调的microRNA具有特异性.同时在两标本中共有208个microRNA发生了碱基突变,其中104个microRNA,AS患者发生碱基编辑概率比健康人大;77个microRNA,健康人发生碱基编辑概率比AS患者大.结论 AS患者与健康人肾脏组织中的microRNA存在差异性,AS发生碱基编辑引起基因突变的microRNA比健康人更常见.这些差异性表达的microRNAs与microRNA碱基突变的概率可能在AS发病机制中起重要作用.
